Zdaniem Lewiatana dokument w obecnym kształcie pomija fundamentalną z punktu widzenia rozwoju banków hipotecznych i listów zastawnych kwestię dotyczącą możliwości zaliczania przez banki hipoteczne rezerw na nabyte wierzytelności kredytowe od banków uniwersalnych jako koszty uzyskania przychodów. Aktualnie obowiązujące przepisy są interpretowane w ten sposób, że możliwość rozpoznania kosztu podatkowego jest ograniczona wyłącznie wobec tzw. kredytów „własnych" banków. Niezbędne jest wprowadzenie zasady, zgodnie z którą nabycie przez bank hipoteczny wierzytelności z tytułu udzielonego kredytu bankowego w celu refinansowania emisji listów zastawnych jest traktowane jak udzielenie kredytu.

Niepewność banków hipotecznych budzi również brak jednoznacznego zwolnienia z opodatkowania transferu wierzytelności hipotecznych z banku uniwersalnego do banku hipotecznego. Aktualne przepisy ograniczają także możliwość uznawania za koszt podatkowy straty na zbyciu wierzytelności.