Pojawia się w tym miejscu problem, czy tego typu działanie jest zgodne z zasadą trwałości realizacji projektu, o którym mowa w art. 57 rozporządzenia Rady (WE) nr 1083/2006 z dnia 11 lipca 2006 r. ustanawiającego przepisy ogólne dotyczące Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego, Europejskiego Funduszu Społecznego oraz Funduszu Spójności i uchylające rozporządzenie (WE) nr 1260/1999 (Dz. Urz. UE L 210/25 z 31 lipca 2006 r.).

Problematyka przekształceń własnościowych beneficjentów należy do zagadnień prawnych, które w doktrynie prawa administracyjnego wzbudzają szereg kontrowersji. Analizując orzecznictwo ETS, komunikaty Komisji Europejskiej oraz informacje publikowane przez Ministerstwo Rozwoju Regionalnego, można zauważyć w tym zakresie istotne różnice poglądów.

Bezsporne jest to, że wymóg zapewnienia trwałości projektu wynika bezpośrednio z postanowień rozporządzenia Rady (WE) nr 1083/2006 z dnia 11 lipca 2006 r. Zgodnie z zasadami określonymi w art. 57 rozporządzenia trwałość projektów współfinansowanych ze środków funduszy strukturalnych lub Funduszu Spójności musi być zachowana przez okres pięciu lat od daty zakończenia projektu. Poprzez datę zakończenia projektu należy rozumieć termin realizacji projektu określony w umowie o dofinansowanie projektu, z uwzględnieniem przepisów art. 88 rozporządzenia Rady (WE) nr 1083/2006. W przypadku projektów realizowanych w celu utrzymania inwestycji lub miejsc pracy stworzonych przez MŚP, okres, o którym mowa powyżej, wynosi trzy lata od daty zakończenia projektu.

Pojęcie „trwałości projektu” jest rozumiane jako niepoddanie projektu tzw. znaczącej modyfikacji.

Zgodnie z art. 57 wyżej wymienionego rozporządzenia znacząca modyfikacja to taka, która:
a) ma wpływ na charakter lub warunki realizacji projektu lub powoduje uzyskanie nieuzasadnionej korzyści przez przedsiębiorstwo lub podmiot publiczny oraz
b) wynika ze zmiany charakteru własności elementu infrastruktury albo z zaprzestania działalności produkcyjnej.

Analogiczne regulacje prawne były zamieszczone w uchylonym już art. 30 ust. 4 rozporządzenia Rady (WE) nr 1260/1999 stanowiącego podstawę prawną dla wdrażania m.in. Zintegrowanego Programu Operacyjnego Rozwoju Regionalnego.

Należy zauważyć, że zgodnie ze stanowiskiem Komisji Europejskiej [por. interpretacja Komisji Europejskiej wyrażona podczas 20. posiedzenia Komitetu Koordynującego Fundusze (COCOF) w dniach 24–25 września 2008 r.] oraz Wytycznymi Ministra Rozwoju Regionalnego dot. kwalifikowalności wydatków w ramach funduszy strukturalnych i Funduszu Spójności w okresie programowania 2007–2013 (MRR/H/8(4)12/2008) znacząca modyfikacja projektu, czyli złamanie zasady trwałości, występuje wtedy, gdy zachodzi:
– przynajmniej jedna przesłanka z lit. b art. 57 ust. 1 cyt. rozporządzenia jako przyczyna, tj. np. zmiana charakteru własności elementu infrastruktury, np. przekształcenie własnościowe
oraz (łącznie)
– przynajmniej jedna przesłanka z lit. a art. 57 ust. 1 cyt. rozporządzenia jako skutek, tj. np. uzyskanie nieuzasadnionej korzyści przez przedsiębiorstwo lub podmiot publiczny.

Warto w tym miejscu nadmienić, że w prawie wspólnotowym brak jest jednoznacznej definicji pojęcia „zmiana charakteru własności”. Z opinii Komisji Europejskiej wynika, że gdy poprzedni i obecny właściciel są podmiotami publicznymi, nie mogą wystąpić przesłanki z art. 57 rozporządzenia Rady (WE) nr 1083/2006. Natomiast gdy poprzedni właściciel był podmiotem publicznym, a kolejny jest podmiotem prywatnym lub z udziałem kapitału prywatnego, najprawdopodobniej wystąpi przesłanka z art. 57 ust. 1 cyt. rozporządzenia, tj. uzyskanie nieuzasadnionej korzyści przez nowego właściciela. Nowi udziałowcy spółki prawa handlowego mogą bowiem uzyskać nieuzasadnione korzyści np. poprzez uczestnictwo w zysku spółki albo poprzez zbywanie swoich udziałów po cenie wyższej niż cena nabycia, gdyż poprzez realizację projektu wzrosły aktywa spółki. Również podmioty publiczne mogą uzyskać nieuzasadnione korzyści, gdyż za udziały w spółce mogą uzyskać wyższą cenę niż w sytuacji, gdy nie byłby realizowany projekt finansowany z funduszy strukturalnych.

Należy podkreślić, że konsekwencjami prawnymi znaczącej modyfikacji projektu przez beneficjenta jest obowiązek wszczęcia przez Instytucję Zarządzającą RPO procedury odzyskiwania środków europejskich zgodnie z art. 98–102 rozporządzenia Rady nr (WE) 1083/2006.

Samorządy województw często zabezpieczają się przed samowolną praktyką przekształceń własnościowych beneficjentów, wprowadzając do umów o dofinansowanie projektu zastrzeżenia określające, iż takie przekształcenie bez uprzedniej zgody Instytucji Zarządzającej jest wystarczającą przesłanką do rozwiązania tej umowy.

Z punktu widzenia Instytucji Zarządzającej RPO dokonanie przekształcenia własnościowego jednostki budżetowej danej gminy poprzez likwidację tego podmiotu i utworzenie spółki z o.o. może być dopuszczalne przy spełnieniu następujących warunków:
1) majątek wytworzony z udziałem środków unijnych w ramach projektu realizowanego przez gminę za pośrednictwem danej jednostki budżetowej będzie faktycznie wykorzystywany przez spółkę z o.o. w celach, do których majątek był wykorzystywany przez zlikwidowaną jednostkę budżetową;
2) majątek, na podstawie którego powstanie spółka z o.o., nadal będzie de facto majątkiem gminy (100% udziałów, które jednostka samorządu terytorialnego nie będzie mogła zbywać);
3) zostanie pełna zachowana kontrola gminy nad spółką z o.o.

Jak wskazuje Komisja Europejska, oceniając, czy na skutek przekształceń własnościowych dojdzie do naruszenia art. 57 rozporządzenia Rady (WE) nr 1083/2006, należy każdy przypadek oceniać w sposób indywidualny, mając na względzie niepowtarzalne okoliczności każdej sprawy. Przed podjęciem ostatecznej decyzji Instytucja Zarządzająca wezwie beneficjenta do przedłożenia projektu aktu notarialnego nowej spółki prawa handlowego oraz złożenia stosownych wyjaśnień.