Nasza spółka nabyła certyfikaty inwestycyjne od funduszu inwestycyjnego zamkniętego. W zamian dokonała wpłaty na fundusz w postaci akcji spółki kapitałowej, której była akcjonariuszem.
Czy przeprowadzona transakcja wniesienia akcji spółki kapitałowej do funduszu i objęcie w zamian certyfikatów inwestycyjnych stanowi dla naszej spółki przychód i czy powoduje powstanie zobowiązania podatkowego?

Tak, powstaje tutaj przychód. Jest to przychód ze zbycia akcji. Wniesienie tych akcji do funduszu jest w istocie formą ich odpłatnego zbycia.
Moim zdaniem w tym przypadku mamy do czynienia w istocie ze zbyciem akcji. Przestajecie być Państwo bowiem właścicielem tych akcji (podmiotem uprawnionym z akcji). Zbywacie je w zamian za udział w zyskach funduszu inwestycyjnego.
Jak wynika z przepisów ustawy z dnia 27 maja 2004 r. o funduszach inwestycyjnych (Dz. U. Nr 146, poz. 1546 z późn. zm.), wpłaty do funduszu inwestycyjnego są dokonywane w formie pieniężnej. Do funduszu inwestycyjnego mogą być wniesione:
1) zdematerializowane papiery wartościowe - jeżeli statut funduszu tak stanowi, lub
2) inne niż zdematerializowane papiery wartościowe, udziały w spółkach z ograniczoną odpowiedzialnością lub prawa, o których mowa w art. 147 ust. 1 pkt 1 lit. a i b oraz pkt 2 - jeżeli ustawa oraz statut funduszu tak stanowią.
Jak już wskazywano – takie wniesienie akcji do funduszu – w zamian za certyfikaty inwestycyjne – w istocie stanowi ich odpłatne zbycie. Wartość otrzymanych certyfikatów inwestycyjnych stanowi przychód ze zbycia akcji.
Podobnie również przyjmuje się w orzecznictwie. Przykładowo w wyroku z dnia 27 maja 2008 r., III SA/Wa 2222/07, WSA w Warszawie stwierdził: "Art. 7 ust. 4 ustawy z 2004 r. o funduszach inwestycyjnych, który na równi z wpłatą nakazuje traktować wniesienie do funduszu papierów wartościowych. Przepis ten ustanawia pewne udogodnienie, poprzez odstępstwo od wymogu wnoszenia wpłat w formie pieniężnej (ust. 1 tego przepisu). Owo udogodnienie nie może być postrzegane jako sposób na uniknięcie opodatkowania przychodu. Nie ma, bowiem różnicy pomiędzy sytuacją, gdy sprzedaż akcji następuje w związku z koniecznością uzyskania środków finansowych na dokonanie wpłaty do funduszu w formie pieniężnej, a sytuacją, gdy zapłata za certyfikaty inwestycyjne następuje poprzez wniesienie do funduszu papierów wartościowych. W każdej z tych sytuacji powstaje przychód z odpłatnego zbycia papierów wartościowych. (...) Przychód ze zbycia papierów wartościowych podlega opodatkowaniu i może być pomniejszony o koszty uzyskania przychodu".
Mamy tu więc niewątpliwie do czynienia z powstaniem przychodów (wartość certyfikatów inwestycyjnych). Wartością tych przychodów jest wartość otrzymanych w zamian certyfikatów inwestycyjnych.
Koszt uzyskania dla tych przychodów powinien być ustalony stosownie do sposobu nabycia/objęcia akcji wniesionych do funduszu inwestycyjnego - art. 16 ust. 1 pkt 8, art. 15 ust. 1j, 1k ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych (tekst jedn.: Dz. U. z 2000 r. Nr 54, poz. 654 z późn. zm.).