Dobra wiadomość jest taka, że przewidziane w art. 106 ni ustawy o VAT sankcje KSeF zaczną obowiązywać dopiero od 1 stycznia 2027 r. Przypomnijmy, że wyniosą do 100 proc. kwoty podatku wykazanego na fakturze wystawionej poza Krajowym Systemem e-Faktur. W przypadku faktury bez wykazanego podatku będzie to do 18,7 proc. kwoty należności ogółem wykazanej na tej fakturze.
Wejście w życie obligatoryjnego KSeF nie zmieni jednak obowiązujących obecnie przepisów dotyczących sankcji VAT. Chodzi o art. 112b ustawy o VAT, zgodnie z którym naczelnik urzędu skarbowego lub naczelnik urzędu celno-skarbowego – w razie stwierdzenie nieprawidłowości - określa wysokość VAT w prawidłowej wysokości oraz ustala dodatkowe zobowiązanie podatkowe w wysokości do 30 proc. kwoty zaniżenia podatku lub zawyżenia podatku do zwrotu. Podatnik może jednak zapłacić mniej, jeśli w odpowiednim momencie złoży korektę i wpłaci wynikający z niej podatek. Jeśli złoży korektę w ciągu 14 dni od doręczenia upoważnienia do kontroli, sankcja wyniesie do 15 proc. Jeśli zrobi to po zakończeniu kontroli i uwzględni ustalenia organu – do 20 proc.
KSeF 2.0 – od czego zacząć? - zobacz szkolenie online w LEX >
Rośnie ryzyko sankcji VAT
- Sankcja za błędy w KSeF i sankcja VAT to dwa różne środki, dotyczące różnych nieprawidłowości. O ile sankcja KSeF będzie stosowana dopiero od 1 stycznia 2027 r. , to obowiązujące obecnie sankcje VAT powinny, zgodnie z przepisami, być stosowane niezależnie od wejścia w życie w KSeF. Należy mieć świadomość, że Krajowy System e-Faktur, dzięki narzędziom analitycznym, umożliwi organom podatkowym wykrywanie nieprawidłowości szybciej niż obecnie i w szerszym zakresie. W konsekwencji spodziewamy się, że liczba kontroli VAT-owskich również może wzrosnąć – mówi Bartosz Czerwiński, adwokat i partner w Zespole Postępowań Podatkowych i Sądowych w Dziale Doradztwa Podatkowego EY.
- Rośnie też ryzyko, że organy podatkowe będą częściej nakładać na podatników sankcje VAT. Już obecnie obserwujemy, że organy wszczynają kontrole VAT bez zawiadomienia, co uniemożliwia podatnikom dokonanie korekty i oznacza większe ryzyko sankcji. Takich sytuacji może być coraz więcej. Przepisy stanowią bowiem, że w razie wykrycia nieprawidłowości naczelnik urzędu skarbowego lub naczelnik urzędu celno-skarbowego „ustala dodatkowe zobowiązanie podatkowe”. Sankcja jest więc nakładana automatycznie, nie można z niej zrezygnować. Dzięki zmianom wprowadzonym w połowie 2023 r. jest natomiast miarkowana, czyli jej wysokość powinna być dostosowana do skali nieprawidłowości - dodaje.
Wystawianie faktur w KSeF w praktyce - zobacz szkolenie online w LEX >
Również według Arkadiusza Łagowskiego, doradcy podatkowego, wspólnika w kancelarii Chojnacka & Łagowski, wielu podatników zapomina, że narzędzia takie jak KSeF i JPK CIT są wprowadzane w celu m.in. lepszego typowania do kontroli.
- Efektem tych zmian może być wzrost w zakresie ustaleń podatkowych oraz sankcji VAT. Może więc się zdarzyć, że dojdzie do zwiększenia obciążeń podatkowych, bez podnoszenia podatków – mówi Arkadiusz Łagowski.
Stefan Kowalski, radca prawny, podkreśla, że wprowadzenie KSeF będzie rewolucją w kontroli skarbowej i kontroli celno-skarbowej.
- Organy podatkowe szybciej będą mogły zwrócić uwagę na wszystkie nietypowe transakcje podatnika, ponieważ będą miały natychmiastowy i pełny dostęp do wszystkich wystawionych i odebranych faktur ustrukturyzowanych. Dane z KSeF będą zautomatyzowane i analizowane w czasie rzeczywistym, co wpłynie na szybkość reakcji organów podatkowych w przypadku podejrzanych transakcji - zauważa Stefan Kowalski.
Zobacz procedurę w LEX: Kary pieniężne nakładane z tytułu naruszania obowiązków związanych z KSeF >
Cena promocyjna: 143.2 zł
|Cena regularna: 179 zł
|Najniższa cena w ostatnich 30 dniach: 125.31 zł
Korekta nie zawsze możliwa
Przepisy podatkowe pozwalają uniknąć sankcji dzięki złożonej w określonym czasie korekcie, ale nie zawsze podatnik ma taką możliwość.
W przypadku kontroli podatkowej, podatnik najpierw otrzymuje zawiadomienie o zamiarze wszczęcia kontroli, a następnie organ w ciągu 7-30 dni doręcza mu upoważnienie do przeprowadzenia kontroli, które formalnie rozpoczyna kontrolę podatkową. Podatnik może skorygować deklarację do momentu doręczenia mu upoważnienia, a potem - po zakończeniu kontroli podatkowej, czyli po doręczeniu protokołu.
Z kolei kontrola celno-skarbowa, rozpoczyna się w momencie doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli. Od tego momentu doręczenia podatnik ma 14 dni na złożenie korekty rozliczeń. Prawo to przysługuje mu ponownie w ciągu 14 dni od doręczenia wyniku kontroli, kończącego formalnie kontrolę celno-skarbową.
Nie zawsze jednak podatnik ma możliwość skorygowania deklaracji. Zgodnie z art. 282c par. 1 pkt 1 ordynacji podatkowej nie zawiadamia się o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej, jeżeli kontrola dotyczy zasadności zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego w rozumieniu przepisów o VAT. Z kolei zgodnie z 284a par. 1 o.p., kontrola podatkowa może być wszczęta po okazaniu legitymacji służbowej kontrolowanemu, gdy czynności kontrolne są niezbędne dla przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego lub zabezpieczenia dowodów jego popełnienia.
Kontrola podatkowa: wszczęcie kontroli - zobacz procedurę w LEX >
Czas na porządki
Eksperci są zgodni, że przygotowanie do wdrożenia KSeF powinno obejmować również kwestie uporządkowania rozliczeń, by ograniczyć ryzyko ewentualnych sporów.
- Na pewno przygotowanie do wdrożenia KSeF powinno obejmować nie tylko kwestie techniczne, ale przede wszystkim uporządkowanie rozliczeń jeszcze przed 1 lutego 2026 r. Jeśli podatnicy mają wątpliwości co do prawidłowości rozliczenia w danym obszarze, to właśnie teraz jest czas na zweryfikowanie tych obszarów i ewentualnie dokonanie korekt – mówi Bartosz Czerwiński.
- Część podatników niesłusznie uważa, że KSeF to tylko nakładka do fakturowania. Tymczasem system wprowadzi istotne zmiany w funkcjonowaniu przedsiębiorstw i obiegu faktur. Dla wielu firm to ostatni moment na analizę przyjętych procedur oraz kwalifikacji określonych transakcji, by ograniczyć ryzyko sporów z organami podatkowymi. Najbardziej ryzykowną praktyką jest niejednolite kwalifikowanie dla celów podatkowych przez jedną firmę podobnych transakcji, co może wynikać np. ze zmian kadrowych czy zmian linii orzeczniczej sądów. Warto więc dokonać przeglądu ryzykownych transakcji, występując o interpretacje podatkowe, by w razie ewentualnego sporu wykazać dochowanie należytej staranności - mówi Arkadiusz Łagowski.
Czytaj również: Przedsiębiorcy pod lupą fiskusa, a KSeF może zwiększyć liczbę kontroli













