Ministerstwo odpowiedziało na pytanie o konsekwencje wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z 6 grudnia 2012 r. (sygn. II FSK 709/11) dla menedżerów i innych samozatrudnionych. Resort odniósł się także do apelu Polskiej Konfederacji Pracodawców Prywatnych "Lewiatan", aby MF wyjaśniło, jak rozumie definicję przychodu i od czego w konsekwencji menedżerowie powinni płacić podatek dochodowy.
Eksperci PKPP "Lewiatan" skrytykowali tezę wspomnianego wyroku NSA, zgodnie z którą menedżerowie, którym firma udostępnia laptopy, telefony komórkowe i samochody w ramach kontraktu menedżerskiego, uzyskują przychody z nieodpłatnych świadczeń. Zatrudniająca ich firma powinna zatem pobrać od nich zaliczki na podatek dochodowy. Niezależnie od PKPP "Lewiatan" już w grudniu 2012 r. wyrok skrytykowali również eksperci podatkowi Business Centre Club.
Ministerstwo Finansów, odpowiadając na pytanie PAP, przyznało, że znana jest mu teza grudniowego wyroku NSA. Podkreśliło jednak, że trudno się z nią zgodzić, gdyż kłóci się ona z istotą umowy kontraktu menedżerskiego, którą jest odpłatne i stałe zarządzanie przedsiębiorstwem w imieniu i na rzecz zlecającego. MF wyjaśniło, że majątek zlecającego używany przez menedżera tylko do celów służbowych nie może być uznany za nieodpłatne świadczenie, od którego zlecający powinien pobrać zaliczki na PIT. Udostępnienie menedżerowi sprzętu firmowego ma tylko zabezpieczyć realizację kontraktu menedżerskiego - dodało MF. Jego zdaniem przychód z nieodpłatnych świadczeń powstanie dopiero wtedy, gdy menedżer wykorzysta ten sprzęt do celów osobistych. Wtedy też firma powinna pobrać zaliczki na podatek dochodowy.
MF przypomniało także, że koszty podatkowe z tytułu kontraktu menedżerskiego zostały ustalone w tej samej wysokości co koszty pracownika na etacie, gdyż charakter czynności świadczonych przez menedżera na podstawie kontraktu jest zbliżony do czynności wykonywanych w ramach umowy o pracę.