Rutkowski został zatrzymany we wrześniu 2002 roku pod zarzutem udziału w grupie przestępczej zajmującej się kradzieżami i obrotem kradzionymi samochodami. Obciążające bezpodstawne zeznania złożył świadek koronny. Rutkowski w procesie został ostatecznie uniewinniony - w lipcu 2010 r.

W procesie o odszkodowanie i zadośćuczynienie domagał się w sumie ponad 900 tys. zł - 407 tys. zł odszkodowania oraz 500 tys. zł zadośćuczynienia w związku z utratą znacznej części uposażenia w okresie aresztowania i pozbawieniem możliwości awansu. Podkreślał, że pozbawienie go wolności było szczególnie dotkliwe m.in. z uwagi na pełniony zawód, utratę dobrego imienia i zaufania wśród współpracowników. W trakcie aresztowania policjant był zawieszony w czynnościach służbowych i otrzymywał połowę uposażenia. W 2008 r. Rutkowski został zwolniony ze służby z uwagi na długi termin zawieszenia w obowiązkach.

Sąd Okręgowy w Warszawie przypomniał w uzasadnieniu, że zadośćuczynienie dla emerytowanego już policjanta przysługuje jedynie za czas spędzony w areszcie i krzywdy w związku z tym poniesione. Sąd przyjął stawkę 7 tys. zł za każdy miesiąc w areszcie, natomiast odrzucił w całości wniosek o odszkodowanie, ale podkreślił w uzasadnieniu m.in., że w osobnym postępowaniu może się ubiegać m.in. o zwrot kosztów adwokata.

Helsińska Fundacja Praw Człowieka objęła sprawę o odszkodowanie dla Rutkowskiego Programem Spraw Precedensowych.

Prokuratura wnosiła o zasądzenie 6 tys. zł zadośćuczynienia za miesiąc aresztu i nie będzie wnosiła apelacji. Rutkowski i jego adwokat Michał Drwal jeszcze nie zdecydowali, czy apelować.