Po Stowarzyszeniu Sędziów Themis i Stowarzyszeniu Sędziów Polskich Iustitia głos w sprawie nowelizacji zabrała Fundacja FOR, która w swojej krytycznej opinii zwraca ostrzega, że projektowana zmiana w rzeczywistości stanowi kolejny krok ku przejęciu kontroli przez władzę wykonawczą (rządem) nad całym wymiarem sprawiedliwości oraz spowoduje silną zależność pracy sądów od decyzji i działań politycznych.
 Projekt przekazuje zwierzchnictwo służbowe prezesów sądów powszechnych nad   dyrektorami tych sądów  w  ręce  Ministra  Sprawiedliwości,  który  będzie  odpowiedzialny  m.in. za powoływanie  i  odwoływanie  dyrektorów.  Zmiana,  zgodnie  z  udostępnionym  uzasadnieniem,  ma  na  celu  zwiększenie sprawności zarządzania kadrami w sądach powszechnych. 
Innym przykładem  przejmowania  kontroli nad   wymiarem sprawiedliwości przez rząd  jest  chęć  wymiany  wszystkich obecnie urzędujących członków Krajowej Rady Sądownictwa (KRS).  Dotychczasowi  członkowie  często  wyrażali  sprzeciw wobec  propozycji  zmian  płynących  z Ministerstwa Sprawiedliwości (np. sprawa Trybunału  Konstytucyjnego).
Ponadto,  pomiędzy  Krajową  Radą  Sądownictwa, a Prezydentem RP powstał spór dotyczący powoływania przez Prezydenta sędziów sądów powszechnych.