Zgodnie z wyrokiem WSA z dnia 29.7.2008 r., sygn. III SA/Wa 492/08, LEX, interpretację należy uznać za akt składający się z rozstrzygnięcia i uzasadnienia o równorzędnym znaczeniu. Sąd potwierdził integralność elementów interpretacji.

Ocena stanowiska to przesądzenie o prawidłowości lub nieprawidłowości rozumowania wnioskodawcy. Może być ona następująca albo „stanowisko wnioskodawcy jest prawidłowe” albo „stanowisko wnioskodawcy jest nieprawidłowe”. Tak ujęto tę kwestię w piśmie Ministra Finansów z dnia 28 grudnia 2004 r., Biul. Skarb. 2005, nr 1, s.2, jednakże w odniesieniu do interpretacji wydawanych w formie postanowienia pod rządami poprzednio obowiązujących przepisów O. p. za C. Kosikowski, Komentarz do art. 14 (c) ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja Podatkowa, [w:] C. Kosikowski, L. Etel, R. Dowgier, P. Pietrasz, S. Presnarowicz, M. Popławski, Ordynacja podatkowa, Komentarz, LEX, 2009, wyd. III. WSA w Opolu w wyroku z dnia 22.12.2009 r., Sygn. I SA/Op 320/09, LEX, wskazał natomiast, że „>>ocena>wyjaśnienie

W innym wyroku z dnia 24.10.2008 r., sygn. III SA/Wa 1195/08, LEX, WSA w Warszawie uznał, że „ocena stanowiska wnioskodawcy obejmuje nie tylko jego konkluzję co do prawnego zakwalifikowania określonego zdarzenia prawnopodatkowego, ale także motywy prawne na których opiera on takową konkluzję. Innymi słowy ocenie podlega całość stanowiska wnioskodawcy. Tym samym wadliwa argumentacja prawna wnioskodawcy przy prawidłowo wywiedzionym skutku prawnym winna także skutkować uznaniem stanowiska podatnika za nieprawidłowe”. W wyroku z dnia 25.3.2009 r., sygn. I SA/Ol 135/09, LEX, WSA w Olsztynie uznał, że nie stanowisko wnioskodawcy (zainteresowanego) ma być przedstawione w sposób wyczerpujący, ale organu interpretacyjnego. Musi ono zawierać ocenę stanowiska zainteresowanego wraz z uzasadnieniem prawnym tej oceny, a w razie negatywnej oceny musi zawierać rozwiązanie prawidłowe.

W przypadku, kiedy organ w całości uwzględnia stanowisko wnioskodawcy, interpretacja może zostać ograniczona wyłącznie do stwierdzenia przez organ, że uznaje stanowisko zainteresowanego za prawidłowe w całości. Jeżeli organ uznaje prawidłowość interpretacji dokonanej przez zainteresowanego we wniosku w całości, wówczas może nawet odstąpić od dokonywania pisemnego uzasadnienia.

Jeżeli natomiast stanowisko wnioskodawcy jest prawidłowe, ale tylko w pewnym zakresie wówczas organ powinien wskazać, w której części jest ono prawidłowe, a w której nie. Jest on także obowiązany sporządzić uzasadnienie prawne.

Stanowisko zainteresowanego może też być także w ocenie organu w całości nieprawidłowe. Wówczas na organie spoczywa nie tylko obowiązek negatywnego ustosunkowania się do interpretacji przedstawionej we wniosku, ale także na wskazaniu zainteresowanemu prawidłowego rozwiązanie, poprzez podanie właściwych przepisów w oparciu o przedstawiony przez wnioskodawcę stan faktyczny (istniejący albo projektowany) umieszczając te informacje w sporządzonym uzasadnieniu prawnym. W tym przypadku rola organu nie może ograniczyć się li tylko do stwierdzenia, że stanowisko zainteresowanego jest nieprawidłowe w całości. Organ powinien w uzasadnieniu prawnym wskazać właściwe przepisy, które nie pozwoliły na zaakceptowanie stanowiska przedstawionego przez zainteresowanego.

W przypadku złożenia przez podatnika wniosku o wydanie indywidualnej interpretacji dotyczącego kilku różnych kwestii, organ podatkowy powinien rozważyć, czy nie należy odnieść się do każdej z tych kwestii odrębnie i w konsekwencji wydać kilka odrębnych od siebie indywidualnych interpretacji. Więcej informacji można przeczytać w wyroku WSA w Warszawie z dnia 28.5.2008 r., sygn. III SA/Wa 143/08, LEX

Nie jest bowiem dopuszczalna praktyka polegająca na tym, że w rozstrzygnięciu interpretacji uznaje się stanowisko podatnika za nieprawidłowe przy jednoczesnym uznaniu prawidłowości tego stanowiska – w zakresie niektórych wyodrębnionych kwestii – w uzasadnieniu. Tak może się zdarzyć w sytuacji, kiedy podatnik zadał w jednym wniosku wiele pytań a pytania te nie odnoszą się do tego samego stanu faktycznego tylko każde z nich de facto wprowadza pytanie o inny stan faktyczny. Interpretacja musi charakteryzować się logiczną spójnością, która nie będzie zachowana w przypadku niewyodrębnienia poszczególnych stanów faktycznych, w sytuacji kiedy nie wszystkie one są rozstrzygnięte przez zainteresowanego prawidłowo.
W wydanej interpretacji powinno zawierać się pouczenie o prawie wnioskodawcy do wniesienia skargi do sądu administracyjnego.