Jeżeli jednak organ, na podstawie obowiązujących przepisów, w pewnym zakresie nie może przyznać poprawności wykładni przepisów prawa dokonanej przez wnioskodawcę, wówczas jest obowiązany wskazać, w jakim zakresie zgadza się z zainteresowanym a w jakim nie. W odniesieniu do tej części interpretacji, której nie można zaakceptować ze względu na obowiązujące przepisy organ jest zobligowany do wskazania prawidłowego rozwiązania wraz ze sporządzeniem uzasadnienia prawnego. Warto i w tym miejscu podkreślić po raz kolejny, że organ opiera się wyłącznie na informacjach o stanie faktycznym (istniejącym lub projektowanym) dostarczonych przez podatnika.

Przy założeniu, że stan faktyczny w danym okresie nie uległ zamianom może być też taka sytuacja, w której organ przyjął inne rozstrzygnięcie, aniżeli w poprzednio wydanych interpretacjach jakkolwiek w odniesieniu do innych zainteresowanych, lecz w analogicznym stanie faktycznym. Oczywiście organ nie jest związany żadnymi interpretacjami ani tymi, które sam wydał (dopuszczalna jest zmiana stanowiska organu) ani takimi, które zostały wydane przez inny organ, ale są analogiczne. Organ jest jednak obowiązany wykazać dlaczego zmiana interpretacji indywidualnej miała miejsce. Podatnik ma bowiem prawo do uzyskania informacji jakie były pobudki skłaniające organ do zajęcia innego stanowiska (porównaj wyrok WSA z dnia 11.6.2010 r., sygn. I SA/Kr 623/10, LEX).