Po raz ostatni w 2013 roku Fundacja przeprowadzi program „Homing Plus”, który ma zachęcać młodych uczonych do powrotu lub przyjazdu do Polski - w przypadku uczonych z zagranicy. Kolejnym programem, który po 2013 roku, zakończy działalność jest „Ventures”. FNP wspierała w nim innowacyjne projekty realizowane przez młodych naukowców.
 
Rodzice wracający do pracy naukowej po przerwach związanych z opieką nad dzieckiem ostatni raz będą mogli skorzystać z programu „Pomost”. Nagradzane w nim projekty mogą być realizowane przez osoby będące na etapie stażu podoktorskiego, zdobywania samodzielności naukowej lub powrotu do samodzielnej pracy naukowej.
 
Do 130 rocznych stypendiów Fundacja przyzna w ramach programu „Start” młodym badaczom, którzy mogą się już wykazać sukcesami w swojej dziedzinie nauki. Na wsparcie będą moli też liczyć laureaci ERC (European Research Council) Starting Grants, którzy zamierzają realizować projekt badawczy finansowany z grantu ERC w polskim ośrodku naukowym.
 
Maksimum 10 stypendiów o wartości 300 tys. zł każde, FNP planuje przeznaczyć dla wybitnych uczonych w ramach programu „Mistrz”. Stypendia mają umożliwić podjęcie nowego kierunku badań lub kontynuowanie prowadzonych już prac badawczych. Laureaci programu „Mistrz” będą mogli również skorzystać z wyjazdowych stypendiów do uznanych ośrodków naukowych za granicą i prowadzenie tam pracy badawczej.
 
Do końca 2015 roku FNP zamierza prowadzić program „Skills” adresowany przede wszystkim do laureatów i stypendystów FNP. Jego podstawowymi celami są: zwiększenie skuteczności naukowców w zakresie zarządzania projektami badawczymi i zespołami naukowymi, a także promocji nauki. W jego ramach organizowany jest coroczny konkurs z zakresu popularyzacji nauki. Dziesięciu laureatów otrzyma nagrody w wysokości 100 tys. złotych każda.
 
Najaktywniejsi uczestnicy polsko-niemieckiej współpracy naukowej otrzymają Polsko-Niemiecką Nagrodę Naukową COPERNICUS – COPERNICUS Award. Nagroda przyznawana jest co dwa lata. W 2013 przewidywany jest kolejny konkurs, którego rozstrzygnięcie nastąpi w roku 2014.
 
Fundacja wręczy też Polskie Honorowe Stypendium Naukowe im. Aleksandra von Humboldta, którym nagradzane są osiągnięcia naukowe wybitnych uczonych niemieckich. Konkurs ma stymulować długookresową współpracę pomiędzy polskimi i niemieckimi badaczami.
 
Tradycyjnie FNP wyłoni czwórkę wybitnych polskich naukowców, którzy otrzymają prestiżowe Nagrody Fundacji na rzecz Nauki Polskiej i 200 tys. złotych.
 
Szczegółowe informacje na temat zasad konkursów, regulaminy, formularze wniosków on-line są dostępne na stronie: www.fnp.org.pl