Organy podatkowe są zobowiązane postępować zgodnie z art. 6, ust. 2 Konwencji o ochronie praw człowieka i podstawowych wolności. Związane są również zasadą poszanowania własności, która została zapisana w art. 1 Protokołu nr 1 do Konwencji – jak stwierdził Europejski Trybunał Praw Człowieka w wyroku z 23 października 2014 r. w sprawie Melo Tadeu v. Portugal (27785/10).

Skarga do Trybunału została wniesiona przez obywatelkę Portugalii. Kobieta nie chciała zapłacić należności podatku za podmiot, w którym była zatrudniona. Organ podatkowy uznał ją za osobę „faktycznie kierującą” i współodpowiedzialną za należności podatkowe podmiotu, w którym pracowała i posiadała udziały. Skarżąca twierdziła natomiast, iż co prawda rzeczywiście udziały posiadała, lecz nie odpowiadała za prowadzenie firmy i była tylko zwykłą pracownicą, więc nie może być współodpowiedzialna za długi spółki.
Portugalski sąd karny orzekł, że skarżąca nie odpowiada za zobowiązania spółki z ograniczoną odpowiedzialnością, w której posiadała udziały, i uniewinnił ją od zarzucanych jej przestępstw podatkowych. Portugalski organ podatkowy nie uwzględnił jednak wyroku sądu karnego i zobowiązał skarżącą do zapłaty zobowiązań podatkowych spółki z tytułu podatku dochodowego, opłaty skarbowej i podatku VAT od usług świadczonych przez spółkę.

Natomiast, jak potwierdził Trybunał, zasada prawdy materialnej nie działa jednostronnie i nie oznacza jedynie obowiązków podatnika względem państwa, lecz także oznacza obowiązki państwa względem podatnika – w tym uwzględnianie faktów ustalonych przez sądy karne. W tym wypadku administracja podatkowa ewidentnie, na niekorzyść podatnika, nie tylko zignorowała udowodnione w toku postępowania karnego fakty, lecz także – rzucając podejrzenia wobec skarżącej – bezpośrednio naruszała domniemanie niewinności.

Art. 6, ust. 2 Konwencji o ochronie praw człowieka i podstawowych wolności stanowi, że każdego oskarżonego o popełnienie czynu zagrożonego karą uważa się za niewinnego do czasu udowodnienia mu winy zgodnie z ustawą. Europejski

Trybunał Praw Człowieka zwrócił uwagę na to, że organy podatkowe również zobowiązane są do przestrzegania tego przepisu: „Biorąc pod uwagę ścisłe powiązanie postępowania egzekucyjnego i postępowania karnego odnośnie podatków, oczywiste jest, że art. 6 § 2 Konwencji stosuje się również do procesu egzekwowania podatków.”

Wyrok Europejskiego Trybunału Praw Człowieka ma ogromne znaczenie również dla polskich organów podatkowych, które nie tylko nie kierują się zasadą zaufania organu podatkowego do podatnika, lecz także często zapominają o tym, że są one związane zasadą domniemania niewinności.