Ministerstwo motywuje odejście od dwuinstancyjnego postępowania podatkowego wysokim stopniem zaskarżalności decyzji podatkowych do sądów administracyjnych, co ma wskazywać, że celem podatnika jest doprowadzenie do rozstrzygnięcia sporu podatkowego przez sąd administracyjny. Zdaniem resortu, przy tym założeniu dwuinstancyjne postępowanie podatkowe, z perspektywy podatnika, może być odbierane jako element opóźniający realizację tego celu.

Z tym stanowiskiem nie zgadza się Łukasz Czucharski, który uważa, że celem podatników jest szybkie, ale przede wszystkim prawidłowe uzyskanie rozstrzygnięcia sprawy, nie zaś przekierowanie jej do sądu administracyjnego. Wysoka zaskarżalność decyzji podatkowych wynika przede wszystkim ze sposobu prowadzenia spraw przez organy administracji skarbowej, tj. m.in. pomijanie istotnych dowodów, wydawanie arbitralnych, niepopartych dowodami decyzji czy naruszenia przepisów prawa materialnego i procesowego.

Jednak zdaniem eksperta, pomysł wprowadzenia modelu jednoinstancyjnego, dla niektórych spraw podatkowych, tj. dla takich, w których przeprowadzona została kontrola celno–skarbowa,  mógłby okazać się dla podatników korzystny,  pod warunkiem, że decyzje wydawane przez organy podatkowe, w przypadku ich zaskarżenia, nie będą podlegały wykonaniu, aż do rozstrzygnięcia sprawy przez sąd administracyjny. Bez takowego zabezpieczenia wprowadzenie jednoinstancyjnego postępowania podatkowego należy uznać za nie do zaakceptowania, bowiem samo wprowadzenie takiego modelu nie gwarantuje, że jakość wydawanych przez organy decyzji nagle ulegnie znaczącej poprawie.