W ocenie ministra administracji i cyfryzacji nie budzi wątpliwości, iż do Rejestru wpisana może zostać wyłącznie wspólnota religijna, która zgodnie z art. 2 ust 1 ustawy o gwarancjach wolności sumienia i wyznania, jest tworzona w celu wyznawania i szerzenia wiary religijnej. Minister podzielił opinię biegłych, iż doktryna Kościoła „zdradza w sposób zdecydowany cechy parodii doktryn już istniejących, a zwłaszcza chrześcijaństwa, zmierzając do ośmieszenia lub podważenia pewnych idei/prawd wiary, które mogą budzić sprzeciw u niewierzących (np. przekonanie o spożywaniu ciała i krwi Chrystusa w trakcie komunii).
- Samo parodiowanie nie jest niczym nagannym ani zakazanym, ale w tym wypadku widać, iż jest to podstawowy cel rozważanej tu grupy. Można więc domniemywać, iż grupie tej nie tyle chodzi o stworzenie własnej doktryny oraz łączenie wokół niej grona wyznawców celem powołania do życia jakiejś nowej gminy wyznaniowej lecz – o ośmieszenie zasad obowiązujących w innej religii (w tym wypadku chrześcijańskiej). W rzeczywistości mamy tu więc do czynienia z czymś w rodzaju anty-religii - czytamy w kemntarzu resortu do decyzji.

MAiC informuje, że biegli religioznawcy stwierdzili również, iż:
"(…) w oparciu o opartą dokumentację, na postawione na początku pytanie, czy Kościół Latającego Potwora Spaghetti, można uznać za wspólnotę religijną, odpowiadamy:
(…) w zakresie indywidualnym i prywatnym – tak (bo każdy może sobie uznać co mu się podoba, nawet jeśli to jest zupełnie absurdalne) (…)”.

Ministerstwo Administracji i Cyfryzacji stwierdza w opublikowanym w piatek oświadczeniu, że ma świadomość wszystkich uwag i zastrzeżeń. Z jednej strony przepisy prawa ograniczają kompetencje organu rejestrowego do oceny wniosku jedynie w aspekcie zgodności z powszechnie obowiązującymi przepisami prawa chroniącymi bezpieczeństwo publiczne, porządek, zdrowie lub moralność publiczną, władzę rodzicielską albo podstawowe prawa i wolności innych osób. - I w tym sensie istnieje część racji uzasadniająca rejestrację. Z drugiej strony natomiast, w oparciu o ekspertyzę można byłoby uznać, iż Kościół Latającego Potwora Spaghetti, nie spełnia wymogów art. 2 ust. 1 ustawy o gwarancjach wolności sumienia i wyznania, bowiem nie został utworzony – zdaniem ekspertów – w celu wyznawania i szerzenia wiary religijnej - napisano w komentarzu do decyzji.
- Mając to na uwadze Ministerstwo Administracji i Cyfryzacji odmawia wpisu, zarazem licząc na to, iż oceny ewentualnej przewagi wymiaru formalno – administracyjnego nad wymiarem związanym z oceną wskazującą na zastrzeżenia co do meritum sprawy, co podnieśli eksperci – dokona Sąd Administracyjny (zgodnie z obowiązującą procedurą), którego decyzję pierwszej instancji organ rejestrowy przyjmie do wykonania - czytamy.

MAiC przypomina, że na podstawie art. 127 § 3 Kodeksu postępowania administracyjnego (Dz. U. z 2013 r. poz. 267), strona niezadowolona z niniejszej decyzji w terminie 14 dni od dnia doręczenia niniejszej decyzji może zwrócić się do Ministra Administracji i Cyfryzacji z wnioskiem o ponowne rozpatrzenie sprawy.
W komunikacie resortu można też przeczyatć, że decyzja podjęta przez Ministerstwo Administracji i Cyfryzacji w niczym nie ogranicza obecnej działalności Kościoła Latającego Potwora Spaghetti.