Zgodnie z ustawą, podstawą opodatkowania jest nadwyżka sumy wartości aktywów podatnika, wynikająca z zestawienia obrotów i sald, ustalonego na ostatni dzień miesiąca na podstawie zapisów na kontach księgi głównej. Minister wskazał, że przedmiotowe zestawienie będzie zawierało obroty i salda poszczególnych kont składników aktywów oraz kont je korygujących powstałych z pionowego podziału tych kont aktywów (np. środki trwałe i umorzenie środków trwałych, należności i odpisy aktualizujące wartość należności/rezerwy). A zatem, przy ustalaniu podstawy opodatkowania podatkiem od niektórych instytucji finansowych powinny być uwzględnione wartości aktywów ustalone na podstawie sald wszystkich ww. kont.

Minister finansów wyjaśnił ponadto wątpliwości dotyczące tego, czy podatnikami w rozumieniu ustawy są pracodawcy, którzy udzielają pożyczek swoim pracownikom ze środków obrotowych lub środków z zakładowego funduszu świadczeń socjalnych. Zdaniem ministra, nie są oni instytucją pożyczkową, która będzie podlegała podatkowi od niektórych instytucji finansowych.

Wątpliwość interpretacyjną mogą wg ministra budzić użyte w ustawie określenia: podatnik zależny, współzależny pośrednio lub bezpośredni oraz to jak określać powiązania między nimi i jakie kryterium należy przyjąć by dany podatnik mógł prawidłowo określić podstawę opodatkowania. Wykładnia w tym przypadku powinna bazować na definicjach zawartych w ustawie o rachunkowości lub standardach rachunkowości stosowanych przez podatnika na podstawie art. 2 ust. 3 tej ustawy, w kwestiach dotyczących jednostek powiązanych, zależnych, współzależnych.

W przepisach ustawy o podatku od niektórych instytucji finansowych, regulacje dot. określenia podstawy opodatkowania obejmują podatników zależnych lub współzależnych pośrednio lub bezpośrednio od jednego podmiotu lub grupy podmiotów powiązanych ze sobą, bez dolnego progu wielkości posiadanych udziałów, akcji lub głosów. W związku z powyższym należy przyjąć, że każde (w tym pośrednie) powiązanie kapitałowe między podatnikami powinno być uwzględniane przy określaniu powiązań, o których mowa w tych przepisach.

Ustawa nie precyzuje sposobu rozliczania tzw. kwoty wolnej (2 mld zł) przez podatników, których podstawa opodatkowania ustalana jest w sposób łączony, zatem posiadają oni dowolność w tym zakresie. Niemniej jednak, w opinii ministra finansów, zasadnym sposobem rozliczania tzw. kwoty wolnej od podatku między podmiotami, powiązanymi jest rozwiązanie, zgodnie z którym kwota wolna powinna być przypisana i rozliczana pomiędzy tymi podmiotami proporcjonalnie do posiadanych przez nie aktywów, składających się na  łączną podstawę opodatkowania, po uwzględnieniu proporcjonalnego udziału aktywów każdego z podatników w ogólnej kwocie aktywów do opodatkowania.

Interpretacja ogólna ministra finansów z 3 marca 2016 r., PK1.8201.1.2016