Decyzja zezwalająca na usunięcie drzew lub krzewów lub odmawiająca zezwolenia jest na gruncie ustawy z dnia 16 kwietnia 2004 r. o ochronie przyrody (tekst jedn.: Dz. U. z 2009 r. Nr 151, poz. 1220 z późn. zm.) - dalej u.o.p. decyzją uznaniową. To organ administracji decyduje, czy wniosek jest uzasadniony i czy realizacja zamierzenia wnioskodawcy związana z usunięciem drzewa jest możliwa bez wycinki oraz rozważyć ewentualne straty w środowisku przyrodniczym są możliwe w ramach działań kompensacyjnych (dokonanie przesadzenia lub nasadzeń drzew w miejsce usuwanych). Służyć temu ma m.in. wizja lokalna, jaką organ jest zobowiązany przeprowadzić z udziałem stron, a w przypadku, gdy ocena zasadności wniosku wymaga wiedzy specjalnej powołać specjalistę – dendrologa. Organ podejmuje decyzję na podstawie całokształtu zgromadzonego materiału dowodowego i jeśli uważa, że wniosek jest niezasadny, wydaje decyzję odmowną. Wnioskodawca może tę decyzję poddać kontroli instancyjnej, co gwarantuje ochronę jego praw i pozwala na ocenę wydanej decyzji. Należy jednak mieć na uwadze, że sam walor przyrodniczy drzew nie jest wystarczającą przesłanką do odmowy zezwolenia na ich usunięcie (tak A. Majewski w "Kryteria wydawania przez organy gmin zezwoleń na usunięcie drzew i krzewów", ST 1996, nr 11, s. 57).

Odmowa zezwolenia na usunięcie drzew musi być szczegółowo uzasadniona w decyzji, z podaniem kryteriów, jakimi kierował się organ przy jej wydawaniu. Uznaniowość nie oznacza bowiem działania dowolnego, a organ w pierwszej kolejności musi kierować się zasadami określonymi w ustawie z dnia 14 czerwca 1960 r. Kodeks postępowania administracyjnego (tekst jedn.: Dz. U. z 2000 r. Nr 98, poz. 1071, z późn. zm.) - dalej k.p.a., m.in. rozważyć interes publiczny i interes strony (art. 7 k.p.a.).

Ochrona elementów środowiska przyrodniczego i zakazy związane z ich niszczeniem nie są zakazami bezwzględnie obowiązującymi. Świadczy o tym choćby zapis art. 125 pkt 3 u.o.p., który dopuszcza niszczenie roślin, jeśli to niszczenie jest związane z racjonalną gospodarką. O tym, czy dane działanie jest związane z "racjonalną gospodarką" uzasadniającą usunięcie drzew wielokrotnie wypowiadały się sądy administracyjne, określając m.in. przesłanki upoważniające organ do wydania decyzji odmawiającej wycinki. (np. wyrok WSA w Warszawie z dnia 14 marca 2006 r., IV SA/Wa 2237/05, LEX, Nr 227797, wyrok WSA w Warszawie z dnia 16 lutego 2007 r., IV SA/Wa 2017/06, LEX, Nr 316625). Sądy zwracają uwagę na konieczność indywidualnej oceny, jaka powinna mieć miejsce w przypadku spraw związanych z wycinką, obowiązkiem organu jest "dbałość o przyrodę, ochrona składników przyrody, w tym zieleni w miastach i wsiach. W ramach wykonywania tego obowiązku organ miał prawo uznać, iż sporne drzewa nie kwalifikują się do wycięcia (IV SA/Wa 2017/06). Trzeba jednak przyznać, że u.o.p. nie zawiera regulacji, które wprost określałyby kryteria, jakimi powinien kierować się organ, wydając decyzje w przedmiocie usuwania drzew lub krzewów, co może w niektórych przypadkach budzić uzasadnione wątpliwości dotyczące granic uznaniowości organu, przy wydawaniu orzeczeń.