Art. 87 ust. 6 pkt 1 ustawy o podatku od towarów i usług odwołuje się do art. 22 ust. 1 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej. Przepis ten w sposób jednoznaczny wskazuje, że dokonywanie lub przyjmowanie płatności związanych z wykonywaną działalnością gospodarczą następuje za pośrednictwem rachunku bankowego w każdym przypadku gdy stroną transakcji, z której wynika płatność jest inny przedsiębiorca oraz jednorazowa wartość transakcji, bez względu na liczbę wynikających z niej płatności, przekracza równowartość 15.000 euro przeliczonych na złote według średniego kursu walut obcych ogłaszanego przez Narodowy Bank Polski ostatniego dnia miesiąca poprzedzającego miesiąc, w którym dokonano transakcji.
Tak więc wskazany przepis art. 87 ust. 6 pkt 1 ustawy o VAT, w sytuacji gdy podatnik chce skorzystać z uprawnienia w nim wskazanego, nakazuje bezwzględnie dokonać zapłaty za dokonane zakupy gotówką bądź przelewem za pośrednictwem rachunku bankowego. W żadnym miejscu wskazany przepis nie odnosi się do możliwości regulowania należności w drodze kompensaty wzajemnych wierzytelności. Tym samym spółka chcąc skorzystać z tego uprawnienia szczególnego tzn. otrzymać zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w terminie 25 dni jest zobowiązany dokonać zapłaty gotówką lub przelewem za faktury dotyczące transakcji poniżej 15.000 euro oraz wyłącznie przelewem z rachunku bankowego w odniesieniu do transakcji dokumentowanych fakturami, gdy należność przekracza kwotę 15.000 euro.
W konsekwencji powyższego, podatnik, który złoży wniosek o wcześniejszy zwrot, w sytuacji, gdy kwoty podatku naliczonego wykazane w deklaracji wynikają z faktur dokumentujących transakcje, zostały uregulowane poprzez potrącenie wzajemnych wierzytelności (kompensatę) – nie będzie uprawniony do zwrotu różnicy podatku VAT (wynikającego z tych faktur) w terminie 25 dni od dnia złożenia rozliczenia.
Interpretacja indywidualna Dyrektora Izby Skarbowej w Warszawie z 30 listopada 2012 r., IPPP3/443-881/12-3/RD