Urząd skarbowy może zakwestionować fakturę nawet po kilku latach

Wielu przedsiębiorców zakłada, że po kilku latach ich rozliczenia są już bezpieczne. Orzecznictwo pokazuje jednak, że ten spokój bywa pozorny. Nawet po długim okresie względnego braku kontroli urząd skarbowy może wrócić do dawnych faktur i je zakwestionować. Choć w polskim systemie podatkowym funkcjonuje zasada przedawnienia zobowiązań, w praktyce pięcioletni termin bywa wydłużany. Dla przedsiębiorców oznacza to, że ryzyko podatkowe nie znika wraz z upływem czasu - pisze Mateusz Ostrowski, prawnik, doktorant UW.

W polskim prawie podatkowym obowiązuje zasada przedawnienia zobowiązań podatkowych, która ma chronić podatników przed nieograniczoną w czasie ingerencją organów podatkowych. Zgodnie z ordynacją podatkową zobowiązanie podatkowe przedawnia się co do zasady z upływem pięciu lat, licząc od końca roku, w którym upłynął termin płatności podatku. Po tym czasie organ podatkowy traci prawo do jego określenia i wyegzekwowania.

W teorii oznacza to stabilizację sytuacji podatnika. W praktyce jednak pięcioletni okres daje organom bardzo szerokie pole do działania, a przedsiębiorcy często dowiadują się o nieprawidłowościach po wielu latach od wystawienia faktury.

Od kiedy biegnie termin przedawnienia

Moment rozpoczęcia biegu terminu przedawnienia bywa mylnie rozumiany. Jeżeli podatnik wystawił fakturę w maju 2019 r., a termin rozliczenia VAT przypadał w czerwcu 2019 r., pięcioletni termin przedawnienia liczy się nie od tej daty, lecz od końca 2019 r. Oznacza to, że zobowiązanie podatkowe przedawnia się dopiero z końcem 2024 r.

W orzecznictwie podkreśla się, że zdarzenia wpływające na bieg terminu przedawnienia nie powinny być dla podatnika zaskoczeniem. Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 20 listopada 2014 r. (II FSK 3113/13) zwrócił uwagę, że mechanizmy zawieszające lub przerywające bieg przedawnienia nie mogą prowadzić do iluzoryczności tej instytucji.

W praktyce termin przedawnienia często ulega zawieszeniu lub przerwaniu. Może to nastąpić m.in. w wyniku wszczęcia postępowania karnego skarbowego, postępowania egzekucyjnego albo rozłożenia zobowiązania na raty. W takich przypadkach bieg terminu zostaje „zatrzymany”, a podatnik może zostać zaskoczony działaniami urzędu nawet po wielu latach.

NSA w wyroku z 28 stycznia 2015 r. (II FSK 8/14) podkreślił, że skutki zawieszenia biegu przedawnienia muszą być oceniane z punktu widzenia realnej możliwości obrony praw podatnika.

Korekta faktury tylko do czasu przedawnienia

Wielu przedsiębiorców zakłada, że błędy w fakturach można naprawić w dowolnym momencie poprzez wystawienie faktury korygującej. Orzecznictwo sądów administracyjnych pokazuje jednak, że możliwość taka istnieje wyłącznie do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.

Po jego upływie zobowiązanie wygasa z mocy prawa, a korekta faktury - co do zasady - nie wywołuje już skutków w VAT.

Potwierdził to Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu w wyroku z 5 września 2024 r. (I SA/Wr 407/24), uznając, że podatnik nie może skutecznie skorygować rozliczeń podatkowych dotyczących okresów, w których zobowiązanie podatkowe już się przedawniło.

Podobne stanowisko zajął Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w wyroku z 5 czerwca 2025 r. (III SA/Wa 185/25), dotyczącym dewelopera, który po zwrocie zaliczki próbował skorygować fakturę zaliczkową wystawioną kilka lat wcześniej. Sąd uznał, że skoro termin przedawnienia upłynął, korekta nie może zostać uwzględniona ani w rozliczeniu VAT, ani w ewidencji księgowej.

W praktyce oznacza to, że jeżeli po latach organ podatkowy zakwestionuje taką fakturę, podatnik nie ma już narzędzi, aby ją poprawić. Nawet drobny błąd może więc po długim czasie skutkować poważnymi konsekwencjami finansowymi.

Czy urząd skarbowy musi działać na korzyść podatnika

Od 4 listopada 2025 r. w ordynacji podatkowej obowiązuje zasada rozstrzygania niedających się usunąć wątpliwości co do stanu faktycznego na korzyść strony w postępowaniach wszczynanych z urzędu. Jest to rozwinięcie dotychczasowej reguły in dubio pro tributario, odnoszącej się do wątpliwości interpretacyjnych.

Nowe regulacje obejmują zatem nie tylko wątpliwości prawne, lecz także - w określonym zakresie - wątpliwości dowodowe. Jeżeli po przeprowadzeniu postępowania organ nie jest w stanie jednoznacznie ustalić stanu faktycznego, powinien rozstrzygnąć sprawę na korzyść podatnika.

Nie oznacza to jednak, że urząd skarbowy utracił możliwość kwestionowania faktur sprzed kilku lat. Zasada ta nie chroni podatnika, w sytuacji gdy naruszenie prawa jest jednoznaczne, a dokumentacja zawiera oczywiste błędy. Nie uchyla ona również przepisów o przedawnieniu ani kompetencji kontrolnych organów podatkowych.

W praktyce jej znaczenie może ujawnić się przede wszystkim w sprawach granicznych, dotyczących m.in.: - kwalifikacji transakcji, - prawa do odliczenia VAT, - momentu powstania obowiązku podatkowego, - oceny rzetelności dokumentów księgowych.

Może ona ograniczać arbitralność decyzji, ale nie eliminuje ryzyka kontroli i kwestionowania rozliczeń po kilku latach.

Przedawnienie w prawie cywilnym - krótszy termin

Faktura pełni nie tylko funkcję podatkową, lecz także dowodową w relacjach cywilnoprawnych. Z punktu widzenia prawa cywilnego roszczenia wynikające z faktur co do zasady przedawniają się po trzech latach od dnia wymagalności.

Oznacza to, że przedsiębiorca, który nie dochodzi zapłaty od kontrahenta, po upływie tego terminu naraża się na skuteczny zarzut przedawnienia. W efekcie może utracić możliwość odzyskania należności, mimo że świadczenie zostało wykonane.

Z perspektywy praktyki obrotu gospodarczego prowadzi to do sytuacji, w której roszczenie cywilne wygasa wcześniej niż możliwość zakwestionowania tej samej faktury przez organ podatkowy.

Wieloletnie skutki błędów w dokumentach

W wielu firmach dopiero po zmianie księgowego lub w trakcie kontroli ujawniane są nieprawidłowości sprzed kilku lat. Często dotyczą one transakcji wewnątrzwspólnotowych, usług niematerialnych lub stosowania niewłaściwej stawki VAT. Choć podatnik dostrzega błąd, nie ma już możliwości jego naprawienia z powodu upływu terminu przedawnienia.

NSA w wyroku z 27 października 2016 r. (II FSK 3984/14) wskazał, że nawet przy nadaniu decyzji rygoru natychmiastowej wykonalności organy podatkowe muszą respektować ograniczenia wynikające z przedawnienia zobowiązań podatkowych.

Spory dotyczące dawnych faktur potrafią jednak sięgać kwot rzędu kilkudziesięciu czy kilkuset tysięcy złotych, co może poważnie zagrozić płynności finansowej przedsiębiorstwa.

Wnioski dla przedsiębiorców

Faktury nie są jedynie dokumentami księgowymi, lecz aktami o długotrwałych skutkach prawnych. Z punktu widzenia przedsiębiorcy oznacza to konieczność bieżącej weryfikacji dokumentów oraz reagowania na nieprawidłowości na etapie ich powstawania, a nie po kilku latach.

Największym zagrożeniem nie jest sama kontrola, lecz brak możliwości obrony po upływie ustawowych terminów. Po pięciu latach podatnik nie może już ani skorygować faktury, ani naprawić swoich rozliczeń. Jeżeli w tym czasie organ podatkowy zakwestionuje dokument, przedsiębiorca pozostaje bez realnych instrumentów ochrony.

To pokazuje, że faktury nie są zwykłymi dokumentami księgowymi, lecz elementami, które mogą po latach przesądzić o bezpieczeństwie finansowym firmy.