1. Wprowadzenie
Przepisy ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (tekst jedn.: Dz. U. z 2005 r. Nr 8, poz. 60 z późn. zm.) – dalej o.p., przewidują wiele sposobów wygaśnięcia zobowiązania podatkowego. Zapłata podatku, pobranie podatku przez płatnika lub inkasenta, potrącenie, zaliczenie nadpłaty lub zaliczenie zwrotu podatku, wymienione w art. 59 § 1 pkt 1-4 o.p., należą do grupy tzw. efektywnych sposobów wygasania zobowiązania. Czasem okazuje się po wygaśnięciu zobowiązania, że kwota uiszczonego podatku była za wysoka lub nienależna i powstała nadpłata. Aby jednak doszło do jej zwrotu na rzecz podatnika, ktoś - podatnik lub organ podatkowy - musi określić jej wysokość. Procedura tego postępowania określona została w rozdziale 9 działu III o.p. zatytułowanym „Nadpłata”.

2. Pojęcie nadpłaty
Zgodnie z przepisami art. 72 o.p. za nadpłatę uważa się kwotę:
1) nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku,
2) podatku pobraną przez płatnika nienależnie lub w wysokości większej od należnej,
3) zobowiązania zapłaconego przez płatnika lub inkasenta, jeżeli w decyzji o odpowiedzialności podatkowej płatnika lub inkasenta, o której mowa w art. 30 § 4 o.p., określono je nienależnie lub w wysokości większej od należnej,
4) zobowiązania zapłaconego przez osobę trzecią lub spadkobiercę, jeżeli w decyzji o ich odpowiedzialności podatkowej lub decyzji ustalającej wysokość zobowiązania podatkowego spadkodawcy określono je nienależnie lub w wysokości większej od należnej.
Przy czym, jeżeli wpłata dotyczyła zaległości podatkowej, na równi z nadpłatą traktuje się także część wpłaty, która została zaliczona na poczet odsetek za zwłokę.

Naczelny Sąd Administracyjny wyjaśnił w wyroku z dnia 10 maja 2000 r., SA/Sz 1901/99, że świadczenie jest nadpłacone, gdy podatnik jest zobowiązany do świadczenia z tytułu określonego podatku, lecz kwota faktycznie uiszczona jest wyższa od kwoty należnej. Natomiast świadczenie jest uiszczone nienależnie, gdy podatnik dokonuje zapłaty określonej kwoty pieniężnej, mimo, że nie jest do tego zobowiązany.
Ponieważ definicja nadpłaty nie obejmuje nienależnego przeniesienia oraz przejęcia własności rzeczy lub praw majątkowych, o których mowa w art. 59 § 1 pkt 6 i 7 o.p., a także sytuacji, gdy wartość tej własności przekracza wartość zobowiązania podatkowego, nie stosuje się w takich przypadkach procedury przewidzianej dla nadpłaty.

3. Określenie nadpłaty przez podatnika
Ordynacja podatkowa przewiduje dwa sposoby określenia nadpłaty. Zasadą wynikającą z przepisu art. 74a o.p. jest, że wysokość nadpłaty określa organ podatkowy. Jedynie w przypadkach wymienionych w art. 73 § 2 i art. 74 o.p. wysokość nadpłaty określa podatnik.
W przepisach art. 73 § 2 o.p. mowa jest o wysokości nadpłaty określanej w:
1) zeznaniu rocznym przez podatników podatku dochodowego,
2) deklaracji podatku akcyzowego - dla podatników podatku akcyzowego,
3) deklaracji o wpłatach z zysku za rok obrotowy przez jednoosobowe spółki Skarbu Państwa i przedsiębiorstwa państwowe,
4) deklaracji kwartalnej dla podatku od towarów i usług - dla podatników podatku od towarów i usług.

Z kolei przepisy art. 74 o.p. dotyczą sytuacji, gdy nadpłata powstała w wyniku orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego ub orzeczenia Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości, a podatnik, którego zobowiązanie podatkowe powstaje w sposób przewidziany w art. 21 § 1 pkt 1 o.p.:
1) złożył jedną z deklaracji, o których mowa w art. 73 § 2 o.p. (dotyczy to również zeznania rocznego, bowiem zgodnie z definicją zawartą w art. 3 pkt 5 o.p., deklaracjami są również zeznania, wykazy oraz informacje, do których składania obowiązani są, na podstawie przepisów prawa podatkowego, podatnicy, płatnicy i inkasenci) lub inną deklarację, z której wynika wysokość zobowiązania podatkowego – do określenia nadpłaty konieczne jest w takim przypadku złożenie przez podatnika wniosku o zwrot nadpłaty, zawierającego określenie jej wysokości, oraz równoczesne złożenie skorygowanej deklaracji,
2) został rozliczony przez płatnika - również niezbędne jest dla określenia nadpłaty złożenie przez podatnika wniosku o zwrot nadpłaty, zawierającego określenie jej wysokości, wraz z równoczesnym złożeniem zeznania (deklaracji), o którym mowa w art. 73 § 2 pkt 1 o.p. (dotyczy to wyłącznie zeznań, odpowiednio deklaracji rocznych składanych w podatku dochodowym),
3) nie był obowiązany do składania deklaracji - w tym przypadku wysokość nadpłaty podatnik określa we wniosku o jej zwrot.
Określenie wysokości nadpłaty przez podatnika nie oznacza, że organ podatkowy nie ma możliwości zweryfikowania jego ustaleń.
Jeżeli organ podatkowy nie kwestionuje wysokości określonej przez podatnika nadpłaty winien zwrócić ją w terminie 30 dni od dnia złożenia wniosku, jak stanowi przepis art. 77 § 1 pkt 4 o.p. W przeciwnym wypadku winien wydać decyzję o odmowie zwrotu nadpłaty w całości lub części.
Nie zawsze wyrok Trybunału Konstytucyjnego uznający dany przepis za niezgodny z konstytucją powoduje powstanie nadpłaty.
Zgodnie z wyrokiem NSA FSK 425/04, chociaż wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 6 marca 2002 r. P 7/00 stanowił, że określenie w rozporządzeniu przypadków, w których podatnikami akcyzy są osoby lub jednostki organizacyjne inne niż producent lub importer wyrobów akcyzowych, jest niezgodny z art. 217 Konstytucji, który wprowadza wyłączność ustawową dla ustanawiania podmiotów, przedmiotu opodatkowania oraz do ustalania stawek podatkowych, to podatnik nie mógł na jego podstawie wnosić o stwierdzenie nadpłaty, gdyż wyrok ten jednocześnie stanowił jednak, że nie stwarza to podstawy zwrotu podatku uiszczonego na podstawie tego przepisu. NSA stwierdził, że skoro wyrok TK ma moc powszechnie obowiązującą w całości, to dotyczy to także tej części wyroku TK, w której mowa jest o braku podstaw do zwrotu uiszczonego podatku akcyzowego.
Za szczególne można uznać orzeczenie Trybunału Konstytucyjnego z dnia 25 czerwca 2002 r. K 45/200 (OTK-A 2002, nr 4, poz. 46), stwierdzające niezgodność art. 1 pkt 8 w związku z art. 3 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 95, poz. 1100) z art. 2 Konstytucji RP w zakresie, w jakim nie przewiduje on regulacji przejściowych niezbędnych dla zapewnienia ochrony interesów prowadzących zakłady pracy chronionej, którzy w zaufaniu do dotychczasowych przepisów rozpoczęli realizację długookresowych przedsięwzięć na rzecz osób niepełnosprawnych zatrudnionych w ich zakładach. W ocenie NSA, zawartej w uchwale z dnia 14 marca 2005 r., FPS 4/2004 (ONSAiWSA 2005, nr 3, poz. 50), podatnicy, których dotyczy orzeczenie Trybunału Konstytucyjnego, mogą ubiegać się, na podstawie art. 190 ust. 4 Konstytucji RP, o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług podlegającej zwrotowi. Przepisami określającymi zasady i tryb postępowania, o których mowa w art. 190 ust. 4 Konstytucji RP, są zaś przepisy ordynacji podatkowej regulujące instytucję nadpłaty.

4. Określenie nadpłaty przez organ podatkowy
Zasadą jest, że nadpłatę określa organ podatkowy. Następuje to na wniosek podatnika o stwierdzenie tej nadpłaty.
Zgodnie z przepisami art. 75 § 1 o.p., uprawnienie do wniesienia o stwierdzenie nadpłaty przysługuje podatnikowi, jeżeli ten kwestionuje zasadność pobrania przez płatnika podatku albo wysokość pobranego podatku.
Warunkiem stwierdzenia nadpłaty jest pobranie podatku przez płatnika, dlatego też, jak wyjaśnił WSA w Łodzi w wyroku z dnia 21 listopada 2004 r. I SA/Łd 35/04 (M. Pod. 2005, nr 7, s. 51), stwierdzenie nadpłaty nie może wchodzić w grę w sytuacji, gdy pobranie nie nastąpiło, a płatnik dokonał wpłaty podatku z własnych środków bez pobrania go od podatnika, gdyż nie nastąpiło uszczuplenie majątku podatnika.
Na podstawie art. 75 § 2 pkt 1 i § 6 o.p., prawo do żądania stwierdzenia nadpłaty przysługuje również podatnikom, których zobowiązanie podatkowe powstaje w sposób przewidziany w art. 21 § 1 pkt 1 o.p., jeżeli:
1) w zeznaniach (deklaracjach), o których mowa w art. 73 § 2 o.p., wykazali zobowiązanie podatkowe nienależne lub w wysokości większej od należnej i wpłacili zadeklarowany podatek albo wykazali nadpłatę w wysokości mniejszej od należnej;
2) w deklaracjach innych niż wymienione w art. 73 § 2 pkt 2 i 3 o.p., z wyjątkiem deklaracji dotyczącej zaliczek na podatek dochodowy, wykazali zobowiązanie podatkowe nienależne lub w wysokości większej od należnej i wpłacili zadeklarowany podatek, o ile ustawy podatkowe nie przewidują innego trybu zwrotu podatku;
warto wspomnieć, iż od dnia 1 września 2005 r., w związku z wejściem w życie ustawy z dnia 30 czerwca 2005 r. o zmianie ustawy - Ordynacja podatkowa oraz o zmianie niektórych innych ustaw (Dz. U. Nr 143, poz. 1199), ustawodawca sprecyzował, że prawo do wniesienia o stwierdzenie nadpłaty przysługuje wszystkim tym podatnikom, którzy składają deklaracje w podatku dochodowym inne niż dotyczące zaliczek na ten podatek. Nie ma zatem obecnie wątpliwości, że prawo to przysługuje podatnikom, którzy np. w deklaracji PIT-23 zawyżyli i wpłacili kwotę zryczałtowanego podatku z tytułu odpłatnego zbycia nieruchomości lub praw majątkowych;
3) niebędąc obowiązanymi do składania zeznań (deklaracji), dokonali wpłaty podatku nienależnego lub w wysokości większej od należnej.
Ponadto przepis art. 75 § 2 pkt 2 i § 6 o.p. stanowi, że o ile ustawy podatkowe nie przewidują innego trybu zwrotu podatku, z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty mogą też wystąpić płatnicy lub inkasenci, jeżeli:
1) w złożonej deklaracji wykazali oraz wpłacili podatek w wysokości większej od wysokości pobranego podatku,
2) w złożonej deklaracji wykazali oraz wpłacili podatek w wysokości większej od należnej,
Potwierdzając to uprawnienie, Małopolski Urząd Skarbowy w postanowieniu z dnia 8 czerwca 2005 r., PD1/423-24/05/GH, w odpowiedzi na pytanie o możliwość złożenia przez płatnika korekty deklaracji CIT-10 i wniosku o stwierdzenie nadpłaty zryczałtowanego podatku dochodowego od osób prawnych z tytułu wypłacanych należności licencyjnych wyjaśnił, że płatnik ma takie prawo w sytuacji, gdy podatek został przez niego pobrany w wysokości większej niż należna, z tym, że prawo to winno być wykazane przez płatnika poprzez załączenie do wniosku o stwierdzenie nadpłaty odpowiednich dokumentów potwierdzających jego zasadność.
3) niebędąc obowiązanymi do składania deklaracji, wpłacili podatek w wysokości większej od należnej.
W art. 75 § 6 o.p. mowa jest o tym, że nie stosuje się trybu określonego w ordynacji podatkowej, jeżeli ustawy podatkowe przewidują inny tryb zwrotu podatku.
Do takich przypadków należy m.in. zwrot podatku od czynności cywilnoprawnych w związku z uchyleniem skutków prawnych oświadczenia woli (nieważność względna), na podstawie art. 11 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (tekst jedn.: Dz. U. z 2007 r. Nr 68, poz. 450 z późn. zm.).

Jednak do stwierdzenia nadpłaty w PCC zapłaconych od bezwzględnie nieważnej czynności cywilnoprawnej należy stosować przepisy o.p., gdyż jak wyjaśnił WSA w Łodzi w wyroku z dnia 10 sierpnia 2004 r., I SA/Łd 1869/03, Prz. Pod. 2005, nr 3, s. 60, do nieważności bezwzględnej - inaczej niż do względnej - nie ma zastosowania instytucja zwrotu podatku od czynności cywilnoprawnej. Podatek zapłacony od bezwzględnie nieważnej czynności cywilnoprawnej - jako nienależnie zapłacony - stanowi nadpłatę, a podatnik może domagać się jej zwrotu w trybie przepisów ordynacji podatkowej o stwierdzeniu nadpłaty.
Na mocy art. 75 § 3 i 4 o.p., w przypadkach, w których podatnik, płatnik lub inkasent był obowiązany do składania deklaracji, równocześnie z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty wymagane jest złożenie skorygowanego zeznania (deklaracji). Jeżeli prawidłowość skorygowanego zeznania (deklaracji) nie budzi wątpliwości, organ podatkowy zwraca nadpłatę bez wydania decyzji stwierdzającej nadpłatę. W przeciwnym przypadku wydaje decyzję o odmowie stwierdzenia nadpłaty lub o stwierdzeniu nadpłaty w innej wysokości niż określona we wniosku.