Mimo iż przepisy dotyczące samofakturowania co do zasady nie zmieniły się, to wejście w życie obligatoryjnego Krajowego Systemu e-Faktur ujawnia szereg związanych z tym problemów. Okazuje się, że skarbówka tworzy w interpretacjach dodatkowe warunki korzystania z tej procedury.
Można stracić prawo do odliczenia VAT
W interpretacji z 27 lutego 2026 r. (nr 0112-KDIL1-3.4012.874.2025.2.KK) dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej odpowiadał na pytanie spółki, która stosuje samofakturowanie we współpracy ze swoimi podwykonawcami - zarejestrowanymi, czynnymi podatnikami VAT. Spółka wystawia faktury w imieniu i na rzecz podwykonawców. Procedura samofakturowania oraz zatwierdzania faktur jest uregulowana w umowach o współpracę.
Od 1 lutego 2026 r. spółka została objęta obligatoryjnym Krajowym Systemem e-Faktur (z uwagi na nieprzekroczenie w 2024 r. progu sprzedaży 200 mln zł wraz z podatkiem). Z kolei podwykonawcy co do zasady będą objęci obligatoryjnym KSeF od strony sprzedażowej dopiero od 1 kwietnia 2026 r.
Spółka zapytała o proces zatwierdzania faktur w ramach samofakturowania. Zakłada, że podwykonawca będzie akceptował fakturę wystawioną w jego imieniu i na jego rzecz po jej wysłaniu przez spółkę do KSeF. W ocenie spółki, takie podejście jest zgodne z przepisami ustawy o VAT oraz z założeniami funkcjonowania KSeF, jak również jest to najłatwiejszy z perspektywy spółki sposób.
Alternatywnie, jeżeli zatwierdzenie faktury byłoby konieczne przed wysyłką do KSeF, spółka będzie przesyłać podwykonawcom projekt faktury w formacie PDF. W takim przypadku projekt będzie zawierać wszystkie istotne z perspektywy stron elementy, ale bez numeru KSeF (który będzie nadawany po wysyłce faktury do systemu) i bez daty wystawienia.
Spółka argumentowała, że art. 106d ust. 1 ustawy o VAT zawiera tylko dwa warunki samofakturowania. Po pierwsze, powinna istnieć umowa pomiędzy nabywcą towarów lub usług a podatnikiem dostarczającym towary bądź świadczącym usługi. Przepis nie określa ani formy, ani treści umowy. Istotą porozumienia musi być zgoda obu stron na wystawianie przez nabywcę faktur dla wszystkich, bądź tylko określonych czynności wykonywanych przez danego podatnika. Po drugie, umowa w sprawie samofakturowania musi określać procedurę zatwierdzania faktur przez podatnika (sprzedawcę). Przepisy nie precyzują tego, w jaki sposób faktury powinny być zatwierdzane. To, w jaki sposób podatnik (sprzedawca) zatwierdzi fakturę, strony powinny ustalić w umowie i mają w tej kwestii pełną dowolność.
Dyrektor KIS uznał jednak, że takie rozwiązanie jest nieprawidłowe. Wyjaśnił, że potwierdzenie prawidłowości faktury na podstawie art. 106d ustawy powinno nastąpić bezpośrednio przed jej wprowadzeniem do obrotu prawnego. Ponadto wystawca faktury powinien przesłać do akceptacji treść faktury w pliku XML.
- Akceptacja może przybrać formę aktywną (np. przesłanie drogą mailową zastrzeżeń lub uwag do zaproponowanej przez nabywcę treści pliku XML przed przesłaniem go do KSeF bądź informacja mailowa o braku zastrzeżeń) lub bierną (np. brak zgłoszenia uwag w danym terminie oznacza akceptację zaproponowanej treści pliku XML). W przypadku, gdy sprzedawca nie zgodzi się z treścią przygotowanego przez nabywcę pliku XML, nie ma przeszkód, aby plik ten został poprawiony i dopiero w takiej postaci przesłany przez nabywcę do KSeF – stwierdził dyrektor KIS.
W konsekwencji spółce nie będzie przysługiwało prawo do odliczenia VAT naliczonego z faktur podwykonawców, wystawionych przez spółkę w ramach samofakturowania, jeśli proces zatwierdzania faktur będzie się odbywał po ich wprowadzeniu do KSeF.
Według dyrektora KIS, również proces akceptacji projektu faktur w PDF będzie niezgodny z przepisami ustawy. Spółka straci prawo do odliczenia VAT z faktur wystawionych przy użyciu KSeF, potwierdzonych przed ich wprowadzeniem do KSeF, ale na podstawie projektu faktury w PDF.
Jakie warunki trzeba spełnić
Według Krzysztofa Jarosa, radcy prawnego, menedżera w MDDP, przepisy dotyczące samofakturowania nie zmieniły się i nadal wymagają zawarcia umowy w przedmiocie samofakturowania, która określa sposób zatwierdzania faktury. Nie przewidują natomiast konkretnych wymogów, w jakiej postaci ani w jakim trybie faktury miałyby być akceptowane. Nie określają też, kto komu powinien je wysłać. Ułożenie procesu akceptacji zostało zostawione woli stron.
- Podejście organów podatkowych jest bardzo rygorystyczne i zaskakujące, ponieważ ustawa o VAT nie reguluje wprost procedury zatwierdzania faktur w ramach samofakturowania. Mimo to fiskus uznał, że akceptacja powinna następować przed wprowadzeniem faktury do obrotu prawnego, a prawidłowym formatem faktury jest plik XML. Należy jednak zauważyć, że plik XML to de facto język znaczników w określonym porządku, który może być trudny do odczytania. Powstaje więc pytanie, dlaczego nie można przesłać faktury w formacie PDF. Należy mieć nadzieję, że organy podatkowe zmienią stanowisko w tej sprawie – mówi Krzysztof Jaros.
Również Paweł Lewandowski, doradca biznesowy, zwraca uwagę, że wejście w życie obligatoryjnego KSeF ujawnia szereg problemów związanych z samofakturowaniem, głównie organizacyjnych, ale też podatkowych. - Dotychczas przedsiębiorcy nie poświęcali zbyt wiele uwagi procesowi akceptacji faktur. Nikt nie analizował też różnic między fakturą a jej projektem. Tymczasem z procedury samofakturowania często korzystają duże spółki, więc kwestie te mogą mieć teraz ogromne znaczenie - mówi.
Jak wyjaśnia Rafał Styczyński, doradca podatkowy, procedura samofakturowania wymaga spełnienia określonych warunków, w tym posiadania ważnej umowy regulującej uprawnienia nabywcy do wystawiania faktur w imieniu sprzedawcy, a także zachowania określonych elementów formalnych na fakturze. Dodatkowo, zgodnie z art. 106e ust. 1 pkt 17 ustawy o VAT, faktura wystawiona przez nabywcę w ramach samofakturowania musi zawierać wyraźny zapis „samofakturowanie”. Pozwala to na jednoznaczną identyfikację faktury jako wystawionej przez nabywcę w imieniu podatnika sprzedającego, co ma znaczenie zarówno dla celów podatkowych, jak i dla prawidłowej ewidencji w księgowości. W praktyce zapis ten umożliwia organom podatkowym oraz przedsiębiorcy samemu weryfikację, że dokument został sporządzony zgodnie z procedurą samofakturowania i spełnia wszystkie wymogi formalne przewidziane w ustawie o VAT.
- Dzięki wprowadzeniu KSeF procedura samofakturowania zyskuje dodatkowe korzyści. Po pierwsze, wszystkie faktury wystawiane w systemie są rejestrowane elektronicznie, co zwiększa bezpieczeństwo i pozwala na bieżące kontrolowanie dokumentów sprzedaży. Po drugie, system ułatwia weryfikację poprawności faktur, zarówno przez sprzedawcę, jak i przez organy podatkowe, ponieważ wszystkie dokumenty są przechowywane w formie elektronicznej i dostępne w jednym, scentralizowanym systemie. Po trzecie, pozostawienie kontrahentowi możliwości wystawiania faktur w ramach samofakturowania pozwala utrzymać efektywność rozliczeń i ograniczyć formalności, tak jak dotychczas, co jest istotne zwłaszcza w przypadku jednoosobowej działalności gospodarczej, gdzie każdy dodatkowy obowiązek administracyjny może zwiększać obciążenie przedsiębiorcy - mówi Rafał Styczyński.
