Do jakiego okresu spółka musi wystawić faktury korekty do faktur wystawionych przed 1 czerwca 2010 r.?

Pytanie

Spółka z o. o. do końca 2012 r. była zakładem budżetowym Gminy i jest prawnym następcą Zakładu budżetowego. Do końca maja 2010 r. wystawiając faktury VAT na Gminę, Urząd Miasta i Gminy oraz jednostki organizacyjne gminy za wykonane usługi takie jak: usługi transportowe, roboty remontowo- budowlane, eksploatacje gminnego składowiska odpadów, zimowe utrzymanie dróg, inwestycje np. rozbudowa istniejącej infrastruktury wodno-ściekowej, stosowała zwolnienie z podatku VAT na mocy rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 24 grudnia 2009 r. W 2010 r. pojawiły się interpretacje indywidualne wydane przez Dyrektora Izby Skarbowej w Bydgoszczy (np. z dnia 14 czerwca 2010 r., ITPP1/443-269/10/MS), w myśl których od dnia 1 stycznia 2010 r. definicja jednostki budżetowej zawarto w art. 1 ust. 1 ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych. Reasumując, zakład budżetowy rozliczając się z Gminą (Urzędem Miasta i Gminy) powinien stosować podatek VAT.

Spółka z o. o. musi wystawić faktury korekty do faktur wystawionych przed 1 czerwca 2010 r. Jednak z żadnej interpretacji podatkowej nie wynika, do jakiego okresu wstecz należy się cofnąć.

Rozliczając się pomiędzy Zakładem budżetowym a Gminą (Urzędem Miasta i Gminy) wystawiano faktury VAT. Faktury był wystawiane zgodnie z treścią zlecenia bądź umowy, tzn. w jednych przypadkach na Gminę posiadającą NIP, a w innych przypadkach na Urząd Miasta i Gminy, również posiadający NIP. Jak wynika ze wspomnianej wcześniej interpretacji, Zakład powinien wystawiać faktury tylko i wyłącznie na jednostki organizacyjne, w tym Urząd Miasta i Gminy, a nie na Gminę.

Czy grożą spółce jakieś konsekwencje z tego tytułu?