W ramach skargi, której Sąd Unii Europejskiej (dawniej Sąd Pierwszej Instancji) nadał numer T-263/15, oba podmioty zwróciły się o stwierdzenie nieważności i uchylenie w całości decyzji Komisji Europejskiej z dnia 26 lutego 2015 r. w sprawie środka SA.35388 (dotychczas nieopublikowanej w Dzienniku Urzędowym UE, dostępnej na witrynie Komisji Europejskiej pod adresem: http://ec.europa.eu/competition/state_aid/cases/249231/249231_1648159_217_2.pdf).
Na poparcie skargi strona skarżąca podniosła pięć zarzutów.
Zarzut pierwszy dotyczył arbitralności i rażącego błędu w ustaleniach faktycznych przyjętych za podstawę wydania zaskarżonej decyzji i w konsekwencji przekroczenie przez Komisję granic przysługujących jej dyskrecjonalnych uprawnień i dopuszczenie się oczywistych błędów w ocenie materiału dowodowego.
W zarzucie drugim oba podmioty podniosły kwestię braku rozważenia przez Komisję elementów i okoliczności relewantnych dla oceny prawnej inwestycji Port Lotniczy Gdynia Kosakowo.
Następnie polskie podmioty zarzuciły Komisji przekroczenie granic swobodnego uznania w rozumieniu orzecznictwa podkreślającego obowiązek instytucji korzystającej z dyskrecjonalności wyjaśnienia zarówno, dlaczego określone dowody i fakty są brane pod uwagę, a inne są odrzucane.
Ponadto, zdaniem skarżących Komisja dopuściła się naruszenia art. 107 ust. 1 TFUE w związku z zasadą ogólną prawa europejskiego – zasadą pewności prawa i lojalności instytucji wobec podmiotów prawa, przez jej błędne zastosowanie i interpretację.
Wreszcie, Gdynia i spółka Port Lotniczy Gdynia Kosakowo zarzuciły Komisji błędną kategoryzację prawną faktów i dowodów, co skutkuje naruszeniem przez zaskarżoną decyzję art. 107 ust. 1 TFUE poprzez uznanie, ze w sprawie nie zostały spełnione warunki do uznania działania skarżących w ramach Testu Prywatnego Inwestora i nie wykazano, że projekt inwestycyjny byłby realizowany przez inwestora prywatnego, a w konsekwencji przyjęcie, że inwestycja Gdynia Kosakowo należy do niedozwolonej pomocy publicznej.