Posłowie na piątkowym posiedzeniu Sejmu przyjęli wszystkie osiem poprawek Senatu. Propozycje senatorów miały charakter legislacyjny i redakcyjny.

Dyrektywa Parlamentu Europejskiego i Rady Europejskiej 2008/56/WE z czerwca 2008 r. (tzw. dyrektywa morska) ustanowiła ramy działań Wspólnoty w dziedzinie polityki środowiska morskiego. Nakazuje państwom członkowskim opracowanie i wdrożenie strategii morskiej, której celem jest osiągnięcie dobrego stanu środowiska wód morskich do 2020 r.

Nowelizacja Prawa wodnego określa ramy kompetencyjne dla opracowania i wdrożenia poszczególnych elementów strategii morskiej. Chodzi m.in. o wstępną ocenę środowiska wód morskich czy stworzenie tzw. zestawu celów środowiskowych dla wód morskich. Projekt zakłada także przygotowanie specjalnego programu monitoringu wód morskich oraz krajowego programu ochrony wód morskich.

W uzasadnieniu zwrócono uwagę, że Morze Bałtyckie jest jednym z bardziej zanieczyszczonych mórz na świecie i wymaga działań mających na celu poprawę stanu jego wód. "Zanieczyszczenie Morza Bałtyckiego jest wypadkową wielu czynników, w szczególności jego naturalnych właściwości, takich jak płytkość oraz powolna wymiana wody, a także gęste zaludnienie (około 85 milionów mieszkańców) obszaru jego zlewni".

Dodano, że działalność człowieka na lądzie i na morzu przyczynia się do degradacji ekosystemu Bałtyku, stąd konieczne jest podjęcie szeroko zakrojonych i efektywnych działań mających na celu ograniczenie presji i negatywnych oddziaływań na stan środowiska tego morza.

W maju 2012 r. Komisja Europejska wystąpiła ze skargą przeciw Polsce za niewdrożenie przepisów dyrektywy morskiej, za co może nam grozić kara w wysokości ok. 93,5 tys. euro za każdy dzień od daty ogłoszenia wyroku przez ETS.