Odpowiedź
Niestety wcześniejsze zamknięcie ksiąg rachunkowych danego miesiąca, np. czerwca, do 5 dnia roboczego następnego miesiąca, uniemożliwia dokonanie jakichkolwiek zapisów w księgach po ich zamknięciu. Tym samym, nie jest możliwe zaliczenie do kosztów uzyskania przychodów w czerwcu kosztu, który został udokumentowany fakturą otrzymaną już po wyłączeniu możliwości dokonania zapisów w zamkniętym okresie. Pomimo tego, że koszt dotyczył czerwca i mógłby zostać potrącony z przychodami przy obliczaniu zaliczki na podatek dochodowy narastająco za ten miesiąc, gdyby księgi były jeszcze otwarte, to jednak brak możliwości ujęcia kosztu w księgach rachunkowych czerwca uniemożliwia uwzględnienie tego kosztu przy opłacaniu zaliczki na podatek dochodowy - do 20 lipca.

Ponieważ Państwa spółka do momentu zamknięcia ksiąg rachunkowych danego miesiąca nie dysponowała fakturą, ani innym dokumentem spełniającym warunki przepisów o rachunkowości dla uznania go za „prawidłowy” dowód księgowy, mogła jedynie utworzyć rezerwę na zobowiązania, albo raczej dokonać biernego rozliczenia międzyokresowego kosztów, w celu wykazania prawidłowej sytuacji finansowej i majątkowej, w raportach spółki.

Ustawa  z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (tekst jedn.:. Dz. U. z 2014 r. poz. 851 z późn. zm.) - dalej u.p.d.o.p., nie uznaje za koszt uzyskania przychodów rezerw, innych niż uznane przez tę ustawę za koszt podatkowy (por. art. 16 ust. 1 pkt 27). Dotyczy to także biernych rozliczeń międzyokresowych kosztów, które są swego rodzaju rezerwami, a ponadto zostały wymienione  w art. 15 ust. 4e u.p.d.o.p.

Otrzymanie faktury, np. 15 lipca, gdyby spółka zamykała księgi, np. 17 czy 19 dnia tego miesiąca (przed datą zapłaty zaliczki na CIT) umożliwiłoby jeszcze zaliczenie kosztu dotyczącego czerwca do kosztów uzyskania przychodów za ten miesiąc. Jednak w sytuacji gdy faktura wpłynęła już po zamknięciu miesiąca, to księgowe ujęcie kosztu (podatkowego) poprzez rozwiązanie rezerwy (biernego rozliczenia międzyokresowe kosztu), np. zapisami:
•    Wn konto 646 – Rozliczenia międzyokresowe bierne kosztów,
•    Wn konto 223 – Rozliczenie naliczonego podatku VAT,
•    Ma konto 202 – Rozrachunki z dostawcami krajowymi niepowiązanymi,
jest możliwe dopiero w miesiącu otrzymania faktury.
Organy podatkowe uważają, że za dzień poniesienia kosztu uważa się dzień, na który ujęto dany wydatek w księgach rachunkowych jako koszt, ale nie jako rezerwę, czy bierne rozliczenie międzyokresowe kosztów - por. np. interpretację Dyrektora Izby Skarbowej w Katowicach z 30 czerwca 2014 r., nr IBPBI/2/423-368/14/PC oraz IBPBI/2/423-369/14/PC. W interpretacji tej można przeczytać, że "(…) z literalnego brzmienia przepisu art. 15 ust. 4e u.p.d.o.p. wynika jednoznacznie, że ustawodawca uzależnia moment, w którym wydatek staje się kosztem uzyskania przychodów od momentu ujęcia go w księgach zgodnie z zasadami ustawy o rachunkowości. Przy czym nie chodzi w tym przypadku o jakiekolwiek ujęcie wydatku w księgach (np. na koncie rozliczeń międzyokresowych kosztów), tylko jego ujęcie jako kosztu".

@page_break@

Niewiele w tym przypadku zmienia fakt, że zdaniem niektórych sądów administracyjnych, za dzień poniesienia kosztu podatkowego należy uznać dzień wpisania wydatku do ksiąg rachunkowych, na jakimkolwiek koncie, niekoniecznie kosztowym, ponieważ moment uznania wydatku za koszt podatkowy nie jest uzależniony od uznania go za taki koszt dla celów bilansowych. Tak wynika, np. z wyroku NSA z 20 maja 2014 r., II FSK 1443/12.
Niezależnie od tego czy koszt pośredni powinien zostać potrącony w miesiącu uznania go za koszt dla celów rachunkowych, czy w dacie ujęcia go w księgach rachunkowych „na jakimkolwiek koncie”, nie ulega wątpliwości, że warunkiem zaewidencjonowania kosztu pośredniego, jako kosztu uzyskania przychodów za dany okres jest jego zaksięgowanie. Z kolei warunkiem zaksięgowania jakiegokolwiek zdarzenia w księgach rachunkowych jest posiadanie dowodu księgowego, zawierającego co najmniej elementy wskazane w art. 21 ustawy z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości (tekst jedn.: Dz. U. z 2013 r. poz. 330) - dalej u.o.r.

Jak wiadomo u.p.d.o.p. dzieli koszty na: koszty bezpośrednio związane z przychodami oraz na tzw. koszty pośrednie (pośrednio związane z przychodami). Zasady potrącalności obu rodzajów kosztów są różne. Jeżeli chodzi o zaliczenie do k.u.p. kosztów bezpośrednio związanych z przychodami to sprawa ta została uregulowana w art. 15 ust. 4 i ust. 4b-4c u.p.d.o.p. Z przepisów ustawy wynika, że w trakcie roku podatkowego (obrotowego) koszty bezpośrednio związane z przychodami powinny być potrącalne w tym miesiącu, w którym uzyskano przychody, których koszty te bezpośrednio dotyczą. Oczywiście od każdej zasady, zdarzają się wyjątki. Na przykład może się zdarzyć że  towary handlowe zostały zakupione i sprzedane w maju, natomiast faktura zakupu tych towarów wpłynęła do spółki dopiero na początku lipca. W takim przypadku wydatki na zakup tych towarów zostaną zaliczone do kosztów w lipcu, tj. w miesiącu otrzymania faktury, gdyż księgi rachunkowe maja zostały już zamknięte.

Dokumentem potwierdzającym wysokość i rodzaj poniesionego kosztu jest zasadniczo faktura, ale może to też być, inny dokument, spełniający warunki u.o.r. dla dowodów księgowych. W interpretacji indywidualnej z 5 października 2010 r., IBPBI/2/423-884/10/SD, Dyrektor Izby Skarbowej w Katowicach stwierdził, że „gdy wysokość kosztu zakupu usług bądź towarów wykorzystanych w działalności gospodarczej jest znana na podstawie umowy lub innych dokumentów, a Spółka na koniec okresu nie posiada faktury VAT lub rachunku, to powyższe wydatki zalicza do kosztów jako zobowiązanie z tytułu niefakturowanych dostaw towarów lub usług. W podobny sposób Spółka traktuje również niefakturowane dostawy towarów w sytuacji, gdy ustalenie dokładnej ilości lub ceny dostawy wymaga szacunków  (z tym ostatnim stwierdzeniem, raczej trudno się zgodzić- przyp. autora). „Jeżeli więc, zgodnie z zasadami rachunkowości Wnioskodawca ujmuje ponoszone koszty w prowadzonych przez siebie księgach rachunkowych na podstawie wewnętrznych dowodów zastępczych, wówczas dla celów podatku dochodowego od osób prawnych zasadne będzie przyjęcie, iż jest to koszt poniesiony w rozumieniu przepisów podatkowych. (…)", czytamy dalej w uzasadnieniu.

@page_break@

Solidaryzując się z przedstawionym poglądem, wynikającym z przytoczonego fragmentu pisma Dyrektora Izby Skarbowej, uważam, że wskazane byłoby dość ostrożne podejście do kwestii dokumentowania kosztów uzyskania przychodów dowodami zastępczymi w przypadku braku faktury, ponieważ nie można wykluczyć próby kwestionowania prawidłowości tych dowodów lub uzasadniania, że koszt ujęto w drodze utworzenia rozliczeń międzyokresowych kosztów lub rezerwy, a to wyklucza uznanie kosztu za koszt uzyskania przychodów.

Za dzień poniesienia kosztu uzyskania przychodów pośrednio związanego z przychodami uważa się dzień, na który ujęto koszt w księgach rachunkowych (zaksięgowano) na podstawie otrzymanej faktury (rachunku), a w razie ich braku - innego dowodu, z wyjątkiem rezerw albo biernych rozliczeń międzyokresowych kosztów (por. art. 15 ust. 4d-4e u.p.d.o.p.)
Jak zaznaczyliśmy wcześniej, jednostki stosujące zasady rachunkowości powinny w trakcie roku w ustalonym przez siebie terminie zamykać księgi miesiąca. Polega to na wyłączeniu możliwości dokonywania zapisów lub korekty zapisów w księgach danego okresu (zob. pkt VI.34 stanowiska Komitetu Standardów Rachunkowości w sprawie niektórych zasad prowadzenia ksiąg rachunkowych - Dz. Urz. Min. Fin. z 2010 r. nr 6, poz. 26). Brak możliwości dokonywania zapisów w zamkniętym okresie, uniemożliwia z kolei ujęcie kosztu (dla celów podatkowych) w tym miesiącu, którego dotyczy, ponieważ, mimo tego, że z punktu widzenia zasad rachunkowości rezerwy tworzy się w ciężar kosztów, to nie są one uznawane za koszt uzyskania przychodów.

W tym stanie rzeczy, proponuję by Państwa spółka, chcąc uniknąć opóźnień w zaliczaniu części kosztów pośrednio związanych z przychodami do kosztów uzyskania przychodów rozważyła podjęcie przez kierownika jednostki decyzji o przesunięciu terminu zamykania ksiąg rachunkowych za dany miesiąc – powiedzmy do 18, 19 dnia następnego miesiąca (przed dniem zapłaty zaliczki).
Moim zdaniem, przy dobrej pracy działu księgowości, nie powinno to uniemożliwić sporządzania raportów spółki w dotychczasowych terminach. Przewidywane koszty można by ujmować dla potrzeb sprawozdawczości spółki tworząc rezerwy, podobnie jak dotychczas,  które następnie byłyby rozwiązywane na podstawie otrzymanych faktur. Księgowania tych kosztów dokonywane byłyby w księgach niezamkniętego jeszcze miesiąca, przed terminem zamknięcia ksiąg rachunkowych za rozliczany miesiąc, a tym samym przed terminem płatności zaliczki na podatek dochodowy.