PZPN jest członkiem FIFA i UEFA. Statut PZPN musi być zgodny ze statutami obu tych międzynarodowych organizacji, w których zapiano m.in., że piłkarskie związki narodowe są niezależne od krajowych organów administracji państwowej.
Zgodnie z ustawą o sporcie związek sportowy, w tym także PZPN, działa w celu organizowania i prowadzenia współzawodnictwa w sporcie. Utworzenie związku sportowego wymaga uzyskania zgody ministra właściwego do spraw kultury fizycznej.
Artykuł 16 ustawy o sporcie stanowi, że nadzór nad działalnością polskich związków sportowych sprawuje minister właściwy do spraw kultury fizycznej. Jego nadzorem nie są objęte decyzje dyscyplinarne i regulaminowe władz związków sportowych bezpośrednio związane z organizacją i przebiegiem współzawodnictwa. Minister ma prawo żądać udostępnienia odpisów uchwał oraz udzielenia pisemnych wyjaśnień dotyczących działalności związku, dokonywać kontroli na zasadach i w trybie określonych w przepisach o kontroli w administracji rządowej.
Zgodnie z art. 23 ustawy o sporcie, sąd na wniosek ministra właściwego d/s. kultury fizycznej może w drodze postanowienia zawiesić w czynnościach władze polskiego związku sportowego lub go rozwiązać, jeżeli jego działalność wykazuje rażące lub uporczywe naruszanie prawa albo postanowień statutu i nie ma warunków do przywrócenia działalności zgodnej z prawem lub statutem.
Po zawieszeniu władz związku sąd wyznacza kuratora, który jest obowiązany do przeprowadzenia, w terminie sześciu miesięcy od dnia wyznaczenia, wyborów nowych władz.
W historii PZPN było kilka prób wprowadzenia kuratora. Po raz pierwszy 21 kwietnia 1998 ówczesny minister sportu Jacek Dębski zawiesił prezesa PZPN Mariana Dziurowicza, wiceprezesa Jerzego Kozińskiego i sekretarza generalnego Michała Listkiewicza. Cztery dni później Sąd Wojewódzki w Warszawie podjął decyzję o ustanowieniu kuratora, którym został mecenas Wiesław Pakoca. Na skutek ultimatum skierowanego przez FIFA i UEFA, grożącego wykluczeniem polskiego futbolu z udziału w międzynarodowych stowarzyszeniach i rozgrywkach, działaczy odwieszono a kuratora wycofano 7 sierpnia.
Po raz drugi, w związku z ujawnieniem afery korupcyjnej w piłce nożnej, 19 stycznia 2007 roku minister Tomasz Lipiec zawiesił władze PZPN i wprowadził zarząd komisaryczny. Związkiem miał kierować do czasu wyboru nowych władz prezes Ekstraklasy S.A. Andrzej Rusko. FIFA i UEFA nie uznały kuratora oraz zawieszenia zarządu PZPN. Konsekwencją wprowadzenia kuratora w PZPN mogły być sankcje wobec polskich drużyn polegające na zawieszeniu ich udziału we wszelkich rozgrywkach międzynarodowych.
1 lutego Rusko zrezygnował z funkcji, zastąpił go Marcin Wojcieszak. Wcześniej Rusko przesunął termin zaplanowanego na 11 marca nadzwyczajnego Walnego Zgromadzenia Delegatów. Ostatecznie, wobec nieścisłości prawnych w nowym statucie, do zjazdu nie doszło. 5 marca decyzją ministra sportu zarząd PZPN został odwieszony, a kurator ze związku wycofany.
Po raz trzeci zarząd komisaryczny w PZPN ustanowiono 29 września 2008 roku na wniosek ministra Mirosława Drzewieckiego. Trybunał Arbitrażowy do Spraw Sportu przy PKOl swoim postanowieniem zawiesił zarząd PZPN i ustanowił kuratora Roberta Zawłockiego. 10 października, na wniosek ministra, Trybunał odwołał kuratora. Było to jednym z głównych elementów kompromisu między polskim rządem a Międzynarodową Federacją Piłkarską w sporze wokół PZPN. Minister złożył wniosek o uchylenie decyzji o wprowadzeniu tymczasowego kuratora po tym, jak PZPN uznał kompetencje Niezależnej Komisji Wyborczej i zobowiązał się do usunięcia uchybień prawnych w statucie i regulaminach związku. (PAP)