W ocenie KE na rynku ETS jest obecnie zbyt dużo uprawnień do emisji, co skutkuje spadkiem ich ceny i osłabia motywację europejskiego przemysłu do inwestycji w projekty niskoemisyjne. Dlatego KE zaproponowała wycofanie 900 mln uprawnień z rynku w latach 2013-2015 i ich powrót w latach 2017-2020. Efektem tej zmiany miał być wzrost cen uprawnień w najbliższych trzech latach. W tym celu KE zaproponowała zapisanie w dyrektywie ETS upoważnienia dla KE do manipulowania ilością uprawnień na rynku w „nadzwyczajnych okolicznościach”.
Zmiana dyrektywy musiała zostać zaaprobowana przez Radę oraz PE. 16 kwietnia 2013 r. w głosowaniu plenarnym Parlament Europejski, stosunkiem głosów 334 do 315, odrzucił propozycję KE w obecnym kształcie. Jednocześnie zobowiązał komisję ENVI do ponownego przeanalizowania sprawy i ewentualnego przygotowania kolejnej propozycji.
Decyzja PE jest zgodna z polskim stanowiskiem w tej sprawie. Polska podkreślała, iż jakiekolwiek ingerowanie w system ETS nie wydaje się właściwe i potrzebne. Wysokość ceny uprawnień nie powinno być przedmiotem arbitralnej decyzji lecz jedynie gry rynkowej popytu i podaży.
Zdaniem Polski, obecna sytuacja na rynku uprawnień do emisji wynika przede wszystkim z ograniczenia produkcji w związku z kryzysem ekonomicznym. Niemniej jednak, mimo niskich cen uprawnień, UE nadal jest w stanie zrealizować cel 20 proc. redukcji emisji. Naturalnym impulsem do wzrostu cen uprawnień będzie ożywienie gospodarcze.