Odsetki za zwłokę biegną od dnia następującego po upływie terminu płatności podatku przez podatnika, płatnika lub inkasenta lub od dnia otrzymania przez te osoby nienależnej nadpłaty lub zwrotu podatku. - Konsekwencją uznania za zaległość podatkową niewpłaconych w terminie zaliczek na podatek dochodowy jest wynikająca z przepisów Ordynacji podatkowej konieczność naliczenia odsetek za zwłokę z tytułu zaliczek na podatek niewpłaconych w trakcie roku podatkowego. Po zakończeniu roku podatkowego w przypadku stwierdzenia przez organ podatkowy niezłożenia deklaracji lub niezapłacenia zaliczek na podatek dochodowy lub też wpłacenia ich w wysokości niższej niż należna, odsetki są liczone od dnia następującego po terminie powstania zaległości do dnia złożenia zeznania podatkowego lub też na ostatni dzień terminu, w którym powinno nastąpić złożenie zeznania podatkowego. Następnie, jeżeli z rozliczenia za cały rok nadal będzie wynikać zaległość podatkowa – odsetki naliczane będą od tej zaległości - uważa Michna.
Ordynacja podatkowa zawiera przy tym ograniczenia w okresie naliczania odsetek za zwłokę jeśli opóźnienie w płatności wynika z działania organu podatkowego. W szczególności, nie są naliczane odsetki za zwłokę za okres po upływie terminu do wydania decyzji w postępowaniu odwoławczym do dnia doręczenia decyzji organu odwoławczego. W takim wypadku wstrzymanie biegu odsetek od zaległości ma na celu nieprzerzucanie na podatnika skutków opóźnień po stronie organu podatkowego. Według Mirosława Michny, dodatkową ulgę w kalkulacji odsetek od zaległości podatkowych definiuje art. 56§ 1a Ordynacji podatkowej wprowadzający obniżenie odsetek za zwłokę do 75% stawki podstawowej między innymi w sytuacji, gdy podatnik złoży, przed doręczeniem zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli, prawnie skuteczną korektę wraz z uzasadnieniem oraz w ciągu 7 dni dokona wpłaty zaległej kwoty.