Obecnie podstawowym problemem w obszarze gospodarowania wodami jest niejasny podział kompetencji między organami administracji rządowej i samorządowej przy utrzymaniu infrastruktury wodnej, co powoduje liczne problemy związane z podziałem zadań i ponoszeniem odpowiedzialności za ich realizację. Dlatego resort środowiska przygotował regulacje, na podstawie których zarządzanie gospodarką wodną będzie bardziej przejrzyste i efektywne.

W założeniach do nowej ustawy przede wszystkim zaproponowano:
- zmianę struktury prawno-organizacyjnej organów administracji publicznej w sprawach gospodarowania wodami (chodzi o rozdzielenie kompetencji w zakresie inwestycji i utrzymania mienia Skarbu Państwa związanego z gospodarką wodną od funkcji administracyjnych i planistycznych);
- stworzenie racjonalnego systemu finansowania gospodarki wodnej;
- wzmocnienie nadzoru ministra do spraw gospodarki wodnej nad instytucjami funkcjonującymi w obszarze gospodarki wodnej.

W ramach zmian strukturalnych przewidziano zmniejszenie liczby organów i urzędów z 15 (8 urzędów żeglugi śródlądowej i 7 regionalnych zarządów gospodarki wodnej) do 6 urzędów gospodarki wodnej (administracji rządowej) i 2 państwowych osób prawnych: zarządu dorzecza Wisły i zarządu dorzecza Odry. Zmniejszenie liczby urzędów umożliwi bardziej efektywne gospodarowanie wodą oraz jej optymalne wykorzystywanie w rolnictwie, energetyce i przemyśle.

Możliwe będzie także bardziej racjonalne wydatkowanie środków finansowych, co zapewni skuteczniejszą realizację celów Ramowej Dyrektywy Wodnej.

Jednym z wielu zadań wykonywanych przez urząd gospodarki wodnej będzie wydawanie pozwoleń wodnoprawnych, z wyłączeniem pozwoleń wydawanych przez starostę. W każdym urzędzie gospodarki wodnej będzie funkcjonował pion odpowiedzialny za realizację zadań dla żeglugi śródlądowej.

Założono, że minister ds. gospodarki wodnej będzie naczelnym organem administracji rządowej w sprawach gospodarowania wodami. Wzmocni się jego pozycja nadzorcza i koordynacyjna względem prezesa Krajowego Zarządu Gospodarki Wodnej (KZGW). Ma to zapewnić skuteczny i efektywny nadzór nad gospodarką wodną jako całością.

Jeśli chodzi o nadzór ministra względem prezesa KZGW ma on polegać na zatwierdzaniu programów realizacji zadań związanych z utrzymaniem wód lub urządzeń wodnych oraz inwestycji w gospodarce wodnej, zatwierdzaniu corocznego sprawozdania z realizacji zadań, zatwierdzania planu kontroli gospodarowania wodami oraz polecaniu przeprowadzenia kontroli nieujętych w planie kontroli.

Minister będzie także zatwierdzał sprawozdania (finansowe i z działalności) sporządzane przez zarządy dorzeczy: Wisły i Odry.

Przewidziano też powołanie Państwowej Rady Gospodarki Wodnej, jako organu opiniodawczo-doradczego ministra ds. gospodarki wodnej. Zastąpi ona Krajową Radę Gospodarki Wodnej (organ opiniodawczo-doradczy prezesa KZGW), która zostanie zlikwidowana. Jednocześnie przy każdym urzędzie gospodarki wodnej powstanie rada gospodarki wodnej (będzie ich 6, czyli tyle ile urzędów gospodarki wodnej).

Z kolei prezes Krajowego Zarządu Gospodarki Wodnej będzie pełnił funkcję centralnego organu rządowego w sprawach gospodarowania wodami, a zwłaszcza zarządzania nimi i korzystania z nich. Będzie nadzorował nowo powołane urzędy gospodarki wodnej oraz zarządy dorzeczy: Wisły i Odry.

Nadzór prezesa KZGW nad urzędami gospodarki wodnej ma polegać m.in. na zatwierdzaniu planów ich działalności i sprawozdań z ich wykonania oraz możliwości wydawania poleceń przeprowadzenia kontroli doraźnej w zakresie gospodarowania wodami w regionie wodnym. Będzie też nadzorował proces inwestycyjny prowadzony w gospodarce wodnej przez zarządy dorzeczy.

Zgodnie z założeniami, zostaną utworzone zarządy dorzeczy: Wisły i Odry (państwowe osoby prawne), które będą odpowiedzialne za inwestycje i utrzymanie infrastruktury wodnej.

Przy zarządach dorzeczy zostaną powołane komitety konsultacyjne, jako zespoły opiniodawczo-doradcze dyrektorów zarządów dorzeczy. Zajmą się opiniowaniem m.in. projektów programów związanych z utrzymaniem wód, gospodarką wodną i prowadzeniem inwestycji w gospodarce wodnej.

Do zarządów dorzeczy kierowana będzie część wpływów z opłat i kar środowiskowych, będących przychodami Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej. Rozwiązanie to zapewni środki w odpowiedniej wysokości na utrzymanie infrastruktury wodnej i inwestowanie w gospodarce wodnej. Nowe przepisy zwiększą też rolę wojewodów w zarządzaniu obszarem działań przeciwpowodziowych, w tym podejmowaniu przedsięwzięć inwestycyjnych i związanych z utrzymaniem infrastruktury przeciwpowodziowej. Z wojewodami trzeba będzie uzgadniać aktualizacje planów gospodarowania wodami na obszarach dorzeczy, plany zarządzania ryzykiem powodziowym na tych obszarach oraz ich aktualizacje, a także plany przeciwdziałania skutkom suszy na obszarach dorzeczy.

Ponadto, dyrektorzy urzędów gospodarki wodnej będą zobowiązani do uzgadniania z wojewodą kolejnych aktualizacji map zagrożenia powodziowego i map ryzyka powodziowego, warunków korzystania z wód regionu wodnego oraz warunków korzystania z wód zlewni, a także planów przeciwdziałania skutkom suszy w regionach wodnych.

Zgodnie z założeniami, do zarządów dorzeczy zostaną przypisane śródlądowe drogi wodne oraz wody graniczne, szczególnie istotne dla kształtowania zasobów wodnych i ochrony przeciwpowodziowej. Za pozostałe wody płynące, nie należące do zarządów dorzeczy, odpowiedzialność będą ponosić marszałkowie województw – będą je utrzymywać i prowadzić na nich inwestycje.

Zmodyfikowane zostaną przepisy dotyczące melioracji szczegółowych, czyli działania spółek wodnych. Ze względu na zmniejszającą się efektywność działania tych spółek i problemy z poborem składek członkowskich – założono powierzenie utrzymania melioracji szczegółowych gminom. Do końca 2020 r. gminy mają otrzymywać dotacje podmiotową z budżetu państwa z przeznaczeniem na dofinansowanie wydatków bieżących związanych z utrzymywaniem wód i urządzeń wodnych.

O przygotowaniu założeń do nowej ustawy zdecydowały względy formalne (jej dotychczasowe zmiany uczyniły ją nieprzejrzystą) i merytoryczne (pojawiły się nowe przepisy unijne wymagające wprowadzenia odmiennych regulacji).