Sprawa rozpoznawana przez Trybunał Konstytucyjny dotyczyła skargi Małgorzaty N., byłej wspólniczki zlikwidowanej w 2006 r. spółki cywilnej. Spółka ta prowadziła działalność gospodarczą i była zarejestrowanym podatnikiem VAT. W 2005 r. w firmie była przeprowadzana kontrola w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku od towarów i usług za 2001 r. W 2006 r. spółka złożyła zgłoszenie o zaprzestaniu wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu VAT z uwagi na likwidacje spółki. W związku z tym dyrektor urzędu kontroli skarbowej umorzył postępowanie kontrolne. Jednocześnie doręczył byłym wspólnikom informację, że podatek należny w poszczególnych miesiącach 2001 r. został przez spółkę zawyżony. Małgorzata N. złożyła do urzędu skarbowego wniosek o stwierdzenie nadpłaty, a następnie kolejne wnioski dotyczące nadpłaty w następnych latach. Naczelnik urzędu skarbowego umorzył te postępowania jako bezprzedmiotowe, wskazując że uprawnienie do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty oraz do korekty deklaracji przysługuje podatnikowi, czyli spółce. Wskutek zaprzestania działalności i likwidacji spółki prawo do zwrotu nadpłaty nie przysługuje jej byłym wspólnikom, nie są bowiem następcami prawnymi podatnika – uznał naczelnik urzędu skarbowego.

Sprawa trafiła na wokandę Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi, który zwrócił się z pytaniem prawnym do Trybunału Konstytucyjnego w kwestii, czy Małgorzatę N. można uznać za następczynię prawną zlikwidowanej spółki. W ocenie WSA w Łodzi jest możliwe określenie i wyegzekwowanie zobowiązań podatkowych od byłych wspólników. Ustawodawca nie uwzględnił jednak okoliczności, w której określenie zobowiązania podatkowego po rozwiązaniu spółki cywilnej lub tuż przed rozwiązaniem doprowadzić może do sytuacji powstania jednocześnie zaległości podatkowej jak i nadpłaty.

Po rozpoznaniu sprawy Trybunał Konstytucyjny orzekł, że art. 75 par. 2 pkt 1 lit. b i par. 3 oraz art. 81 par. 1 Ordynacji podatkowej takim zakresie, w jakim nie reguluje trybu złożenia korekty deklaracji i wniosku o stwierdzenie nadpłaty VAT przez byłych wspólników rozwiązanej spółki cywilnej będącej podatnikiem tego podatku, są niezgodne z konstytucją.

Trybunał wskazał na różnice w sposobie traktowania spółki cywilnej, w ramach której wspólnicy prowadzą wspólną działalność gospodarczą, na gruncie prawa cywilnego i podatkowego. Niezależnie od braku zdolności prawnej na tle prawa cywilnego spółka ta jest bowiem uznawana za podatnika podatku VAT. Trybunał wskazał, że problemy, jakie powstają w związku z tym ujawniają się najwyraźniej w sytuacji rozwiązania spółki. Kontrowersje, jakie powstają, ujawniają się najdobitniej w kontekście rozwiązania spółki. Przepisy kodeksu cywilnego nie regulują precyzyjnie fazy likwidacji spółki cywilnej. W praktyce funkcjonowania organów podatkowych przyjęta jest więc interpretacja, w myśl której spółka traci swój byt prawny - jako podatnik podatku VAT - z chwilą zaistnienia przyczyny rozwiązania spółki. Zgodnie z przepisami Ordynacji podatkowej i ustawy o VAT na wspólnikach rozwiązanej spółki cywilnej ciąży odpowiedzialność za zobowiązania podatkowe spółki, a także obowiązek sporządzenia tzw. spisu z natury i zapłaty podatku VAT od remanentu likwidacyjnego. Nie mają oni natomiast możliwości złożenia korekty deklaracji i wniosku o stwierdzenie nadpłaty podatku VAT za okres, w którym spółka prowadziła działalność. Zdaniem Trybunału Konstytucyjnego, rozwiązanie takie narusza zasadę sprawiedliwości społecznej, rozpatrywaną w powiązaniu z wyrażonymi w art. 64 ust. 1 konstytucji gwarancjami ochrony własności i innych praw majątkowych. Istniejąca niespójność rozwiązań prawa cywilnego i podatkowego powodują bowiem, że wspólnicy - jako osoby ponoszące ekonomiczny ciężar podatku i będące współwłaścicielami majątku spółki - nie mają możliwości odzyskania nienależnego świadczenia podatkowego – podsumował Trybunał Konstytucyjny (wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 10 marca 2009 r., sygn. akt P 80/08).

Warto wspomnieć, że do tej pory zdarzało się, że sądy administracyjne na skutek odwołań podatników od decyzji organów podatkowych orzekały o zwrocie VAT wspólnikom likwidowanych spółek cywilnych, ale po wskazanym wyżej wyroku Trybunału Konstytucyjnego nie będzie już wątpliwości w tej kwestii. Wspólnicy, chcąc odzyskać nadpłacony podatek powinni złożyć wniosek o stwierdzenie nadpłaty, wskazując jako podstawę prawną art. 74 Ordynacji podatkowej. Przepis ten mówi o zwrocie nadpłaty powstałej na skutek wyroku Trybunału Konstytucyjnego lub orzeczenia Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości. Zwrot VAT będzie należał się wspólnikom proporcjonalnie do wartości udziałów, jakie mieli w zlikwidowanej spółce.