Ministerstwo Finansów powołało się na przepis art. 12 ust. 1 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (tekst jedn. Dz. U. z 2000 r. Nr 14, poz. 176 z późn. zm., dalej jako: u.p.d.o.f.), zgodnie z którym za przychody ze stosunku służbowego, stosunku pracy, pracy nakładczej oraz spółdzielczego stosunku pracy uważa się wszelkiego rodzaju wypłaty pieniężne oraz wartość pieniężną świadczeń w naturze bądź ich ekwiwalenty, bez względu na źródło finansowania tych wypłat i świadczeń, a w szczególności: wynagrodzenia zasadnicze, wynagrodzenia za godziny nadliczbowe, różnego rodzaju dodatki, nagrody, ekwiwalenty za niewykorzystany urlop i wszelkie inne kwoty, niezależnie od tego, czy ich wysokość została z góry ustalona, a ponadto świadczenia pieniężne ponoszone za pracownika, jak również wartość innych nieodpłatnych świadczeń lub świadczeń częściowo odpłatnych.
 
Jeżeli przedmiotem nieodpłatnego świadczenia lub świadczenia częściowo odpłatnego nie jest rzecz lub usługa wchodząca w zakres działalności pracodawcy, wartość pieniężną tego rodzaju świadczenia ustala się według zasad określonych w art. 11 ust. 2–2b u.p.d.o.f.. Stąd też, w sytuacji usług zakupionych przez pracodawcę, wartość pieniężną tych świadczeń ustala się według cen zakupu. W związku z powyższym w przypadku zakupu przez pracodawcę usług medycznych (tzw. pakiet medyczny), uprawniających poszczególnych pracowników do skorzystania z określonych badań, wartość pakietu medycznego otrzymanego przez pracownika stanowi przychód ze stosunku pracy, o którym mowa w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f.. Resort finansów podkreślił, że o powstaniu przychodu ze stosunku pracy nie przesądza fakt skorzystania przez pracownika z konkretnej usługi medycznej, lecz samo otrzymanie przez pracownika pakietu medycznego (o określonej wartości pieniężnej), dającego prawo do usług medycznych w ramach wykupionego pakietu.
 
Ministerstwo Finansów wskazało, że w praktyce mogą wystąpić różne stany faktyczne, których konsekwencją mogą być różne odpowiedzi organów podatkowych.
 
Resort finansów stwierdził, że zgodnie z art. 229 § 6 Kodeksu pracy wstępne, okresowe i kontrolne badania lekarskie są przeprowadzane na koszt pracodawcy. Pracodawca ponosi ponadto inne koszty profilaktycznej opieki zdrowotnej nad pracownikami, niezbędnej z uwagi na warunki pracy. Wartość tego rodzaju świadczeń, otrzymanych przez pracownika od pracodawcy, nie stanowi przychodu w rozumieniu przepisów u.p.d.o.f.
 
Stąd, w przypadku zakupu przez pracodawcę usług polegających na wykonaniu wstępnych, okresowych oraz kontrolnych badań lekarskich, wartość tego rodzaju świadczeń nie podlega opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób fizycznych. W konsekwencji, opodatkowaniu podatkiem dochodowym – na zasadach określonych w art. 32 w związku z art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. – podlegać będzie jedynie wartość pieniężna tej części otrzymanego świadczenia (część opłaty), która przypada na dobrowolne specjalistyczne usługi medyczne.
 
Jednocześnie resort finansów stwierdził, że na uwagę zasługuje wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 3 czerwca 1998 r., sygn. akt I SA/Ka 1719/96, zgodnie z którym „ewentualne trudności towarzyszące indywidualizacji świadczeń na rzecz poszczególnych pracowników mają charakter drugorzędny i nie mogą wpływać na byt i zakres obowiązku podatkowego” (stanowisko Departamentu Podatków Dochodowych Ministerstwa Finansów, Biuletyn Skarbowy nr 6/2007).