Metropolita Odniósł się do afery podsłuchowej oraz kontrowersji wokół prof. Bogdana Chazana. W obu przypadkach zdecydowanie stwierdził, że opinia publiczna nie skupia się na najbardziej istotnych kwestiach w tych sprawach. Uznał, że w przypadku ujawnionych podsłuchów powinno się przede wszystkim zwracać uwagę na treści, które tam padły, a nie na to, kto podsłuchiwał. Natomiast w przypadku prof. Chazana skrytykował to, że lekarz, który nie chciał wskazać drogi do aborcji, został zwolniony z pracy. - Gdzie jest prawo do wolności sumienia? Wolność jest dla ateistów, dla różnych nadużyć, dla tego, co się rodzi z przekreślania prawa Bożego. Jest wolność deptania prawa Bożego, ale nie ma wolności dla tych, którzy chcą je zachować i uszanować - mówił abp Michalik.