1. Podmioty uprawnione do występowania z wnioskiem o wydanie interpretacji
W świetle obowiązujących od dnia 1 lipca 2007 r. przepisów rozszerzono krąg podmiotów, które mogą wystąpić o wydanie interpretacji, wskazując, iż z wnioskiem może wystąpić zainteresowany (art. 14b § 1 o.p.). Jednocześnie art. 14p o.p. wskazuje, iż przepisy dotyczące interpretacji należy stosować do należności płatników lub inkasentów, oraz zobowiązań osób trzecich. Z wnioskiem będą mogły także wystąpić osoby planujące utworzenie spółki a także utworzenie oddziału bądź przedstawicielstwa (art. 14n o.p.). Pytanie zainteresowanego określone we wniosku o udzielenie interpretacji indywidualnej może dotyczyć zarówno zaistniałego stanu faktycznego, jak też zdarzeń przyszłych (art. 14b § 2 o.p.). Usunie to wątpliwości, jakie pojawiały się pod rządami obowiązujących dotychczas przepisów i nierzadkich sytuacji gdy organy odmawiały udzielenia odpowiedzi, gdy wniosek składał podmiot, który jeszcze nie był podatnikiem bądź nawet był podatnikiem, ale zapytanie odnosiło się dopiero do planowanych przedsięwzięć gospodarczych, które miały zostać podjęte w przyszłości.

2. Wymogi wniosku o udzielenie interpretacji

Składający wniosek o wydanie interpretacji, podobnie jak miało to miejsce dotychczas, zobowiązany będzie do wyczerpującego przedstawienia zaistniałego stanu faktycznego, albo zdarzenia przyszłego, jeśli wniosek dotyczy dopiero działań planowanych. Jednocześnie musi przedstawić własne stanowisko w sprawie oceny prawnej tego stanu faktycznego albo zdarzenia przyszłego (art. 14b § 3 o.p.). W tym celu będzie zmuszony wypełnić odpowiedni formularz.
W związku z wniesieniem wniosku należy uiścić opłatę w wysokości 40 zł, która winna być wpłacona w terminie 7 dni od dnia złożenia wniosku (art. 14f § 1 o.p.). Przy czym, jeżeli w jednym wniosku o wydanie interpretacji występują odrębne stany faktyczne lub zdarzenia przyszłe pobiera się opłatę od każdego przedstawionego we wniosku odrębnego stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego (art. 14f § 2 o.p.).

W okresie od dnia 1 lipca 2007 r. do 31 grudnia 2008 r. wniosek, który nie został opłacony organ podatkowy pozostawiał bez rozpatrzenia (art. 14g § 1 o.p.). Od dnia 1 stycznia 2009 r. pojawiły zmiany dotyczące problemów wokół opłaty od wniosku. Mianowicie określono termin na zwrot nienależnej opłaty od wniosku, a do tego uchylono przepis przewidujący konsekwencje niewłaściwego opłacenia wniosku o udzielenie interpretacji oraz wprowadzono regulację pozwalającą wezwać wnioskodawcę do uiszczenia opłaty.

Obowiązujące do końca 2008 r. przepisy nie precyzowały, czy organ do którego wystąpiono z wnioskiem o interpretację może wezwać wnioskodawcę do uzupełnienia opłaty, gdy zostanie ona uiszczona w wysokości niższej od należnej, np. gdy wpłaci ją za mniejszą ilość zdarzeń przyszłych (stanów faktycznych) niż są zawarte we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej. Zmiana jaka obowiązuje od dnia 1 stycznia 2009 r. poprzez uchylenie art. 14g § 2 o.p. przy jednoczesnym wprowadzeniu w przepisie art. 14h, odsyła do odpowiedniego stosowania art. 169 § 2 o.p. pozwoli, aby w takich sytuacjach organ wzywał wnioskodawcę do uzupełnienia opłaty.

Ponadto przepisy nie regulowały kwestii związanych ze zwrotem opłaty od wniosku, w tym terminu w którym powinien nastąpić. W praktyce występują przypadki, w których zapłacona opłata jest nienależna. Może to być przykładowo związane z problemem w ustaleniu pojęcia „stanu faktycznego” od którego naliczana jest opłata. W praktyce dość często dochodzi na tym tle do wątpliwości i z czystej ostrożności z uwagi na konsekwencje nieuiszczenia opłaty we właściwej wysokości wnioskodawcy z ostrożności płacą więcej nie chcąc ryzykować tego, iż ich wniosek zgodnie z art. 14 g § 2 o.p. zostanie pozostawiony bez rozpatrzenia bez uprzedniego wezwania do uiszczenia opłaty. Obecnie na podstawie dodanego art. 14f § 2a o.p. organ jeśli stwierdzi, iż została uiszczona nienależna opłata dokona jej zwrotu i to nie później niż w terminie 7 dni od dnia zakończenia postępowania w sprawie wydania interpretacji.
Oprócz wymogów, co do przedstawienia wątpliwości, której dotyczy wniosek oraz własnego stanowiska w sprawie dodatkowo wnioskujący o wydanie interpretacji składa oświadczenie, że elementy stanu faktycznego objęte wnioskiem o wydanie interpretacji nie są przedmiotem toczącego się postępowania podatkowego, kontroli podatkowej, postępowania kontrolnego organu kontroli skarbowej oraz że w tym zakresie sprawa nie została rozstrzygnięta, co do jej istoty w decyzji lub postanowieniu organu podatkowego lub organu kontroli skarbowej (art. 14b § 4 o.p.). Czyni to pod rygorem odpowiedzialności karnej za fałszywe zeznania. Jednocześnie kolejny przepis wskazuje, iż w zakresie tych elementów stanu faktycznego, które w dniu złożenia wniosku o interpretację są przedmiotem toczącego się postępowania podatkowego, kontroli podatkowej, postępowania kontrolnego organu kontroli skarbowej, albo, gdy w tym zakresie sprawa została rozstrzygnięta co do istoty w decyzji lub postanowieniu organu podatkowego lub organu kontroli skarbowej nie wydaje się interpretacji (art. 14b § 5 o.p.). Jednocześnie przepis art. 14b § 4 o.p. wyraźnie wskazuje, iż wnioskujący składa oświadczenie, w którym informuje o braku kontroli etc. na dzień złożenia wniosku. Usunięto w ten sposób problem, w odniesieniu do jakiego momentu brać pod uwagę spełnienie tego warunku. Jest to tym bardziej istotne, iż niekiedy zdarzały się sytuacje, gdy reakcją organów na złożenie przez podatnika wniosku było wszczęcie kontroli, a następnie odmowa udzielenia interpretacji z powołaniem się na fakt, iż w indywidualnej sprawie jest prowadzona względem wnioskodawcy kontrola.
W razie złożenia fałszywego oświadczenia, gdy wnioskodawcy zostanie udzielona interpretacja, nie wywoła ona skutków prawnych (art. 14b § 4 o.p.).

3. Wydanie, zmiana i zaskarżanie interpretacji indywidualnych

Udzielona wnioskodawcy interpretacja zawierać będzie ocenę stanowiska wnioskodawcy wraz z uzasadnieniem prawnym tej oceny (art. 14c § 1 o.p.). Organy mogą odstąpić od sporządzenia uzasadnienia prawnego, jeżeli stanowisko wnioskodawcy jest prawidłowe w pełnym zakresie. Jak pokazują doświadczenia praktyczne organy korzystają z tego prawa. Jeżeli jednak przedstawione we wniosku stanowisko wnioskodawcy jest nieprawidłowe interpretacja nie może się ograniczyć jedynie do jego zakwestionowania i poczynienia takiego stwierdzenia, ale musi zawierać wskazanie prawidłowego stanowiska wraz z uzasadnieniem prawnym (art. 14c § 2 o.p.). Jest to rozwiązanie korzystne, które spowoduje, iż wnioskodawca ponosząc określony wydatek oraz nakłady pracy związane z przygotowaniem wniosku będzie miał gwarancję, że otrzyma definitywną odpowiedź na nurtujący go problem podatkowy i to także wtedy gdy organ nie podziela sformułowanego przez niego we wniosku poglądu prawnego.

Interpretacje powinny być wydawane bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w terminie 3 miesięcy od dnia otrzymania wniosku (art. 14d o.p.). Przy czym, do tego terminu nie wlicza się terminów i okresów, o których mowa w art. 139 § 4 o.p. czyli terminów na dokonanie określonej czynności oraz opóźnień z przyczyn niezależnych od organu. W razie niewydania interpretacji we wskazanym wyżej terminie 3 miesięcznym uznaje się, że w dniu następującym po dniu, w którym upłynął termin wydania interpretacji, została wydana interpretacja stwierdzająca prawidłowość stanowiska wnioskodawcy w pełnym zakresie tzw. „milcząca interpretacja” - (art. 14o § 1 o.p.).

Takie rozwiązanie nie jest rozwiązaniem nowym, przy czym nieco inaczej ukształtowano zakres ochrony podatnika, który uzyskał tzw. „milczącą interpretację”. Na gruncie dotychczasowych przepisów istniały wątpliwości, co do nierównego zakresu ochrony podatnika, wobec którego dopuszczono do tzw. milczącej interpretacji. Wskazywano, że mogą one wynikać z art. 14b § 3 o.p., który stanowił, że w razie nie wydania w odpowiednim terminie interpretacji uznaje się, że organ, do którego wpłynął wniosek jest związany stanowiskiem wnioskodawcy. W związku z tym przepisem wskazywano, iż wnioskodawca taki nie będzie korzystał z ochrony przykładowo przed organem kontroli skarbowej.

Takie sformułowanie jak zawarte w art. 14o o.p., w myśl, którego w razie niewydania interpretacji w tym terminie uznaje się, że w dniu następującym po dniu, w którym upłynął termin wydania interpretacji, została wydana interpretacja stwierdzająca prawidłowość stanowiska wnioskodawcy w pełnym zakresie usunie te wątpliwości wskazując na takie same skutki w zakresie ochrony wnioskodawcy, któremu udzielono interpretacji potwierdzającej jego stanowisko i wnioskodawcy w stosunku, do którego posłużono się domniemaniem.
W przypadku tzw. milczącej interpretacji przyznano ministrowi finansów prawo do zmiany z urzędu wydanych interpretacji, jeżeli stwierdzi ich nieprawidłowość (art. 14o § 2 o.p. w zw. z art. 14e § 1 o.p. mówiący o możliwości zmiany z urzędu interpretacji). Czyli nawet, jeśli z powodu upływu czasu na udzielenie interpretacji organ jej nie wyda i w związku z tym zastosowanie znajdzie rozwiązanie, w myśl którego w dniu następującym po dniu, w którym upłynął termin wydania interpretacji, została wydana interpretacja stwierdzająca prawidłowość stanowiska wnioskodawcy w pełnym zakresie, to będzie mogła ona zostać zmieniona.

Interpretacje indywidualne doręczane są wnioskodawcy. Jednocześnie wraz z informacją o dacie doręczenia wnioskodawcy są niezwłocznie przekazywane organom podatkowym właściwym ze względu na zakres spraw będących przedmiotem interpretacji oraz właściwemu organowi kontroli skarbowej (art. 14i § 2 o.p.). Ponadto po usunięciu danych identyfikujących wnioskodawcę oraz inne podmioty wskazane w treści interpretacji, są niezwłocznie zamieszczane w Biuletynie Informacji Publicznej.