Rozważając kwestie podpisania tej ustawy i przekazania jej do publikacji w Dzienniku Ustaw, Prezydent analizował również wątpliwości podnoszone wobec niektórych przepisów ustawy w toku prac parlamentarnych, a także zgłaszane przez Rzecznika Praw Obywatelskich i przedstawicieli Helsińskiej Fundacji Praw Człowieka.

Zdaniem  Prezydenta sprawnie funkcjonujący system zarządzania kryzysowego jest sprawą absolutnie priorytetową, ponieważ zależy od tego skuteczne, nawet w sytuacjach trudnych, działanie struktur organów władzy publicznej, a co najważniejsze bezpieczeństwo obywateli. - Jednak nawet ustawa regulująca tak istotne zagadnienia, musi pozostawać w pełnej zgodności z podstawowymi zasadami państwa prawnego, uregulowanymi w przepisach Konstytucji - napisano w komunikacie kancelarii prezydenta.  

Wątpliwości głowy państwa, co do zgodności z Konstytucją, dotyczą m. in. art. 12a ust. 2 i 3. Art. 12a ust. 2 nakłada na szeroki krąg podmiotów obowiązek przekazywania Szefowi Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego nie tylko informacji o zagrożeniach o charakterze terrorystycznym, lecz również zagrożeniach dotyczących działań, które mogą prowadzić do zagrożenia życia lub zdrowia ludzi, mienia w znacznych rozmiarach, dziedzictwa narodowego lub środowiska. Zdaniem ekspertów sejmowych regulacja zawarta w art. 12a ust. 2 nakłada się na inne rozwiązania prawne, dotyczące informowania organów ścigania o istniejących zagrożeniach dla dóbr, których ochronie ma służyć. W konsekwencji nie jest jasne jakim obowiązkom podlegają adresaci tego przepisu. Ustawa w art. 12a ust. 3 wprowadza ponadto instytucję zalecenia, które może być udzielone przez Szefa Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego organom i podmiotom. Tymczasem instytucja zalecenia nie została precyzyjnie określona przez parlament w przedmiotowej ustawie, co może rodzić problemy w przyszłości, w praktyce stosowania ustawy.  Prezydent Lech Kaczyński uznał, iż rozwiązaniem właściwym będzie poddanie niektórych przepisów ustawy kontroli przez Trybunał Konstytucyjny po jej opublikowaniu.