Dotychczas trzema akceptowalnymi formami faktur były: tradycyjne papierowe, e-faktury opatrzone bezpiecznym podpisem elektronicznym lub e-faktury wysyłane za pomocą zamkniętej sieci elektronicznej wymiany danych (EDI). Nowe przepisy usprawnią przepływ tych dokumentów, zmniejszą wydatki na opłaty pocztowe, nakłady na materiały biurowe i archiwizację.  Zgodnie z wytycznymi rozporządzenia od 1 stycznia 2011 r. faktury mogą być przesyłane, w tym udostępniane, w formie elektronicznej w dowolnym formacie elektronicznym pod dwoma warunkami. Pierwszym jest zapewnienie autentyczności pochodzenia i integralności treści faktury. Drugim – uzyskanie zgody kontrahenta na taką formę dystrybucji. Takiej zgody (oświadczenie woli) będzie można udzielić zarówno tradycyjnie, jak i w formie elektronicznej.

Faktury wysłane w formie elektronicznej będzie można przechowywać w dowolny sposób w podziale na okresy rozliczeniowe, zapewniając: 1) autentyczność pochodzenia, integralność treści i czytelność tych faktur od momentu ich wystawienia do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego; 2) łatwość ich wyszukiwania; 3) bezzwłoczny dostęp do faktur organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej na żądanie, zgodnie z odrębnymi przepisami.
E-faktury można będzie przechowywać również w innym kraju UE, pod warunkiem zapewnienia do nich organowi podatkowemu dostępu online.