Odpowiedź:
Moim zdaniem podstawą do odliczenia podatku naliczonego będą faktury zaliczkowe i data otrzymania faktury zaliczkowej będzie przesądzała o terminie odliczenia podatku naliczonego, z zastrzeżeniem, iż może to również nastąpić w dwóch następnych okresach rozliczeniowych.
Uzasadnienie:
Zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (tekst jedn.: Dz. U. z 2011 r. Nr 177, poz. 1054 z późn. zm.) – dalej u.p.t.u. – w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15 u.p.t.u., co do zasady, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.
Jak stanowi art. 86 ust. 2 u.p.t.u. kwotę podatku naliczonego stanowi:
1)   suma kwot podatku wynikających z faktur otrzymanych przez podatnika z tytułu:
a)  nabycia towarów i usług,
b)  dokonania całości lub części zapłaty przed nabyciem towaru lub wykonaniem usługi;
Na podstawie art. 86 ust. 10 i 10c  u.p.t.u., prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego powstaje w rozliczeniu za okres, w którym w odniesieniu do nabytych lub importowanych przez podatnika towarów i usług powstał obowiązek podatkowy. Zasadę tę stosuje się odpowiednio do całości lub części zapłaty uiszczanej przed dokonaniem dostawy lub wykonaniem usługi.
Jeżeli podatnik nie dokonał obniżenia kwoty podatku należnego w terminach określonych w ust. 10, 10d i 10e, może obniżyć kwotę podatku należnego w deklaracji podatkowej za jeden z dwóch następnych okresów rozliczeniowych (art. 86 ust. 11 u.p.t.u.).
Jak wynika z powyższych przepisów możliwość odliczenia podatku naliczonego wynika m.in. z faktur dokumentujących dokonanie zaliczki, jeżeli wiązała się ona z powstaniem obowiązku podatkowego.
Ustawodawca wskazuje jako odrębne dokumenty stanowiące podstawę do odliczenia podatku naliczonego faktury dokumentujące nabycie towarów i usług i faktury „zaliczkowe”.
W związku z powyższym moim zdaniem podstawą do odliczenia podatku naliczonego będą faktury zaliczkowe i data otrzymania faktury zaliczkowej będzie przesądzała o terminie odliczenia podatku naliczonego, z zastrzeżeniem, iż może to również nastąpić w dwóch następnych okresach rozliczeniowych.
Wprawdzie w sytuacji gdy wszystkie faktury zostały wystawione w jednym miesiącu nie będzie to miało wpływu na rozliczenie podatku VAT. Jednakże inaczej już będzie w przypadku gdy faktury zaliczkowe i końcowe będą wystawione w różnych miesiącach, po upływie dwóch kolejnych okresów rozliczeniowych.
Artur Kowalski, autor współpracuje z publikacją Vademecum Głównego Księgowego 
Odpowiedzi udzielono 13 grudnia 2014 r.