Omyłkowe wprowadzenie do KSeF faktury uprzednio wystawionej
W sytuacji omyłkowego przesłania do KSeF faktur wystawionych przed 1 kwietnia 2026 r., podatnik jest zobowiązany do skorygowania tych faktur w celu ich wyeliminowania z systemu, skoro faktury te zostały wcześniej prawidłowo wystawione poza systemem KSeF, doręczone kontrahentom oraz prawidłowo rozliczone podatkowo. Obowiązek korekty wynika z wprowadzenia do obrotu prawnego faktur, które zostały wcześniej wystawione poza KSeF w formie elektronicznej.
Przyjrzyjmy się temu na przykładzie przedsiębiorcy, u którego obowiązkowe wystawiania faktur ustrukturyzowanych powstał 1 kwietnia 2026 r. Przedsiębiorca prowadzi wyłącznie sprzedaż B2B a odbiorcami są krajowe firmy (podatnicy VAT). Przed 1 kwietnia 2026 r. przedsiębiorca wdrożył integrację swojego systemu finansowo-księgowego z systemem KSeF w celu przeprowadzenia testów technicznych. W wyniku przeprowadzenia testu integracji systemowej 2 marca 2026 r. doszło do niezamierzonego i omyłkowego masowego przesłania do systemu KSeF faktur sprzedaży wystawionych wcześniej w lutym 2026 r. Faktury te zostały wcześniej wystawione i doręczone kontrahentom poza systemem KSeF jako faktury elektroniczne (np. w formacie PDF) w dniu realizacji wysyłki zamówień. Faktury te funkcjonowały w obrocie gospodarczym przed ich zapisaniem w systemie KSeF. Faktury zostały ujęte w JPK_VAT oraz rozliczone.
Omyłkowe przesłanie faktur do systemu KSeF miało charakter jednorazowy. W wyniku tego zdarzenia faktury zostały skutecznie zapisane w systemie KSeF oraz nadano im numery identyfikacyjne KSeF. Przesłanie faktur do systemu KSeF nastąpiło wyłącznie w wyniku błędu technicznego podczas wdrażania integracji systemowej i nie było zamierzone jako wystawienie faktur ustrukturyzowanych. Czy omyłkowe wprowadzenie do KSeF faktury uprzednio wystawionej prawidłowo poza systemem należy skorygować wystawiając fakturę korygującą?
W KSeF nie można anulować ani edytować faktur
KSeF nie przewiduje możliwości anulowania, usunięcia czy edytowania wprowadzonej do niego faktury. Faktura po przyjęciu do KSeF staje się dokumentem prawnym, pozostającym w obiegu gospodarczym. W momencie przydzielenia przez system KSef danej fakturze numeru, uznawana jest ona jako otrzymana przez nabywcę towaru bądź usługi. Zatem, jeżeli faktura wprowadzona do KSeF została wprowadzona przez pomyłkę, bądź zawiera błędy, należy każdorazowo zweryfikować je fakturą korygującą również wystawioną w KSeF. W konsekwencji jedynym sposobem wyeliminowania z KSeF dokumentu wprowadzonego omyłkowo jest wystawienie faktury korygującej, o której mowa w art. 106j ust. 1 ustawy o VAT.
Stosownie do art. 106j ust. 1 ustawy o VAT, w przypadku gdy po wystawieniu faktury:
1) podstawa opodatkowania lub kwota podatku wskazana w fakturze uległa zmianie,
2) (uchylony),
3) dokonano zwrotu podatnikowi towarów i opakowań,
4) dokonano zwrotu nabywcy całości lub części zapłaty, o której mowa w art. 106b ust. 1 pkt 4 ustawy o VAT,
5) stwierdzono pomyłkę w jakiejkolwiek pozycji faktury,
- podatnik wystawia fakturę korygującą.
W tym miejscu należy podkreślić, że faktury są dokumentami sformalizowanymi i muszą być wystawione zgodnie z obowiązującymi przepisami. Prawidłowość materialnoprawna faktury zachodzi, jeżeli odzwierciedla w sposób prawidłowy zdarzenie gospodarcze, celem faktury jest przede wszystkim udokumentowanie rzeczywistego przebiegu zdarzeń gospodarczych, pełni ona bowiem szczególną rolę dowodową w prawidłowym wymiarze podatku VAT. Prawidłowość materialnoprawna faktury zachodzi, jeżeli odzwierciedla ona prawdziwe zdarzenie gospodarcze, czyli w istocie stwierdza fakt dokonania dostawy towarów czy też otrzymania zaliczki, co oznacza, że nie można uznać za prawidłową fakturę, gdy nie wskazuje ona zaistniałego zdarzenia gospodarczego. Jednocześnie należy wskazać, że chociaż wystawienie faktury, samo w sobie nie powoduje powstania obowiązku podatkowego, to może powodować zapłatę podatku wykazanego na fakturze (art. 108 ust. 1 ustawy). Zatem wystawienie faktury związane jest z pewnymi konsekwencjami w sferze podatkowoprawnej.
Błąd trzeba skorygować
Jeżeli po wystawieniu faktury wystąpią zdarzenia, mające wpływ na treść wystawionej faktury lub okaże się, że dokument ten zawiera błędy, podatnik wystawia w takim przypadku fakturę korygującą. Zatem faktura korygująca wystawiana jest w celu podania właściwych, prawidłowych i zgodnych z rzeczywistością kwot i innych danych, decydujących o rzetelności wystawionego dokumentu. A zatem, co do zasady, korygowanie treści pierwotnie wystawionej faktury powinno nastąpić poprzez wystawienie przez sprzedawcę faktury korygującej.
W opisanej sytuacji, pierwotne faktury sprzedaży zostały wystawione w lutym 2026 r. Faktury te dokumentują zdarzenia gospodarcze mające faktycznie miejsce, zostały przesłane do kontrahentów oraz wystawione i rozliczone zgodnie z obowiązującymi przepisami. Obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych powstał dla Przedsiębiorcy od 1 kwietnia 2026 r. 2 marca 2026 r., w wyniku omyłki te same faktury zostały przesłane do systemu KSeF i system przydzielił im numery.
Tym samym, należy stwierdzić, że faktury wysłane do KSeF, zgodnie z obowiązującymi przepisami, zostały błędnie wprowadzone do obrotu prawnego, gdyż dokumentują zdarzenia gospodarcze, które już były udokumentowane fakturami wysłanymi w sposób elektroniczny. Zatem jedynym sposobem na wyeliminowanie ich z obrotu prawnego jest wystawienie do nich faktur korygujących. Faktury korygujące powinny być w tym przypadku wystawione „do zera”, gdyż zostały one omyłkowo wprowadzone do Krajowego Systemu e-Faktur, w którym nie powinny się znaleźć.
Nie ma tu znaczenia fakt, że do transferu faktur do KSeF doszło w czasie, kiedy przedsiębiorca nie był jeszcze zobowiązany do wystawiania faktur ustrukturyzowanych, jak również duża liczba faktur, które zostały drugi raz wprowadzone do obrotu.
Uwaga: W przypadku gdy osoba prawna, jednostka organizacyjna niemająca osobowości prawnej lub osoba fizyczna wystawi fakturę, w której wykaże kwotę podatku, jest obowiązana do jego zapłaty (art. 108 ust. 1 ustawy o VAT).
Dokonując korekty faktury wystawionej w KSeF podatnik ma obowiązek wskazać numer identyfikujący w Krajowym Systemie e-Faktur faktury, której ta korekta dotyczy (wypełniając element DaneFaKorygowanej), co pozwoli na zidentyfikowanie, że dokonywana korekta dotyczy faktur niezasadnie przesłanych do KSeF, a nie faktur wystawionych pierwotnie.
Omyłkowo wprowadzone do KSeF, powinny zostać z tego systemu usunięte poprzez wystawienie faktur korygującej „do zera”.
Podsumowując, w sytuacji omyłkowego przesłania do KSeF faktur sprzedaży wystawionych przed dniem powstania u danego podatnika obowiązku korzystania z KSeF, tj. przed dniem 1 kwietnia 2026 r., podatnik jest zobowiązany do skorygowania tych faktur w celu ich wyeliminowania z systemu KSeF skoro faktury te zostały wcześniej prawidłowo wystawione poza systemem KSeF, doręczone kontrahentom oraz prawidłowo rozliczone podatkowo. Fakt nadania numerów identyfikacyjnych KSeF fakturom przesłanym omyłkowo przed dniem powstania obowiązku korzystania z KSeF nie powoduje obowiązku ich formalnego korygowania wyłącznie z uwagi na fakt ich zapisania w systemie KSeF. Obowiązek korekty wynika z wprowadzenia do obrotu prawnego faktur, które zostały wcześniej wystawione poza KSeF w formie elektronicznej.
Zaprezentowane stanowisko podzielają organy podatkowe (interpretacja indywidualna Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej z 23 czerwca 2026 r., 0114-KDIP1-3.4012.298.2026.1.KP).
Autor: Marcin Szymankiewicz, doradca podatkowy
