W przedmiotowej sprawie spółka finansuje ze środków obrotowych usługi fizjoterapeutyczne dla swoich pracowników. Podmiot świadczący usługi wystawia spółce co miesiąc zwykłe rachunki, a spółka przekazanie nieodpłatnych świadczeń pracownikom dokumentuje, wystawiając wewnętrzne faktury VAT i wykazuje na nich, z uwagi na art. 43 ust. 1 pkt 19 i 19a ustawy o VAT, wartość zakupionych i przekazanych pracownikom usług, jako obrót zwolniony z VAT.

Po zakończeniu roku spółka ustala udział obrotu z tytułu czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, w całkowitym obrocie uzyskanym z tytułu czynności, oraz czynności, w związku z którymi podatnikowi nie przysługuje takie prawo. Zdaniem spółki w celu obliczenia proporcji nie powinna uwzględniać wartości przekazanych pracownikom nieodpłatnych świadczeń, ponieważ nie uzyskuje tu żadnego obrotu. Dlatego też spółka uznaje, że czynności nieodpłatnego przekazania świadczeń w żaden sposób nie wpływają na proporcję, o której mowa w art. 90 ust. 3 ustawy o VAT.

Minister finansów uznał jednak to stanowisko za nieprawidłowe, a sprawa trafiła do WSA w Krakowie. Zdaniem sądu szczególnym przypadkiem ustalania podstawy opodatkowania jest art. 29 ust. 12 ustawy o VAT, który odnosi się do niniejszej sprawy. Przepis ten wprost wskazuje, że w przypadku świadczenia usług, o którym mowa w art. 8 ust. 2, podstawą opodatkowania jest koszt świadczenia tych usług poniesiony przez podatnika. W związku z tym w sytuacji nieodpłatnego przekazania usług na cele osobiste swoich pracowników stanowiącego czynność podlegającą opodatkowaniu podatkiem VAT, występuje "podstawa opodatkowania", mimo braku kwoty należnej z tytułu sprzedaży pomniejszonej o kwotę należnego podatku.

Okoliczność więc, że spółka nie otrzymała "kwoty należnej" nie oznacza, że z tytułu tej czynności nie występuje "obrót", który powinien zostać uwzględniony w mianowniku proporcji, o której mowa w art. 90 ust. 3 ustawy o VAT.

Jeśli spółka z tytułu wykonania w/w. czynności ustala podstawę opodatkowania, którą jest "koszt świadczenia tych usług", wówczas jest zobowiązana do uwzględnienia jej w obliczaniu współczynnika proporcji, o którym mowa w art. 90. Przy obliczaniu proporcji istotne jest ustalenie, czy dane czynności stanowią podstawę opodatkowania podatkiem od towarów i usług, a w niniejszej sprawie nie ma wątpliwości, że czynność nieodpłatnego przekazania usług na potrzeby osobiste swoich pracowników stanowi czynność, z tytułu której powstaje obrót (zdefiniowany w art. 29 ust. 12 ustawy o VAT).

Wyrok WSA w Krakowie z 10 stycznia 2013 r., I SA/Kr 1741/12