Jak postąpić w sytuacji, gdy po kilku latach okazało się, że pobranie PCC uwzględnionego w wartości początkowej było bezzasadne, a należało pobrać VAT?

Pytanie

W 2010 r. nabyliśmy nieruchomość zabudowaną. W związku z tym, że sprzedaż była zwolniona z podatku VAT, notariusz pobrał podatek od czynności cywilno prawnych. W 2013 r. sprzedawca wystawił nam fakturę korygującą z wykazanym podatkiem VAT (uzyskał Interpretację, że czynność powinna zostać opodatkowana VAT). Ustalając wartość początkową środków trwałych wszelkie opłaty związane z nabyciem przedmiotowej nieruchomości zwiększyły jej wartość, która stanowiła podstawę dokonywania odpisów amortyzacyjnych. Po otrzymaniu faktury korygującej wystąpiliśmy do Urzędu Skarbowego z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w zakresie PCC. PCC zostało nam zwrócone i tym samym dokonaliśmy korekty wartości początkowej nieruchomości przyjętych do ewidencji środków trwałych.

W związku z zaistniałą sytuacją czy spółka powinna dokonać korekty kosztów wstecz oraz dokonać korekty zeznań podatkowych za lata, w których odpisy były wyższe (liczone były od wyższej wartości początkowej), czy też należy ująć na bieżąco i nie dokonywać żadnych korekt?