Nowelizacja zmieni między innymi procedurę homologacji pojazdów kolejowych. Dotychczas zezwolenia na dopuszczenie do eksploatacji pojazdu kolejowego wydawanego przez Prezesa Urzędu Transportu Kolejowego (UTK), po zmianie zezwolenie na wprowadzenie pojazdu kolejowego do obrotu będzie wydawane przez Agencję Kolejową Unii Europejskiej. Zezwolenie będzie mógł wydać również prezes UTK, ale tylko w przypadku, jeśli użytkowanie pojazdu ograniczone będzie do terytorium Polski.
Agencja Kolejowa Unii Europejskiej będzie działała jako tzw. “One Stop Shop” - punkt kompleksowej obsługi, który poprzez platformę informatyczną będzie umożliwiał wnioskodawcy zdalne składanie wniosków (np. o wprowadzenie pojazdu kolejowego do obrotu, jednolity certyfikat bezpieczeństwa) i przesyłanie dokumentów.
Nowa ustawa zakłada, że w miejsce dotychczasowych certyfikatów bezpieczeństwa w dwóch częściach - A i B, wydawanych przez tzw. krajowe organy ds. bezpieczeństwa - wprowadzono jednolity certyfikat bezpieczeństwa wydawany przez Agencję Kolejową Unii Europejskiej lub Prezesa Urzędu Transportu Kolejowego (gdy taką wolę wyrazi wnioskodawca i tylko dla działalności w Polsce).
W znowelizowanej ustawie zmieniono również wymagania dotyczące systemów zarządzania bezpieczeństwem, tworzonych przez przewoźników kolejowych i zarządców infrastruktury. Przewoźnicy kolejowi będą mieli obowiązek zapewnienia pomocy rodzinom ofiar śmiertelnych wypadków oraz osobom ciężko rannym i ich rodzinom. Zgodnie z nowym rozwiązaniem, przewoźnik będzie udzielał poszkodowanym informacji dotyczących procedur dochodzenia roszczeń w ramach przepisów unijnych. Jednocześnie - na własny koszt - przewoźnik kolejowy będzie musiał zapewnić wsparcie psychologiczne.