W myśl art. 83 ustawy z dnia 2 lipca 2004 r. o swobodzie działalności gospodarczej (Dz.U. z 2007 r., nr 155, poz. 1095 z późn. zm., dalej jako: u.s.d.g.) czas trwania wszystkich kontroli u przedsiębiorcy w jednym roku kalendarzowym nie może przekraczać: w odniesieniu do mikro, małych i średnich przedsiębiorstw - 4 tygodni; w odniesieniu do pozostałych przedsiębiorców - 8 tygodni. Zasadą jest, co wynika z art. 82 u.s.d.g., że nie można równocześnie podejmować i prowadzić więcej niż jednej kontroli działalności przedsiębiorcy. Nie dotyczy to jednak sytuacji, gdy:
1) ratyfikowane umowy międzynarodowe stanowią inaczej;
2) przeprowadzenie kontroli jest niezbędne dla prowadzonego przeciwko przedsiębiorcy śledztwa lub dochodzenia;
3) odrębne przepisy przewidują możliwość przeprowadzenia kontroli w toku prowadzonego postępowania dotyczącego przedsiębiorcy;
4) przeprowadzenie kontroli jest uzasadnione zagrożeniem życia, zdrowia lub środowiska naturalnego;
5) kontrola dotyczy zasadności dokonania zwrotu podatku od towarów i usług przed dokonaniem tego zwrotu;
6) przeprowadzenie kontroli jest realizacją obowiązków wynikających z przepisów prawa wspólnotowego o ochronie konkurencji lub przepisów prawa wspólnotowego w zakresie ochrony interesów finansowych Wspólnoty Europejskiej;
7) kontrola dotyczy zasadności dokonania zwrotu podatku od towarów i usług na podstawie przepisów o zwrocie osobom fizycznym niektórych wydatków związanych z budownictwem mieszkaniowym.

Wskazane wyżej przepisy dotyczą postępowań prowadzonych przez inspektorów kontroli skarbowej, gdzie na podstawie art. 13 ust. 3 ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (tekst jedn. Dz.U. z 2004 r., nr 8, poz. 65 z późn. zm.) w ramach wszczętego postępowania kontrolnego organ kontroli skarbowej może przeprowadzić kontrolę podatkową. Taka interpretacja i stanowisko zostały potwierdzone w piśmie Ministerstwa Finansów z dnia 30 sierpnia 2004 r. nr KS 9/03/1335/04/4824.

Wielu przedsiębiorców podkreśla, że w praktyce poprzez taką interpretację przepisów urząd kontroli skarbowej może prowadzić kontrolę u każdego przedsiębiorcy bez żadnych ograniczeń czasowych, a dodatkowo może rozpocząć kontrolę nawet wtedy, gdy przedsiębiorcę kontroluje np. ZUS, czy Państwowa Inspekcja Pracy. Przedsiębiorcy podkreślają, że tak szerokich praw nie posiadają urzędy skarbowe, które muszą rygorystycznie przestrzegać opisanych wyżej zasad. W ocenie osób prowadzących działalność gospodarczą taka bezlimitowa kontrola przedsiębiorcy ma bardzo ujemne skutki dla ich działalności, gdyż podatnik nie jest pewny, kiedy kontrola się zakończy, traci czas, będąc w ciągłej gotowości do współpracy, nie może zająć się swoją pracą, tak jak przed kontrolą. Niejednokrotnie wielomiesięczne kontrole urzędów kontroli skarbowej dezorganizują pracę przedsiębiorców, powodując wymierne straty finansowe. Wyjściem z takiej sytuacji mogłaby być albo zmiana interpretacji wskazanych wyżej przepisów przez Ministerstwo Finansów, albo doprecyzowanie ich w takim duchu, że inspektorów UKS także obowiązywałby limit czasowy i limit ilości kontroli u przedsiębiorcy.

Powyższa sprawa stała się przedmiotem interpelacji poselskiej (nr 4591). Zapytano w niej ministra finansów, czy Ministerstwo Finansów zamierza podjąć prace, które w sposób jednoznaczny uregulują kwestie ilości kontroli skarbowych i czasookresu ich trwania u przedsiębiorców.

W odpowiedzi na interpelację Ministerstwo Finansów wskazało, że w przepisach art. 82 ust. 1 pkt 3 oraz art. 83 ust. 2 pkt 3 u.s.d.g. uregulowano wyjątki od ogólnych zasad, zgodnie z którymi ograniczeń co do czasu trwania oraz ilości kontroli nie stosuje się w przypadku, gdy odrębne przepisy przewidują możliwość przeprowadzenia kontroli w toku postępowania prowadzonego przez organ. Zgodnie z art. 31 ust. 2 pkt 3 ustawy o kontroli skarbowej postępowanie kontrolne oznacza postępowanie podatkowe. W ramach (w toku) wszczętego postępowania kontrolnego organ kontroli skarbowej może przeprowadzić kontrolę podatkową (art. 13 ust. 3 ustawy o kontroli skarbowej). W związku z powyższym norma prawna zawarta w art. 13 ustawy o kontroli skarbowej wypełnia dyspozycje z art. 82 ust. 1 pkt 3 i art. 83 ust. 2 pkt 3 u.s.d.g.. Przedstawiony sposób rozumienia wskazanych wyżej przepisów znajduje potwierdzenie w orzecznictwie sądów administracyjnych.

Wskazana wyżej wykładnia przepisów została przedstawiona również w piśmie generalnego inspektora kontroli skarbowej z dnia 31 sierpnia 2004 r., nr KS 9/03/1335/04/4824 skierowanym do dyrektorów urzędów kontroli skarbowej. Jednocześnie w piśmie tym GIKS wskazał, że zasadą powinno być podejmowanie wszelkich działań, które umożliwią prowadzenie kontroli podatkowej w terminach wymaganych przez ustawę o swobodzie działalności gospodarczej, zaś stosowanie wyłączeń powinno mieć miejsce tylko w toku kontroli prowadzonej w ramach wszczętego postępowania kontrolnego, kontynuowanej w uzasadnionych przypadkach.

Ministerstwo Finansów podkreśliło, że kwestia niestosowania niektórych przepisów ustawy o swobodzie działalności gospodarczej do kontroli prowadzonych przez organy kontroli skarbowej nie wynika z interpretacji przyjętej przez Ministerstwo Finansów, lecz znajduje wprost swą podstawę w konstrukcji, treści i wzajemnej relacji odpowiednich przepisów ustawy o swobodzie działalności gospodarczej oraz ustawy o kontroli skarbowej. Wyłączenie kontroli skarbowej z ograniczeń przewidzianych w ustawie o swobodzie działalności gospodarczej przy jednoczesnym objęciu tymi ograniczeniami urzędów skarbowych znajduje swoje uzasadnienie także w zakresie przedmiotowym i podmiotowym kontroli skarbowej. Zadania realizowane przez kontrolę skarbową nie są analogiczne do zadań urzędów skarbowych. Kontrola skarbowa prowadzona jest co do zasady wobec szczególnych grup przedsiębiorców prowadzących działalność o dużych rozmiarach, podejrzewanych o naruszanie przepisów prawa podatkowego i prawa karnego skarbowego, uchylających się od kontroli.

Kontrola skarbowa koncentruje swoje działania na szarej strefie gospodarki, co oznacza przeciwdziałanie aktywności podmiotów prowadzących działalność zarobkową, nie mającą charakteru przestępczego, ale prowadzoną bez wnoszenia odpowiednich opłat, stosownych podatków i bez przestrzegania obowiązujących norm prawnych.

Resort finansów tłumaczy, że nie mniej ważną sferą zainteresowania kontroli skarbowej jest czarna strefa gospodarki, obejmująca działalność mającą charakter przestępczy. W efekcie kontrola skarbowa działa w obszarach, w których występuje szczególnie duże natężenie i skala stwierdzanych nieprawidłowości, szczególnie wrażliwych z punktu widzenia interesów Skarbu Państwa: niezarejestrowanej działalności gospodarczej i nierejestrowanego obrotu towarami i usługami, obrotu paliwami płynnymi i gazem płynnym, obrotu złomem, obrotu artykułami elektronicznymi, handlu w Internecie. Przeprowadzane kontrole dotyczą szczególnie dotkliwych dla budżetu państwa rodzajów oszustw podatkowych takich jak: oszustwa karuzelowe i oszustwa typu: znikający podatnik. Jak podkreślił resort finansów prowadzenie kontroli wobec tych kategorii przedsiębiorców wiąże się na ogół z koniecznością podjęcia wielu skomplikowanych czynności kontrolnych, np. zasięgania opinii biegłych, przeprowadzania sprawdzeń u kontrahentów, a w niektórych przypadkach również z trudnościami w prowadzeniu tych czynności związanymi ze świadomym utrudnianiem i przedłużaniem prowadzenia kontroli przez kontrolowanych, m.in. poprzez częste zmiany pełnomocników, a w skrajnych przypadkach ustanawianie pełnomocnika poza terytorium RP, zmiany adresów do doręczeń, częste zmiany osób reprezentujących osobę prawną.

W związku z powyższym kontrole prowadzone przez organy kontroli skarbowej charakteryzują się dużą czasochłonnością. Na czas trwania kontroli wpływa także: ilość dokumentów księgowych niezbędnych do przeanalizowania w trakcie kontroli, potrzeba weryfikacji dokumentów kontrolowanego u jego kontrahentów, konieczność korzystania z pomocy prawnej zagranicznych organów podatkowych, przesłuchiwanie znacznej ilości świadków i inne. Ministerstwo Finansów podkreśliło, że z prowadzonego przez resort monitoringu czasu trwania kontroli wynika, że z ponad 5 tys. kontroli prowadzonych przez organy kontroli skarbowej niespełna 25% trwa dłużej niż 6 miesięcy. Jak podkreśliło Ministerstwo Finansów najczęściej występującymi przyczynami przedłużania kontroli w toku są: podejmowanie czynności sprawdzających u kontrahentów kontrolowanego, brak współpracy ze strony kontrolowanego, oczekiwanie na materiały dowodowe z innych podmiotów (banki, obce administracje podatkowe, inne urzędy kontroli skarbowej), oczekiwanie na zakończenie czynności (postępowań) prowadzonych przez organy ścigania i sądy, szeroki zakres materiału dowodowego podlegającego zebraniu i analizie.
Powyższe czynniki, w opinii Ministerstwa Finansów, uzasadniają odmienne traktowanie organów podatkowych i organów kontroli skarbowej z punktu widzenia stosowania przepisów dotyczących kontroli przedsiębiorców znajdujących się w ustawie. Jednocześnie Ministerstwo Finansów poinformowało, że omawiane przepisy ustawy o swobodzie działalności gospodarczej są przedmiotem rządowego projektu nowelizacji tej ustawy przygotowywanej przez Ministerstwo Gospodarki.