Samofakturowanie a KSeF

Faktury dokumentujące świadczenie przez podwykonawcę (podatnika VAT czynnego) usług na rzecz spółki (podatnika VAT czynnego), wystawiane w ramach samofakturowania przez spółkę w imieniu i na rzecz danego podwykonawcy, powinny być obligatoryjnie wystawiane w formie ustrukturyzowanej.

Przyjrzyjmy się temu na przykładzie spółki (podatnika VAT czynnego), która w ramach procedury samofakturowania wystawia faktury dokumentujące nabycie usług od podwykonawców będących czynnymi podatnikami VAT. Spółka, na podstawie zawartych z poszczególnymi podwykonawcami umów o samofakturowanie, wystawia faktury w ich imieniu i na ich rzecz. Umowy te określają procedurę zatwierdzania faktur wystawianych przez Spółkę. Od 1 kwietnia 2026 r. zarówno spółka, jak i podwykonawcy zostali objęci obowiązkiem wystawiania faktur ustrukturyzowanych. Powstaje zatem pytanie, czy od tej daty faktury wystawiane przez spółkę w ramach samofakturowania powinny być obligatoryjnie wystawiane w formie ustrukturyzowanej przy użyciu KSeF.

Warunki samofakturowania

Na wstępie należy wskazać, że sprzedaż (m.in. odpłatne dostawy towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju) dokonywana na rzecz innych podatników VAT powinna być dokumentowana fakturą (art. 106b ust. 1 w zw. z art. 2 pkt 22 ustawy o VAT).

Co do zasady fakturę wystawia sprzedawca (podatnik VAT). Ustawodawca przewidział jednak wyjątki od tej reguły. W interesującym nas zakresie kluczowe znaczenie ma art. 106d ust. 1 ustawy o VAT, zgodnie z którym podmiot nabywający towary lub usługi od podatnika może wystawiać w imieniu i na rzecz tego podatnika faktury:

1. dokumentujące sprzedaż dokonaną przez podatnika na rzecz tego podmiotu,

2. o których mowa w art. 106b ust. 1 pkt 4 ustawy o VAT,

3. dokumentujące dostawę towarów lub świadczenie usług, o których mowa w art. 106a pkt 2 lit. b ustawy o VAT,

– pod warunkiem wcześniejszego zawarcia umowy o samofakturowanie, określającej procedurę zatwierdzania poszczególnych faktur przez podatnika.

Jak wskazano w Podręczniku KSeF 2.0 (cz. III), podstawą samofakturowania jest umowa zawarta między stronami. W praktyce mogą występować różne modele samofakturowania, np.:

• • nabywca wystawia faktury pierwotne, a sprzedawca – faktury korygujące,
• • nabywca wystawia zarówno faktury pierwotne, jak i korygujące.

Samo nadanie uprawnienia do samofakturowania w KSeF nie oznacza, że wszystkie faktury muszą być wystawiane w tej procedurze. Zakres samofakturowania wynika wyłącznie z umowy między stronami. KSeF nie przewiduje możliwości nadania uprawnienia ograniczonego wyłącznie do określonych typów faktur. Umowa powinna określać sposób zatwierdzania faktur przez sprzedawcę, przy czym proces akceptacji nie odbywa się w KSeF. Akceptacja może mieć formę aktywną (np. zgłoszenie uwag e‑mailem) lub bierną (tzw. milcząca zgoda).

Uwaga: Zgodnie z art. 88 ust. 3a pkt 5 ustawy o VAT, faktury wystawione przez nabywcę w ramach samofakturowania nie stanowią podstawy do odliczenia VAT, jeżeli nie zostały zaakceptowane przez sprzedawcę.

Faktura wystawiana w procedurze samofakturowania musi zawierać wyraz „samofakturowanie” (art. 106e ust. 1 pkt 17 ustawy o VAT).

Samofakturowanie w KSeF

Istota problemu sprowadza się do ustalenia, czy faktury wystawiane przez spółkę w imieniu podwykonawcy powinny być od 1 kwietnia 2026 r. wystawiane w formie ustrukturyzowanej.

Od 1 lutego 2026 r., zgodnie z art. 106ga ustawy o VAT, podatnicy są obowiązani wystawiać faktury ustrukturyzowane przy użyciu KSeF. Z opisu stanu faktycznego wynika, że od 1 kwietnia 2026 r. zarówno spółka, jak i podwykonawcy zostali objęci obowiązkiem wystawiania faktur ustrukturyzowanych, co oznacza, że przepisy przejściowe (art. 145l–145n ustawy o VAT) nie mają zastosowania.

Uwaga: Fakturą ustrukturyzowaną jest faktura wystawiona przy użyciu KSeF wraz z numerem identyfikującym ją w systemie (art. 2 pkt 32a ustawy o VAT).

W konsekwencji należy stwierdzić, że faktury dokumentujące świadczenie usług przez podwykonawcę na rzecz spółki, wystawiane w ramach samofakturowania przez spółkę w imieniu i na rzecz podwykonawcy, powinny być obligatoryjnie wystawiane w formie ustrukturyzowanej od 1 kwietnia 2026 r., tj. od momentu, w którym dla podwykonawcy powstaje obowiązek wystawiania faktur przy użyciu KSeF.

Stanowisko to potwierdzają organy podatkowe, m.in. interpretacja indywidualna dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 13 lutego 2026 r., 0112‑KDIL1‑1.4012.872.2025.2.WK.

Na marginesie warto wskazać, że zgodnie z rozporządzeniem Ministra Finansów i Gospodarki z 7 grudnia 2025 r. w sprawie przypadków, w których nie ma obowiązku wystawiania faktur ustrukturyzowanych (Dz.U. 2025 poz. 1740), przewidziano pewne wyjątki dotyczące samofakturowania. Nie mają one jednak zastosowania w sytuacji, gdy nabywca jest czynnym podatnikiem VAT – jak w przypadku spółki.

Autor: Marcin Szymankiewicz, doradca podatkowy