Nowa Prokuratura Europejska będzie niezależnym urzędem, który wypełni lukę pomiędzy różnymi systemami prawa karnego w krajach członkowskich UE (których zakres uprawnień wyznaczają granice państwowe), a organami UE (które nie są uprawnione do prowadzenia dochodzeń w sprawach karnych).

Urząd zostanie włączony do krajowych systemów sądownictwa, a prokuratorzy europejscy będą prowadzić dochodzenia i ścigać sprawców w poszczególnych krajach UE. Będą oni realizować swoje zadania we współpracy z pracownikami krajowych systemów sądowych i zgodnie z krajowymi przepisami. Dzięki utworzeniu jednej Prokuratury Europejskiej delegowani prokuratorzy krajowi we wszystkich państwach UE będą wykonywać swoje zadania według takich samych zasad.

Ponieważ nowa struktura zakłada wykorzystanie zasobów, które już istnieją, ewentualne koszty dodatkowe będą bardzo niskie.

Kontrolę sądową sprawować będą sądy krajowe, do których będzie się można odwoływać od decyzji Prokuratury Europejskiej.

Nowe przepisy zapewnią też szereg praw osobom oskarżonym o zdefraudowanie środków z budżetu UE – między innymi prawo do pomocy tłumacza ustnego i pisemnego, uzyskania dostępu do akt sprawy oraz do pomocy prawnika. Komisja proponuje również, by poszerzyć zakres określonych uprawnień, które już obowiązują w niektórych państwach UE. Chodzi tu o prawo do zachowania milczenia i domniemania niewinności, uzyskania pomocy prawnej, przedstawienia dowodów i do obecności przy przesłuchiwaniu świadków.

W UE istnieje już Urząd ds. Zwalczania Nadużyć Finansowych (OLAF). Wraz z podjęciem działań przez Prokuraturę Europejską OLAF nie będzie już prowadzić dochodzeń administracyjnych dotyczących nadużyć finansowych w UE lub innych przestępstw przeciwko interesom finansowym UE. Będzie natomiast nadal prowadzić dochodzenia w innych sprawach, dotyczących na przykład poważnych przypadków łamania zasad etyki zawodowej przez urzędników unijnych, które nie mają skutków finansowych.

Propozycje Komisji zostaną wkrótce przedyskutowane przez Parlament Europejski i kraje członkowskie. Zgodnie z wcześniejszymi ustaleniami Dania nie będzie uczestniczyć w systemie Prokuratury Europejskiej, a Wielka Brytania i Irlandia mogą to zrobić, o ile wyraźnie i z własnej woli podejmą taką decyzję (tzw. klauzula „opt-in”). Jeśli nie wszystkie kraje UE będą chciały uczestniczyć w tym systemie, decyzję o jego powołaniu może podjąć co najmniej dziewięć państw.