W przedmiotowej sprawie Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej wydał dwie decyzje podatkowe. W pierwszej z nich określił spółce zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług, gdyż ta zaniżyła podatek należny wskutek zastosowania nieprawidłowej stawki VAT. W drugiej określił spółce zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych w kwocie mniejszej aniżeli zadeklarowana przez spółkę (zawyżenie przychodów było spowodowane nieprawidłowym określeniem kwoty należnego VAT).

Na skutek odwołania, decyzja w zakresie VAT została uchylona (decyzja dot. CIT stała się ostateczna). W tym stanie faktycznym Dyrektor UKS wznowił z urzędu postępowanie kontrolne w zakresie prawidłowości obliczania i wpłacania podatku dochodowego od osób prawnych, które zakończyło się uchyleniem decyzji w zakresie CIT i określeniem wysokości zobowiązania podatkowego w tym podatku. U podstawy rozstrzygnięcia, legł przepis art. 240 §1 pkt 5 Ordynacji Podatkowej, dalej o.p., tj. wyjście na jaw istotnych dla sprawy nowych okoliczności faktycznych lub nowych dowodów istniejących w dniu wydania decyzji, nieznanych organowi, który wydał decyzję.

Po rozpoznaniu skargi, WSA w Białymstoku, wyrokiem z 6 lipca 2011r. (I SA/Bk 186/11) uchylił decyzję, wskazując w uzasadnieniu, że inna kwota należnego VAT, ujawniona w terminie późniejszym, niż wydanie decyzji ostatecznej w przedmiocie określenia zobowiązania w podatku dochodowym od osób prawnych, nie może być postrzegana jako nowa okoliczność faktyczna lub nowy dowód, istniejące w dniu wydania decyzji.

W tej sytuacji Dyrektor UKS, rozpoznając ponownie sprawę, wydał decyzję, którą uchylił własne decyzje i ponownie określił spółce zobowiązanie podatkowe w podatku dochodowym od osób prawnych. Tym razem za podstawę prawną uchylenia decyzji ostatecznej w trybie wznowienia postępowania podatkowego organ wskazał przepis art. 240 § 1 pkt 7 o.p. Organ argumentował, że decyzja wydana w przedmiocie CIT, była oparta na decyzji tego organu wydanej w przedmiocie podatku od towarów i usług, więc jej uchylenie uzasadniało powrót do sprawy podatku dochodowego.

Od tej decyzji spółka złożyła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego, który uznał, że w okolicznościach sprawy można mówić o zaistnieniu przesłanki z art. 240 § 1 pkt 7 o.p., ponieważ decyzja dotycząca podatku dochodowego od osób prawnych była bezpośrednią konsekwencją wydania w tej samej dacie decyzji w przedmiocie podatku od towarów i usług, stanowiąc tym samym decyzję zależną, o jakiej mowa w analizowanym przepisie.

Zdaniem Sądu, istnieje bowiem bezpośrednia zależność dwóch czynników, kwoty podatku należnego w podatku od towarów i usług oraz przychodu w podatku dochodowym. W sytuacji, gdy organ podatkowy lub organ kontroli skarbowej w drodze decyzji koryguje wielkość należnego VAT, poprzez zmianę stawki opodatkowania w stosunku do określonego obrotu, to treść takiej decyzji stanowi istotny fakt prawotwórczy dla decyzji w przedmiocie określenia wysokości przychodu i zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym. Przychód w tym podatku musi bowiem być pomniejszony o kwotę należnego VAT. Prawną konsekwencją określenia przez organ należnego podatku od towarów i usług jest konieczność skorygowania wysokości przychodu, a w konsekwencji podstawy opodatkowania i kwoty podatku dochodowego. Zachodzi więc tu sytuacja, w której decyzja w podatku dochodowym jest wydawana na podstawie innej decyzji (dotyczącej VAT), a uchylenie tej drugiej musi wpłynąć na treść tej pierwszej. Dyrektor UKS, wydając wobec spółki decyzję w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych, musiał uwzględnić treść wydanej przez siebie w tej samej dacie decyzji w przedmiocie podatku od towarów i usług.

Wyrok WSA w Białymstoku z 29 marca 2012 r., I SA/Bk 17/12 jest nieprawomocny.