Z ustawy wynika ograniczenie co do prawa do odliczenia podatku naliczonego, w przypadku gdy faktura została wystawiona przez podmiot nieistniejący. Poprzednio obowiązujący przepis (do końca czerwca 2011 r.) zawierał również ograniczenie w postaci niemożności odliczenia podatku, gdy podmiot był nieuprawniony do wystawiania faktur. Został on jednak uchylony za sprawą orzeczenia ETS z 22 grudnia 2010 r. (C-438/09), w którym Trybunał uznał, że niedopuszczalne jest stosowanie ograniczenia niewynikającego z dyrektywy, a uzależniające prawo do odliczenia od faktycznego zarejestrowania się jako podatnik VAT.

Zgodnie z utrwalonym orzecznictwem sądów administracyjnych, podmiotem nieistniejącym jest podmiot, który stwarzając formalne pozory istnienia, w rzeczywistości nie występuje ani w obronie gospodarczym, ani prawnym. Stąd, co do zasady, gdy okaże się, że fakturę wystawił podmiot, który nie istniał, to podatnik, pomimo, że transakcja odbyła się, faktura dokumentuje czynności, które zostały przeprowadzone, towar został wydany, zostaje pozbawiony prawa do odliczenia podatku naliczonego. Wyjątek ukształtowany przez orzecznictwo przewiduje, że mogą stanowić sytuacje, w których podatnik wykaże, że pomimo zachowania należytej staranności, nie widział, że transakcja mogła wiązać się z oszustwem.

W orzecznictwie ETS przyjęto linię, zgodnie z którą aby pobawić podatnika prawa do odliczenia podatku, organy podatkowe muszą najpierw udowodnić, że podatnik wiedział (lub powinien był wiedzieć), że transakcja wiązała się z popełnieniem przestępstwa przez wystawcę faktury. Ponadto, okoliczność, że podatnik nie posiada poza fakturą VAT innych dokumentów i brak jest przesłanek do uznania przez niego, że wystawca faktury dopuścił się przestępstwa, nie pozbawia go prawa do odliczenia (m.in. wyrok z dnia 21 czerwca 2012 r. w sprawach połączonych: C-80/11 oraz C-142/11).

Powyższe zapatrywania podzielił WSA w Warszawie w wyroku z dnia 11 marca 2010 r. (III SA/Wa 1896/09), w którym Sąd uznał, że aby pozbawić podatnika prawa do odliczenia podatku należy najpierw ustalić w toku postępowania podatkowego, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, że uczestniczy w transakcjach wykorzystywanych do popełnienia oszustwa.

Co więcej, z orzecznictwa sądów administracyjnych wynika, że przedsiębiorca zawierając transakcję z podmiotem, powinien dokładnie sprawdzić jego dane, tj. REGON, KRS oraz NIP, zweryfikować siedzibę firmy. Z jednej strony ww. dane są ogólnodostępne, choćby poprzez wyszukiwarki danych KRS, CEIDG czy REGON, jednak nie zawsze podatnik będzie miał możliwość sprawdzić, czy pod podanym adresem rzeczywiście wystawca faktury prowadzi działalność gospodarczą.

W sprawie toczącej się przed WSA w Łodzi, w wyroku z dnia 23 października 2010 r. odmówiono podatnikowi prawa do odliczenia podatku, pomimo, że wykazał on, że kontrahent okazał mu dokumenty rejestracyjne w postaci odpisu z KRS oraz zaświadczenia o numerze NIP i REGON, stąd miał prawo sądzić, że dokonuje zakupu towaru od podmiotu legalnie funkcjonującego na rynku. Okazało się bowiem, że w chwili zawierania transakcji dane podmiotu nie były aktualne, nadto, zarzucono podatnikowi, że nie zweryfikował miejsca wykonywania działalności przez podmiot.
W ostatniej sprawie, NSA rozpatrujący skargę kasacyjną podatnika przedstawił pytanie prejudycjalne Trybunałowi Sprawiedliwości UE, odnośnie zgodności polskich przepisów umożliwiających odliczenia podatku z faktur wystawionych przez podmiot nieistniejący, z przepisami dyrektywy.