Na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (tekst jedn. Dz. U. z 2000 r. Nr 14, poz. 176, z późn. zm., dalej jako; u.p.d.o.f.) wolne od podatku dochodowego są dochody otrzymane przez podatnika, jeżeli:
a) pochodzą od rządów państw obcych, organizacji międzynarodowych lub międzynarodowych instytucji finansowych ze środków bezzwrotnej pomocy, w tym ze środków programów ramowych badań, rozwoju technicznego i prezentacji Unii Europejskiej i z programów NATO, przyznanych na podstawie jednostronnej deklaracji lub umów zawartych z tymi państwami, organizacjami lub instytucjami przez Radę Ministrów, właściwego ministra lub agencje rządowe, w tym również w przypadkach gdy przekazanie tych środków jest dokonywane za pośrednictwem podmiotu upoważnionego do rozdzielania środków bezzwrotnej pomocy, oraz
b) podatnik bezpośrednio realizuje cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy; zwolnienie nie ma zastosowanie do dochodów osób fizycznych, którym podatnik bezpośrednio realizujący cel programu zleca - bez względu na rodzaj umowy - wykonanie określonych czynności w związku z realizowanym przez niego programem.

Wątpliwości budzi ostatnia część przepisu art. 21 ust. 1 pkt 46 lit. b) u.p.d.o.f. W myśl tej regulacji prawo do zwolnienia ma tylko podatnik, który bezpośrednio realizuje cel programu finansowanego z bezzwrotnej pomocy. Jednocześnie zwolnienie nie ma zastosowania do dochodów osób fizycznych, którym podatnik bezpośrednio realizujący cel programu zleca - bez względu na rodzaj umowy - wykonanie określonych czynności w związku z realizowanym przez niego programem. W powyższej kwestii organy podatkowe przyjmują niekorzystną dla podatników interpretację, w myśl której zasadą finansowania projektów realizowanych w ramach poakcesyjnych funduszy strukturalnych oraz Funduszu Spójności jest wcześniejsze finansowanie wydatków na ich realizację ze środków budżetu państwa. Początkowo pomoc, jaką otrzymują beneficjenci, pochodzi więc ze środków pożyczonych z budżetu państwa i dopiero on odzyskuje te pieniądze z funduszy europejskich. Zdaniem organów podatkowych pieniądze, które otrzymują beneficjenci, pochodzą ze środków pożyczonych z budżetu państwa - nie jest to więc pomoc otrzymana ze środków bezzwrotnej pomocy. Oznacza to, że zwolnienie od podatku zawarte w art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f. nie ma zastosowania (np. interpretacja Izby Skarbowej w Poznaniu z 19 lutego 2008 r. (nr ILPB1/415-195/07-2/GM).

Stanowiska organów podatkowych nie potwierdzają sądy administracyjne. Np. w wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie z dnia 13 czerwca 2007 r. (sygn. akt I SA/Kr 1555/06) sąd ten orzekł, że zwolnienie z art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f. odsyła w sposób ogólny do pochodzenia środków. Uzasadnione jest więc stanowisko, że chodzi tu o pierwotne źródła finansowania, z którego pochodzi dochód. Sąd stwierdził ponadto, że u.p.d.o.f. nie uzależnia zastosowania zwolnienia od tego, czy podatnik otrzymuje środki bezpośrednio w ramach bezzwrotnej pomocy. Wymaga tylko, aby podatnik bezpośrednio realizował cele programu. Dlatego ze zwolnienia korzystają konkretne osoby fizyczne powiązane umowami ze spółką, która jako osoba prawna z natury rzeczy nie może być bezpośrednim realizatorem celu. Do tego niezbędne są bowiem zaangażowane przez nią osoby fizyczne. W wyroku z dnia 11 stycznia 2008 r., sygn. akt III SA/Wa 1429/07 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie stwierdził, że art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f. przewiduje zwolnienie między innymi dla podatników bezpośrednio realizujących program finansowany ze środków bezzwrotnej pomocy wypłacanych z funduszy strukturalnych Unii Europejskiej. Zwolnienie dotyczy jedynie tych podatników, którzy są bezpośrednimi beneficjentami pomocy bezzwrotnej. Pracownicy, którzy jedynie wykonują zadania określone w programie finansowanym z funduszy strukturalnych, nie są bezpośrednim beneficjentem środków z bezzwrotnej pomocy, nie dotyczy ich więc powyższe zwolnienie od podatku.

Sprawa kontrowersji związanych z interpretacją art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f. stała się również przedmiotem interpelacji poselskiej (nr 3892) skierowanej do ministra finansów. W odpowiedzi na nią resort finansów wskazał, że już od 2006 r. napływały do Ministerstwa Finansów sygnały o trudnościach w interpretowaniu przez organy podatkowe powyższego przepisu. Dlatego też minister finansów wydał jego urzędową interpretację (sygn. pisma DD6-8213-8/06/DZ/412). Jak wskazało Ministerstwo Finansów stanowisko wyrażone w tej interpretacji pozostaje nadal aktualne. W interpretacji tej wskazano, że do dochodów, dla których źródłem finansowania były fundusze strukturalne Unii Europejskiej, nie ma zastosowania powyższy przepis ustawy. Jak podkreślił resort finansów zwolnieniem tym nie obejmuje się środków pochodzących z krajowych źródeł, natomiast w przypadku projektów realizowanych z udziałem środków funduszy strukturalnych stanowią one refundację wcześniej poniesionych wydatków sfinansowanych publicznymi środkami krajowymi. Zdaniem resortu finansów przyjmując nawet argumentację formułowaną przez niektóre składy orzekające sądów administracyjnych m.in. w wyroku WSA w Krakowie z dnia 13 czerwca 2007 r., sygn. akt I SA/Kr 1555/06, że „prefinansowanie” jest jedynie techniczną kwestią, która nie ma wpływu na faktyczne pochodzenie środków, należy wziąć pod uwagę, że z otrzymanego dofinansowania z tytułu realizacji projektu współfinansowanego z funduszy strukturalnych nie sposób wiarygodnie oddzielić część pochodzącą z tych funduszy od środków krajowych. Do zastosowania zwolnienia z art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f. konieczne jest, aby środki przyznane beneficjentowi pochodziły od rządów państw obcych, organizacji międzynarodowych lub międzynarodowych instytucji finansowych ze środków bezzwrotnej pomocy. Przepis ten nie może więc mieć zastosowania do przychodów osób fizycznych finansowanych (współfinansowanych) ze środków pochodzących z funduszy strukturalnych) – stwierdził resort finansów. W konsekwencji dochód ze stosunku pracy podatnika wykonującego w ramach obowiązków służbowych czynności związane z realizacją projektów współfinansowanych z funduszy strukturalnych podlega opodatkowaniu na zasadach określonych w art. 32 u.p.d.o.f.

Ponadto Ministerstwo Finansów zwróciło uwagę, że orzecznictwo sądów administracyjnych w zakresie stosowania przepisów u.p.d.o.f. do dochodów sfinansowanych z funduszy strukturalnych nie jest jednolite. Resort finansów powołał się na wyroki Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie: z dnia 27 czerwca 2007 r. (sygn. akt III SA/Wa 632/07), z dnia 7 grudnia 2007 r. (sygn. akt III SA/Wa 1756/07) oraz z dnia 30 stycznia 2008 r. (sygn. akt III SA/Wa 1884/07), w których sąd ten w sposób jednoznaczny zajął stanowisko, że do dochodów sfinansowanych z funduszy strukturalnych nie stosuje się zwolnienia od podatku przewidzianego w art. 21 ust. 1 pkt 46 u.p.d.o.f.

Interpretacja ministra finansów z 2006 r. w kwestii opodatkowania podatkiem dochodowym wynagrodzeń osób realizujących programy finansowane ze środków pomocowych Unii Europejskiej zachowuje aktualność. Oprócz ogólnych interpretacji wydawanych w trybie przepisów ustawy – Ordynacja podatkowa (co w omawianej sprawie zostało uczynione) minister finansów nie dysponuje innymi narzędziami prawnymi mającymi na celu ujednolicanie rozbieżnych stanowisk organów podatkowych w zakresie interpretacji przepisów prawa podatkowego – podsumowało Ministerstwo Finansów.