31 maja 2011 r. skarżący wystąpił do prezydenta miasta z żądaniem zwrotu kwoty 425 zł tytułem nadpłaty za kartę pojazdu samochodu wydaną w 2005 r.

Prezydent miasta postanowił umorzyć postępowanie w sprawie zwrotu części opłaty za wydanie karty pojazdu. Przyznał, że za jej wydanie skarżący uiścił kwotę 500 zł. Zapłata nastąpiła na podstawie rozporządzenia Ministra Infrastruktury z dnia 28 lipca 2003 r. w sprawie wysokości opłat za kartę pojazdu (Dz. U. Nr 137, poz. 1310, ze zm.). Następnie prezydent wyjaśnił, iż zgodnie z art. 60 pkt 7 ustawy z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (Dz. U. Nr 157, poz.1240, ze zm.) środkami publicznym stanowiącymi niepodatkowe należności budżetowe o charakterze publiczno-prawnym są dochody budżetu państwa albo budżetu jednostki samorządu terytorialnego obejmujące dochody pobierane przez państwowe i samorządowe jednostki budżetowe na podstawie odrębnych ustaw. Mając to na uwadze organ uznał, iż żądanie zwrotu opłaty należało zakwalifikować odpowiednio jako wniosek o zwrot nadpłaty w świetle działu III Ordynacji podatkowej. Prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego (art. 79 § 2 Ordynacji podatkowej). Organ ustalił, iż w sprawie prawo do nadpłaty wygasło. Zobowiązanie podatkowe przedawnia się bowiem z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Płatność za kartę pojazdu wydaną w roku 2005 r. powinna nastąpić w roku 2005 r. Zatem od 31 grudnia 2005 roku należy liczyć 5 letni okres przedawnienia zobowiązania do zapłaty opłaty (upłynął on 31 grudnia 2010 r.).
WSA rozpatrując skargę przypomniał, iż w dniu 1 stycznia 2010 r. weszła w życie ustawa z dnia 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (Dz. U. Nr 157, poz. 1240), która zasadniczo rzutuje na sprawy dotyczące zwrotu opłat za karty pojazdu. Ustawa ta określa bowiem wyraźnie jaki tryb postępowania należy stosować w sprawach niepodatkowych należności budżetowych o charakterze publiczno-prawnym, do których zaliczono, między innymi, dochody jednostek samorządu terytorialnego pobierane przez samorządowe jednostki budżetowe na podstawie odrębnych ustaw. Zgodnie z art. 67 ustawy "do spraw dotyczących należności, o których mowa w art. 60, nieuregulowanych niniejszą ustawą stosuje się przepisy ustawy z dnia 14 czerwca 1960 r. - Kodeks postępowania administracyjnego (Dz. U. z 2000 r. Nr 98, poz. 1071, z późn. zm.) i odpowiednio przepisy działu III ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60, z późn. zm.)". Zdaniem WSA ustawodawca wprowadził reżim postępowania, wobec środków publicznych stanowiących niepodatkowe należności budżetowe stanowiących dochody pobierane przez samorządowe jednostki budżetowe na podstawie odrębnych ustaw. Rację mają organy orzekające w niniejszej sprawie iż do tej kategorii należą "opłaty za wydanie karty pojazdu", pobrane przez właściwe urzędy powiatowe albo miejskie, na pokrycie kosztów druku i dystrybucji zamówionych i wydawanych właścicielom pojazdów kart. Pobranie opłaty następowało też na podstawie odrębnej ustawy - art. 77 ust. 3 ustawy z dnia 20 czerwca 1997 r. Prawo o ruchu drogowym (Dz. U. z 2005 r. Nr 108, poz. 908, ze zm.). Bez znaczenia dla zaliczenia tych należności do kategorii "niepodatkowych należności budżetowych" jest nazwanie ich "opłatą", bowiem przez "niepodatkowe należności budżetowe” rozumie się nie będące podatkami i opłatami należności stanowiące dochód budżetu państwa lub budżetu jednostki samorządu terytorialnego, wynikające ze stosunków publicznoprawnych (art. 3 pkt 8 Ordynacji podatkowej).
Opłaty za wydanie karty pojazdu mieszczą się zatem w art. 60 pkt 7 ustawy o finansach publicznych i stanowią niepodatkowe należności budżetowe pobierane przez samorządowe jednostki budżetowe na podstawie odrębnych ustaw. Ponownie należy przyznać rację organom co do konieczności stosowania w przedmiotowej sprawie trybu postępowania opartego odpowiednio na przepisach Kodeksu postępowania administracyjnego i działu III Ordynacji podatkowej, do których odsyła art. 67 ustawy o finansach publicznych.
WSA rozpatrując skargę uznał, iż należy przyznać rację organom co do konieczności stosowania w przedmiotowej sprawie trybu postępowania opartego odpowiednio na przepisach Kodeksu postępowania administracyjnego i działu III Ordynacji podatkowej, do których odsyła art. 67 ustawy o finansach publicznych. W konsekwencji stosowania Kodeksu postępowania administracyjnego i odpowiedniego stosowania działu III Ordynacji podatkowej, wniosek o zwrot opłaty uiszczonej za wydanie karty pojazdu należało potraktować odpowiednio jako wniosek o stwierdzenie nadpłaty. W stosunku do tego wniosku znajdzie bezpośrednie zastosowanie ustawa nowa, tym bardziej, że nakaz jej stosowania do wniosków złożonych po 1 stycznia 2010 r. wynika z przepisów przejściowych. W istocie ustawodawca, poprzez wprowadzenie ustawy o finansach publicznych nie odebrał obywatelom uprawnienia do żądania zwrotu nadpłaty z tytułu wydania karty pojazdu, a jedynie w istocie poprzez zastosowanie przepisów działu III Ordynacji podatkowej w tym instytucji przedawnienia, wprowadził czasowe ograniczenie możliwości realizacji tego prawa.