Planowanie kontroli ma zapewnić podejmowanie przez Służbę Celną działań kontrolnych w oparciu o wcześniej zdefiniowane obszary ryzyka, co przyczyni się do zwiększenia jej skuteczności i efektywności.
W 2013 r. takimi obszarami ryzyka, którymi w szczególności będą zainteresowane komórki kontroli Służby Celnej, będą: papierosy, tytoń do palenia, cygara i cygaretki, benzyny, oleje napędowe i smarowe, oleje opalowe, gry na automatach, w tym gry urządzane z wykorzystaniem sieci Internet oraz gry w karty, alkohol etylowy skażony oraz wyroby na bazie tego alkoholu, loterie audiotekstowe, loterie promocyjne, zakłady wzajemne. Powyższe obszary zajmują czołowe miejsce w hierarchii wysokiego ryzyka, dlatego też wymagają największego zaangażowania Służby Celnej i wymagają intensywnych kontroli.
W porównaniu z rokiem 2012 w Strategicznym Planie Kontroli zmniejszono liczbę obszarów uznanych za priorytetowe z 9 do 7, w szczególności zrezygnowano z obszarów Klasyfikacja towarowa, Gaz płynny i Środki odurzające, substancje psychotropowe i ich prekursory, gdzie poziom ryzyka spadł z wysokiego do średniego.
Podobnie jak w ubiegłym roku w Strategicznym Planie Kontroli na 2013 r. nie ujęto obszaru wysokiego ryzyka dotyczącego samochodów osobowych, z uwagi na fakt, że ryzyko to można skutecznie ograniczać poprzez prowadzenie postępowań podatkowych, bez konieczności każdorazowego angażowania komórek kontrolnych (w większości dotyczy pojedynczych pojazdów).