Raport: Kontroli mniej, ale bardziej dotkliwe

Kontrole podatkowe są coraz rzadsze, ale jednocześnie bardziej dotkliwe dla podatników, którzy znajdą się pod lupą organu. Podczas gdy liczba kontroli celno-skarbowych spadła w 2025 r. o 27 proc. w porównaniu z rokiem poprzednim, to wartość ustaleń wzrosła o 48 proc. W centrum zainteresowania KAS pozostaje VAT, ale organy koncentrują się też na cenach transferowych i podatku u źródła (WHT) - wynika z raportu Kancelarii Tomczykowski Tomczykowska „Kontrole pod kontrolą. Praktyka KAS 2022–2025”.

Kancelaria Tomczykowski Tomczykowska przygotowała trzecią już edycję raportu „Kontrole pod kontrolą. Praktyka KAS 2022–2025” w oparciu o dane oraz praktykę kontroli podatkowych KAS w latach 2022–2025.

- Administracja skarbowa przyspiesza – i robi to coraz bardziej wyspecjalizowanymi narzędziami. Powołanie Zespołu ds. Zwalczania Agresywnego Planowania Podatkowego oraz Centrum Kompetencyjnego KAS w tym obszarze to nie tylko zmiana organizacyjna. To jasny sygnał zmiany podejścia: większa precyzja, większa konsekwencja, większa skuteczność. W tej rzeczywistości intuicyjne decyzje podatkowe przestają wystarczać. Zarządzanie ryzykiem podatkowym wymaga dziś takiego samego poziomu profesjonalizmu jak zarządzanie finansami czy strategią biznesową. Dlatego prewencja, przygotowanie i przemyślana architektura działań nie są już „dobrą praktyką”. To fundament bezpiecznego rozwoju firmy - wskazuje Anna Turska-Tomczykowska, partner zarządzająca.

Trendy kontroli

Zgodnie z raportem, od 2022 r. utrzymuje się trend spadkowy liczby prowadzonych kontroli podatkowych. Nie oznacza to jednak, że maleje również łączna kwota doszacowanego w toku tych kontroli podatku. Ten sam poziom doszacowań przy mniejszej ilości kontroli potwierdza obserwowane szczególnie w wyspecjalizowanych kontrolach celno-skarbowych lepsze identyfikowanie nieprawidłowości i skuteczniejsze typowanie podatników do kontroli.

Według autorów raportu, wzrost kwoty ustaleń aż o 46 proc. rok do roku wskazuje na istotny wzrost skuteczności działań organów. Dysponując coraz większą ilością danych i lepszymi narzędziami analitycznymi, organy skarbowe odchodzą od ilości na rzecz jakości prowadzonych kontroli.

W raporcie zwrócono również uwagę na jeden z najbardziej dotkliwych dla podatników aspektów prowadzenia kontroli – a więc czas ich trwania. O ile w odniesieniu do kontroli podatkowych istotnych zmian w tym zakresie na razie nie widać , o tyle  kontrole celno-skarbowe są zdecydowanie dłuższe.

- Biorąc pod uwagę, iż obecnie istotna część kontroli odbywa się jeszcze przed jej formalnym wszczęciem, właśnie w ramach analizy danych i typowania podatników, kontrole celno-skarbowe trwające średnio rok wydają się zupełnie nieuzasadnione. Może to świadczyć z jednej strony o praktyce wykorzystywania kontroli celno-skarbowych do poszukiwania kolejnych nieprawidłowości, również u kontrahentów, lub o wciąż zbyt małej ilości zasobów po stronie KAS, które zapewniałyby efektywne prowadzenie kontroli - wskazuje Agnieszka Ławnicka, managing associate w zespole postępowań podatkowych.

Wśród najczęściej kontrolowanych od 2023 r. niezmiennie pozostają branże:

•      e-commerce,
•      budownictwo,
•      gastronomia,
•      usługi kosmetyczne,
•      warsztaty samochodowe.

W CIT kluczowe ceny transferowe i WHT

Jak wynika z raportu, powołanie w połowie 2025 roku Zespołu ds. Zwalczania Agresywnego Planowania Podatkowego oraz Centrum Kompetencyjnego KAS ds. Zwalczania Agresywnego Planowania Podatkowego wskazuje, że KAS dostrzega w obszarze cen transferowych znaczący potencjał nieprawidłowości oraz konieczność objęcia go szczególnym nadzorem.

W połowie 2025 roku Szef KAS wskazywał, że poziom doszacowanych dochodów podatników w kontrolach cen transferowych sięgał 572 mln PLN. Cały rok zakończył się kwotą blisko 890 mln zł, co oznacza około 10 proc. wzrost w porównaniu z 2024 r. Mimo że w 2025 roku liczba przeprowadzonych kontroli spadła, wzrósł poziom przeciętnego doszacowania, który był w tym roku dwukrotnie wyższy niż w 2023 roku.

Michał Gawrysiak, partner w zespole cen transferowych, wskazuje, że w 2025 roku kontrole w zakresie cen transferowych przeprowadzono u zaledwie 237 podatników z ok 25 tysięcy podlegających regulacjom w zakresie cen transferowych. Mimo to, suma doszacowań dochodów w tych kontrolach stanowiła aż 2/3 całej sumy doszacowań w CIT. Stąd można stwierdzić, że kwestia cen transferowych jest kluczowym zagadnieniem w obszarze CIT. Biorąc pod uwagę działania KAS, można się spodziewać, że w kolejnych latach wzrosną zarówno liczba kontroli w tym obszarze, jak i doszacowane kwoty.

Raport pokazuje też, że ciężar działań kontrolnych w obszarze podatku u źródła przesunął się w kierunku kontroli celno-skarbowych prowadzonych przez urzędy celno-skarbowe. Tzw. „zwykłe” kontrole podatkowe w zakresie podatku u źródła prowadzone są głównie przez Lubelski Urząd Skarbowy, jednak ich znaczenie pozostaje marginalne, a ustalenia stanowią jedynie niewielki ułamek w porównaniu do kontroli celno-skarbowych.

W 2025 r. widoczny jest wzrost liczby wniosków dot. opinii o stosowaniu preferencji względem 2024 r., ale nie jest on tak wysoki, jak można by oczekiwać. W 2025 r. upłynął bowiem trzyletni okres ważności pierwszych opinii wydanych w 2022 r. (wówczas złożono 1 374 wnioski).

Jak komentuje to Jacek Wojtach, managing associate w zespole CIT, oświadczenia płatnika, stanowiące alternatywę dla opinii, pozostają rozwiązaniem znacznie szybszym w zastosowaniu, jednak wiążą się z podwyższonym ryzykiem. Weryfikacja, w tym m.in. dokumentacji potwierdzającej status podatnika, następuje bowiem dopiero na etapie ewentualnej kontroli, a ryzyko obejmuje również dodatkowe sankcje podatkowe oraz odpowiedzialność karną skarbową członków zarządu.

Raport pokazuje, że jednocześnie rośnie liczba wniosków o zwrot WHT w procedurze pay and refund, podobnie jak liczba samych zwrotów.

Coraz więcej decyzji uchylanych przez sądy

Autorzy raportu zwracają też uwagę, że z roku na rok rośnie odsetek decyzji podatkowych uchylanych na etapie postępowania sądowo-administracyjnego. W pierwszej połowie 2025 r. niemal 28 proc. skarg podatników zostało uwzględnionych już w pierwszej instancji.

Biorąc pod uwagę coraz bardziej przemyślane typowanie podatników do kontroli, fakt uchylania wciąż dużego odsetka decyzji podatkowych może mieć związek nie tyle z ich gorszą jakością, co z bardziej agresywnym podejściem organów w toku tych kontroli co przekłada się m.in. na nadużycia procesowe dotyczące w szczególności przedawnienia.