Obowiązek przekazywania plików JPK_FA zostanie w znacznym stopniu wyłączony, ale nie zniknie on całkowicie z obrotu prawnego. Wyłączenie z jego stosowania dotyczy wyłącznie faktur ustrukturyzowanych przesłanych do KSeF.
Wprowadzenie obligatoryjnego KSeF zasadniczo zmienia model obiegu faktur w Polsce. Po wejściu w życie obowiązkowego systemu podatnicy będą wystawiać faktury w formie ustrukturyzowanej, przesyłając je bezpośrednio do systemu teleinformatycznego administracji skarbowej. Faktura zostanie uznana za wystawioną w momencie jej przyjęcia przez system. Oznacza to, że administracja skarbowa będzie posiadała bieżący, pełny i ustandaryzowany dostęp do danych z faktur sprzedażowych wystawianych przez podatników.
Z perspektywy funkcjonalnej należy zauważyć, że zakres danych zawartych w fakturze ustrukturyzowanej w KSeF odpowiada – a w praktyce przewyższa – zakres danych objętych strukturą JPK_FA. Innymi słowy, dane, które dotychczas były przekazywane dopiero na żądanie organu w formie pliku JPK_FA, w modelu obligatoryjnego KSeF będą trafiały do administracji skarbowej w czasie rzeczywistym, w sposób ciągły i automatyczny. Prowadzi to do wniosku, że utrzymywanie równoległego obowiązku przekazywania tych samych danych w formie JPK_FA byłoby w dużej mierze pozbawione uzasadnienia systemowego.
Analizując przepisy regulujące funkcjonowanie KSeF, należy zwrócić uwagę, że ustawodawca przewidział zmiany w zakresie obowiązków sprawozdawczych podatników. Skoro wszystkie faktury objęte obowiązkiem stosowania KSeF będą dostępne dla organów podatkowych w systemie, nie ma potrzeby ich ponownego raportowania w ramach JPK_FA. W konsekwencji przyjmuje się, że w zakresie faktur wystawionych w KSeF obowiązek przekazywania plików JPK_FA na żądanie organów podatkowych zostanie wyłączony.
Nie oznacza to jednak całkowitego zniesienia instytucji JPK_FA w każdym możliwym przypadku. Należy mieć na uwadze, że system KSeF nie obejmuje wszystkich sytuacji fakturowych bez wyjątku. Obowiązek przekazywania plików JPK_FA nie będzie dotyczył faktur wystawionych w KSeF. Jednak jeśli wystawią Państwo fakturę poza KSeF (np. w ramach wyłączeń ustawowych), urząd nadal może zażądać JPK_FA dla tych faktur.
Istotne jest również rozróżnienie pomiędzy JPK_FA a JPK_V7. Wdrożenie KSeF nie eliminuje obowiązku składania JPK_V7, który pełni funkcję ewidencyjno-deklaracyjną i obejmuje dane zagregowane dotyczące sprzedaży oraz zakupów. JPK_FA natomiast ma charakter szczegółowy i obejmuje dane jednostkowe z poszczególnych faktur. To właśnie w odniesieniu do tej struktury następuje funkcjonalne „zastąpienie” przez KSeF.
Z punktu widzenia praktycznego należy przyjąć, że po wdrożeniu obligatoryjnego KSeF spółka nie będzie zobowiązana do przekazywania plików JPK_FA w zakresie faktur wystawionych jako faktury ustrukturyzowane w systemie. Organy podatkowe będą bowiem dysponowały tymi danymi bezpośrednio w KSeF. Takie rozwiązanie wpisuje się w logikę cyfryzacji rozliczeń podatkowych i ograniczania obowiązków raportowych w sytuacji, gdy administracja posiada już wymagane informacje.
Nie można jednak wykluczyć, że w określonych, szczególnych przypadkach – zwłaszcza w odniesieniu do faktur wystawionych poza systemem w dopuszczalnym trybie – organy podatkowe zachowają możliwość żądania przekazania danych w ustrukturyzowanej formie. Dlatego całkowite i bezwarunkowe wyłączenie obowiązku JPK_FA należy rozumieć jako dotyczące wyłącznie faktur objętych i prawidłowo przetworzonych w KSeF.
Reasumując, w związku z wdrożeniem obligatoryjnego KSeF obowiązek przekazywania plików JPK_FA w zakresie faktur wystawionych w systemie zostanie co do zasady wyłączony, ponieważ administracja skarbowa będzie posiadała dostęp do pełnych danych fakturowych w czasie rzeczywistym. Spółka nie będzie zobowiązana do dublowania raportowania tych samych informacji. Jednocześnie należy monitorować przepisy wykonawcze oraz ewentualne regulacje przejściowe, aby prawidłowo zidentyfikować sytuacje, w których obowiązek przekazania danych w strukturze JPK mógłby jeszcze wystąpić.
