Stare faktury ponownie przesłane do KSeF lepiej skorygować

Przy ponownym przesłaniu do KSeF starych faktur nie zawsze trzeba korygować je „do zera”. Kluczowa jest możliwość jednoznacznej identyfikacji, że dokument znajdujący się w KSeF i dokument poza KSeF stanowią tę samą fakturę - wyjaśnia Ministerstwo Finansów. Eksperci zwracają uwagę, że bardziej restrykcyjne stanowisko zajmuje skarbówka w interpretacjach indywidualnych. A korekta pozwala uniknąć ryzyka podwójnego fakturowania.

Na początku obowiązywania obligatoryjnego Krajowego Systemu e-Faktur wielu podatników zgłaszało problemy związane z przesłaniem do KSeF starych faktur, wystawionych jeszcze przed wejściem w życie obowiązku korzystania z nowego systemu. Problem pojawiał się przy integracji firmowych systemów finansowo-księgowych z KSeF. W takiej sytuacji znalazł się m.in. jeden z Czytelników Prawo.pl, który nie miał pewności, jak postąpić w tej sytuacji. 

- Dokonałem w marcu integracji programu fakturowego z KSeF. W wyniku tego program automatycznie przesłał do KSeF faktury wystawione na początku roku, które wcześniej zostały wystawione w formie papierowej, przekazane klientom i już rozliczone. Obecnie klienci zgłaszają mi, że faktury który im spłynęły z KSeF są już rozliczone. Jak należy postąpić w przypadku faktur, które zostały przesłane do KSeF omyłkowo? Z informacji uzyskanych na infolinii wynika, że mam faktury przesłane do KSeF zignorować i przekazać klientom, żeby je zignorowali. Czy takie postępowanie jest prawidłowe? - pyta Czytelnik.

Odmowa przyjęcia faktury – skutki praktyczne - czytaj w LEX >

MF: Nie zawsze jest obowiązek korygowania "do zera"

Ministerstwo Finansów odniosło się do tej sytuacji w lipcu. Według MF, podatnicy, którzy w okresie fakultatywnym wystawiali faktury poza KSeF i wydawali je nabywcom również poza systemem, po wejściu w obowiązkowy KSeF nie powinni dosyłać do systemu takich dokumentów. KSeF służy do wystawiania faktur, a nie do raportowania o wcześniej wystawionych i wprowadzonych do obrotu prawnego fakturach.

Jeżeli jednak podatnik:

• wystawił fakturę poza KSeF i weszła ona do obrotu prawnego poza systemem, a następnie
• po określonym czasie przesłał ją do KSeF np. w wyniku błędu integracji, a przesłany do KSeF plik xml odpowiadał treści faktury, która weszła wcześniej do obrotu prawnego poza systemem (w szczególności w zakresie daty wystawienia w polu P_1, kolejnego numeru faktury nadanego przez podatnika w polu P_2, daty dostawy/wykonania usługi w polu P_6, pozycji faktury w części FaWiersz oraz kwoty należności ogółem w polu P_15),

- to pomimo nieprawidłowego postępowania nie wystąpi obowiązek jej korekty „do zera”, z uwagi na możliwą jednoznaczną identyfikację, że dokument znajdujący się w KSeF i dokument poza KSeF stanowią w istocie tę samą fakturę.

Czytaj też w LEX: Rabat a podstawa opodatkowania w podatku VAT >

- Jeżeli jednak treść przesłanego do KSeF pliku różni się od treści wcześniej wystawionej poza systemem faktury (w szczególności w zakresie wskazanych wyżej elementów), to przesłany do KSeF plik xml może zostać uznany przez organ podatkowy (po analizie zaistniałego stanu faktycznego) za kolejną wystawioną fakturę. W konsekwencji zastosowany może zostać w tym przypadku art. 108 ustawy o VAT, co skutkuje obowiązkiem zapłaty VAT z takiej faktury. W związku z powyższym, w ww. przypadku zasadne byłoby skorygowanie przesłanych nieprawidłowo do KSeF faktur „do zera” - wyjaśnia Ministerstwo Finansów.

Lepiej unikać ryzyka podwójnego fakturowania

Jak wyjaśnia Janina Fornalik, doradca podatkowy, partner w MDDP, nie jest prawidłową praktyką przesłanie do KSeF faktur, które zostały wcześniej wystawione poza systemem i wysłane do kontrahentów, również w okresie, gdy firma powinna była już wystawić faktury w KSeF. Takie sytuacje zdarzały się bardzo często w pierwszych miesiącach funkcjonowania obowiązkowego KSeF. Rodzi to duże problemy praktyczne dla odbiorców, którzy muszą dokonywać dodatkowej weryfikacji, aby dwukrotnie nie zaksięgować tej samej faktury. Faktura wystawiona poza systemem jest pełnoprawną fakturą, uprawniającą do odliczenia VAT i zaliczenia wydatków do kosztów podatkowych.

- Stanowisko MF jest korzystne w kwestii braku obowiązku skorygowania faktur przesłanych do KSeF, jeśli odpowiadają one w pełni danym zawartym w wystawionej wcześniej fakturze. Bardziej restrykcyjne stanowisko prezentuje Dyrektor KIS w interpretacjach podatkowych, ponieważ nakazuje korektę takich faktur do zera (np. interpretacja z 1 lipca 2026 r. nr 0114-KDIP1-3.4012.298.2026.1.KP) - mówi Janina Fornalik. 

Korekty "in plus” i „in minus” w VAT i podatkach dochodowych w dobie KSeF - zobacz w LEX >

- Moim zdaniem organy podatkowe nie powinny nakładać sankcji za ewentualne nieprawidłowości związane z korzystaniem z KSeF w początkowym okresie jego funkcjonowania, gdy firmy wdrażają zmiany w systemach i procesach wewnętrznych, gdyż potencjalne błędy są nieuniknione w tak dużym przedsięwzięciu. Zresztą taki był zamysł ustawodawcy, który wprowadził odroczenie kar za niewystawianie faktur w KSeF w 2026 r. Jeśli jednak dane na fakturze przesłanej do KSeF różnią się od faktur wystawionych wcześniej poza systemem, z ostrożności rekomendowałabym wystawienie faktur korygujących, aby uniknąć ryzyka podwójnego fakturowania i podwójnej zapłaty kwoty VAT. Organy mają pięć lat na weryfikację rozliczeń podatkowych i za kilka lat argument o błędach technicznych przy wdrożeniu w firmie KSeF może już nie być skuteczny - dodaje doradczyni podatkowa. 

Jak zaznacza Rafał Styczyński, doradca podatkowy, odpowiedź Ministerstwa Finansów jest dla podatników korzystna. Wynika z niej, że omyłkowe przesłanie do KSeF faktury, która została wcześniej prawidłowo wystawiona i przekazana nabywcy poza systemem, nie musi prowadzić do obowiązku zapłaty VAT po raz drugi. Warunkiem jest jednak pełna zgodność obu dokumentów, pozwalająca jednoznacznie stwierdzić, że dotyczą tej samej transakcji.

Jeżeli natomiast plik XML różni się od pierwotnej faktury w zakresie istotnych danych, takich jak numer, data, pozycje czy kwota należności, dokument przesłany do KSeF może zostać uznany za kolejną fakturę. Wówczas pojawia się ryzyko zastosowania art. 108 ust. 1 ustawy o VAT i obowiązku zapłaty podatku wykazanego na tym dokumencie.

Stanowisko MF jest jednak sprzeczne z interpretacją Dyrektora KIS z 23 czerwca 2026 r., nr 0114-KDIP1-3.4012.298.2026.1.KP. Dotyczyła ona faktur wcześniej wystawionych, przekazanych kontrahentom i prawidłowo rozliczonych, które wskutek błędu technicznego zostały ponownie przesłane do KSeF. Mimo że organ wskazał, iż były to te same faktury, uznał, że należy je skorygować „do zera” z uwagi na ryzyko wynikające z art. 108 ustawy o VAT.

- Podsumowując, odpowiedź MF ogranicza ryzyko podwójnego VAT, ale nie usuwa niepewności wynikającej z odmiennego stanowiska dyrektora KIS. Dopóki kwestia ta nie zostanie jednoznacznie rozstrzygnięta, podatnicy powinni szczególnie kontrolować, czy faktury wystawione wcześniej poza KSeF nie są ponownie przesyłane do systemu - mówi Rafał Styczyński. 

Korekta konieczna, by usunąć faktury z obrotu

Również Marcin Szymankiewicz, doradca podatkowy, zwraca uwagę na interpretację Dyrektora KIS z 23 czerwca 2026 r., nr 0114-KDIP1-3.4012.298.2026.1.KP. Chodziło o sytuację przedsiębiorcy, u którego obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych powstał 1 kwietnia 2026 r. W wyniku przeprowadzenia testu integracji systemowej 2 marca 2026 r. doszło do niezamierzonego i omyłkowego masowego przesłania do systemu KSeF faktur sprzedaży wystawionych wcześniej, w lutym 2026 r. Faktury te zostały wcześniej wystawione i doręczone kontrahentom poza systemem KSeF jako faktury elektroniczne (np. w formacie PDF) w dniu realizacji wysyłki zamówień. Funkcjonowały w obrocie gospodarczym przed ich zapisaniem w systemie KSeF. Zostały ujęte w JPK_VAT oraz rozliczone. Powstała wątpliwość, czy omyłkowe wprowadzenie do KSeF faktury uprzednio wystawionej prawidłowo poza systemem należy skorygować wystawiając fakturę korygującą.

Czytaj też w LEX: Zasady rozliczania faktur korygujących obniżających in minus >

- Zgodnie ze stanowiskiem organów podatkowych, faktury wysłane do KSeF, zgodnie z obowiązującymi przepisami, zostały błędnie wprowadzone do obrotu prawnego, gdyż dokumentują zdarzenia gospodarcze, które już były udokumentowane fakturami wysłanymi w sposób elektroniczny. Zatem jedynym sposobem na wyeliminowanie ich z obrotu prawnego jest wystawienie do nich faktur korygujących. Faktury korygujące powinny być w tym przypadku wystawione „do zera”, gdyż zostały one omyłkowo wprowadzone do Krajowego Systemu e-Faktur, w którym nie powinny się znaleźć - wyjaśnia Szymankiewicz.