Z brzmienia powołanego przepisu jasno wynika, że jedynym kompetentnym organem do zmiany wydanej indywidualnej interpretacji przepisów prawa podatkowego jest minister finansów. Zmiana taka nie może być dokonana w żadnym wypadku przez organy podatkowe, które na mocy upoważnienia mają kompetencje jedynie do wydawania interpretacji. Analogiczny zakaz dotyczy także organów samorządowych, które na podstawie upoważnienia mają także wyłącznie kompetencję do wydawania interpretacji indywidualnych.

Zmiana wydanej interpretacji (w całości bądź części) jest dokonywana wyłącznie z urzędu. Oznacza to, że nie ma możliwości „zmuszenia” ministra finansów do dokonania zmiany danej interpretacji. Jest to jego wyłączna i samodzielna decyzja, która nie podlega weryfikacji. Podjęcie decyzji o zmianie interpretacji z urzędu może być dokonane w każdym czasie jako, że ustawa nie wskazuje żadnego terminu (ani początkowego, ani końcowego) kiedy taka weryfikacja jest możliwa.

Czynności ministra finansów w zakresie zmiany nie są jawne dla zainteresowanego, który nie jest zawiadamiany ani, że prawidłowość rozstrzygnięcia interpretacyjnego została zakwestionowana ani, że prowadzone są prace zmierzające do zmiany interpretacji wydanej uprzednio. Niekiedy czynności zmierzające do zmiany z urzędu wydanej indywidualnej interpretacji określa się jako czynności gabinetowe, które toczą się za „zamkniętymi drzwiami” Zmiana indywidualnej interpretacji możliwa jest też w trybie autokontroli, czyli przez sam organ interpretacyjny ( J. Brolik, Urzędowe interpretacje prawa podatkowego, Warszawa 2010). Zainteresowany dowie się o zmianie interpretacji dopiero wówczas, gdy zostanie mu ona doręczona. W takiej samej sytuacji znajduje się organ, który wydawał zmienioną interpretację.

Interpretacja indywidualna może zostać zmieniona także poprzez wyrok sądu administracyjnego uchylający interpretację (więcej na temat uchylania interpretacji przez sąd administracyjny w rozdziale VII), w trybie autokontroli zmiana dokonana przez sam organ interpretacyjny. Do wzruszenia indywidualnej interpretacji niż znajdują natomiast zastosowania tzw. tryby nadzwyczajne (uchylenie lub zmiana decyzji ostatecznej, wznowienie postępowania, stwierdzenie nieważności) przewidziane w rozdziałach 17 – 19 działu IV O. p